Полинуклеотидфосфорилаза - Polynucleotide phosphorylase

Полинуклеотидфосфорилаза
Кристаллическая структура 1E3P.jpg
Структура тримера PNPase от Streptomyces antibioticus. PDB 1e3p.[1]
Идентификаторы
Номер ЕС2.7.7.8
Количество CAS9014-12-4
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
БРЕНДАBRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
PDB структурыRCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтологияAmiGO / QuickGO

Полинуклеотидфосфорилаза (PNPase) является бифункциональным фермент с фосфоролитический От 3 до 5 футов экзорибонуклеаза активность и 3'-терминал олигонуклеотид полимераза Мероприятия.[2] То есть он разбирает цепь РНК, начиная с 3 'конца и двигаясь к 5' концу.[1] Он также синтезирует длинные высокогетерополимерные хвосты. in vivo. Он учитывает все наблюдаемые остаточные полиаденилирование в штаммах кишечная палочка отсутствует нормальный фермент полиаденилирования.[1] Обнаружил Марианна Грюнберг-Манаго Работая в лаборатории Северо Очоа в 1955 году, первоначально считалось, что РНК-полимеризационная активность PNPазы отвечает за ДНК-зависимый синтез матричной РНК. Это мнение было опровергнуто к концу 1950-х годов.[3][4]

Он участвует в обработка мРНК и разложение в бактериях, растениях,[5] и у людей.[6]

У человека фермент кодируется PNPT1 ген. В своей активной форме белок образует кольцевую структуру, состоящую из трех молекул ПНФазы. Каждая молекула ПНФазы состоит из двух РНКаза PH домены, домен связывания РНК S1 и K-гомология области. Белок присутствует в бактерии и в хлоропласты[2] и митохондрии[7] некоторых эукариотический клетки. У эукариот и археи существует структурно и эволюционно связанный комплекс, называемый экзосомальный комплекс.[7]

Такая же аббревиатура (PNPase) также используется для другого, иначе не связанного фермента, Пуриновая нуклеозид фосфорилаза.

Модельные организмы

Модельные организмы были использованы при изучении функции PNPT1. Условный нокаутирующая мышь линия, называемая Pnpt1tm1a (КОМП) Wtsi[12][13] был создан как часть Международный консорциум Knockout Mouse программа - проект по мутагенезу с высокой пропускной способностью для создания и распространения моделей болезней на животных среди заинтересованных ученых.[14][15][16]

Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг для определения последствий удаления.[10][17] Было проведено 26 испытаний мутант мышей и двух значительных отклонений не наблюдалось.[10] Нет гомозиготный мутант эмбрионы были идентифицированы во время беременности, и поэтому ни один из них не выжил до отлучение от груди. Остальные испытания проводились на гетерозиготный мутантные взрослые мыши; у этих животных не наблюдалось никаких дополнительных значительных отклонений от нормы.[10]

Человеческая PNPase I
Идентификаторы
СимволPNPASE
Альт. символыPNPase, OLD35, старый-35
Ген NCBI87178
HGNC23166
OMIM610316
PDB1E3P
RefSeqNM_033109
UniProtQ8TCS8
Прочие данные
Номер ЕС2.7.7.8
LocusChr. 2 стр. 15

Рекомендации

  1. ^ а б c Симмонс М.Ф., Джонс Г.Х., Луизи Б.Ф. (ноябрь 2000 г.). «Дублированная складка является структурной основой каталитической активности, процессивности и регуляции полинуклеотидфосфорилазы». Структура. 8 (11): 1215–26. Дои:10.1016 / S0969-2126 (00) 00521-9. PMID  11080643.
  2. ^ а б Иегудаи-Решефф С., Хирш М., Шустер Г. (август 2001 г.). «Полинуклеотидфосфорилаза функционирует как экзонуклеаза и поли (A) полимераза в хлоропластах шпината». Молекулярная и клеточная биология. 21 (16): 5408–16. Дои:10.1128 / MCB.21.16.5408-5416.2001. ЧВК  87263. PMID  11463823.
  3. ^ Грюнберг-Манаго М., Ортис П.Дж., Очоа С. (апрель 1956 г.). «Ферментативный синтез полинуклеотидов. I. Полинуклеотидфосфорилаза azotobacter vinelandii». Biochimica et Biophysica Acta. 20 (1): 269–85. Дои:10.1016/0006-3002(56)90286-4. PMID  13315374.
  4. ^ Фурт Дж. Дж., Гурвиц Дж., Андерс М. (август 1962 г.). «Роль дезоксирибонуклеиновой кислоты в синтезе рибонуклеиновой кислоты. I. Очистка и свойства полимеразы рибонуклеиновой кислоты» (PDF). Журнал биологической химии. 237: 2611–9. PMID  13895983.
  5. ^ Иегудай-Решефф С., Циммер С.Л., Комине Ю., Штерн Д.Б. (март 2007 г.). «Интеграция метаболизма нуклеиновых кислот хлоропластов в реакцию депривации фосфата у Chlamydomonas reinhardtii». Растительная клетка. 19 (3): 1023–38. Дои:10.1105 / tpc.106.045427. ЧВК  1867357. PMID  17351118.
  6. ^ Саркар Д., Фишер ПБ (май 2006 г.). «Человеческая полинуклеотидфосфорилаза (hPNPase old-35): фермент деградации РНК с плейотрофными биологическими эффектами» (PDF). Клеточный цикл. 5 (10): 1080–4. Дои:10.4161 / cc.5.10.2741. PMID  16687933. S2CID  42371805.
  7. ^ а б Шилдерс Г., Ван Дейк Э., Райджмейкерс Р., Пруейн Г. Дж. (2006). Клеточная и молекулярная биология экзосомы: как создать или разрушить РНК. Международный обзор цитологии. 251. С. 159–208. Дои:10.1016 / S0074-7696 (06) 51005-8. ISBN  9780123646552. PMID  16939780.
  8. ^ "Сальмонелла данные о заражении Pnpt1 ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  9. ^ "Citrobacter данные о заражении Pnpt1 ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
  10. ^ а б c d Гердин А.К. (2010). "Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID  85911512.
  11. ^ Портал ресурсов мыши, Институт Wellcome Trust Sanger.
  12. ^ «Международный консорциум нокаут-мышей». Архивировано из оригинал на 2012-05-29. Получено 2012-02-16.
  13. ^ "Информатика генома мыши".
  14. ^ Скарнес В.К., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт А.Ф., Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК  3572410. PMID  21677750.
  15. ^ Долгин Е. (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID  21677718.
  16. ^ Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247. S2CID  18872015.
  17. ^ ван дер Вейден Л., Уайт Дж. К., Адамс Д. Д., Логан Д. В. (июнь 2011 г.). «Набор инструментов генетики мышей: раскрытие функции и механизма». Геномная биология. 12 (6): 224. Дои:10.1186 / gb-2011-12-6-224. ЧВК  3218837. PMID  21722353.

внешняя ссылка