Холофермент РНК-полимеразы II - RNA polymerase II holoenzyme

Холофермент РНК-полимеразы II это форма эукариотический РНК-полимераза II, которая рекрутируется на промоторы белок -кодирующие гены в живых клетках.[1][2] Это состоит из РНК-полимераза II, подмножество общих факторы транскрипции, и регуляторные белки известный как Белки SRB[требуется разъяснение ].

РНК-полимераза II

Основная статья: РНК-полимераза II

РНК-полимераза II (также называемая RNAP II и Pol II) - фермент, содержащийся в эукариотический клетки. Это катализирует транскрипция из ДНК синтезировать предшественники мРНК и большинство мяРНК и микроРНК.[3][4] У человека RNAP II состоит из семнадцати белковых молекул (генных продуктов, кодируемых POLR2A-L, где белки синтезируются из гомодимеров 2C-, E- и F-форм).

Общие факторы транскрипции

Основная статья: Общий фактор транскрипции

Общие факторы транскрипции (GTF) или базальные факторы транскрипции находятся белок факторы транскрипции которые оказались важными в транскрипция из гены класса II к мРНК шаблоны.[5] Многие из них участвуют в формировании преинициативный комплекс, который вместе с РНК-полимераза II, связываются с матрицей одноцепочечной ДНК и считывают ее.[6] Кластер РНК-полимеразы II и различных факторов транскрипции известен как базальный транскрипционный комплекс (BTC).

Преинициативный комплекс

Основная статья: Комплекс преинициации транскрипции

Преинициативный комплекс (ПОС) представляет собой большой комплекс белки что необходимо для транскрипция кодирования белков гены в эукариоты и археи. PIC помогает расположить РНК-полимеразу II над геном. сайты начала транскрипции, денатурирует ДНК и позиционирует ДНК в РНК-полимеразе II. активный сайт для транскрипции.[5]

Типичный PIC состоит из шести общих факторов транскрипции: TFIIA (GTF2A1, GTF2A2 ), TFIIB (GTF2B ), B-TFIID (BTAF1, TBP ), TFIID (BTAF1, BTF3, BTF3L4, EDF1, TAF1-15, всего 16), TFIIE, ТФИИФ, TFIIH и TFIIJ.

Построение полимеразного комплекса происходит на ген промоутер. В Коробка ТАТА является одним из хорошо изученных примеров промоторного элемента, который встречается примерно в 10% генов. это консервированный во многих (хотя и не во всех) модельных эукариотах и ​​обнаруживается во фракции промоторов этих организмов. Последовательность TATA (или варианты) расположена примерно на 25 нуклеотидах выше Точка начала транскрипции (TSP). Кроме того, есть еще несколько слабо консервированный функции, включая элемент распознавания TFIIB (BRE), примерно на 5 нуклеотидов вверх по течению (BREты) и 5 ​​нуклеотидов ниже по течению (BREd) коробки ТАТА.[7]

Сборка ПОС

Основная статья: Сборка комплекса преиницииции транскрипции

Хотя последовательность шагов, задействованных в сборке PIC, может варьироваться, в целом они следуют за шагом 1, привязанным к промоутер.

  1. В ТАТА-связывающий белок (TBP, подразделение TFIID ), TBPL1, или же TBPL2 может связать промотор или Коробка ТАТА.[8] Наиболее гены не хватает Коробка ТАТА и использовать элемент инициатора (Inr) или ниже по потоку основной промоутер вместо. Тем не менее, TBP всегда участвует и вынужден связываться без специфичности последовательности. TAF от TFIID также может быть задействован, когда Коробка ТАТА отсутствует. TAF TFIID будет специфически связывать последовательность и заставит TBP специфически связываться с непоследовательностью, доставляя оставшиеся части TFIID к промотору.
  2. TFIIA взаимодействует с субъединицей TBP TFIID и способствует связыванию TBP с ТАТА-бокс содержащие промоторную ДНК. Хотя TFIIA не распознает саму ДНК, ее взаимодействия с TBP позволяют ей стабилизировать и способствовать образованию PIC.
  3. В N-концевой домен TFIIB приводит ДНК в правильное положение для входа в активный сайт РНК-полимераза II. TFIIB специфично связывает частично последовательность, с некоторым предпочтением BRE. Комплекс TFIID-TFIIA-TFIIB (DAB) -промотор впоследствии привлекает РНК-полимеразу II и TFIIF.[8]
  4. ТФИИФ (два подразделения, RAP30 и RAP74, показывающий некоторое сходство с бактериальным сигма факторы ) и Pol II войти в комплекс вместе. TFIIF помогает ускорить процесс полимеризации.
  5. TFIIE присоединяется к растущему комплексу и набирает TFIIH. TFIIE может участвовать в Плавление ДНК на промоутер: он содержит цинковая лента мотив, который может связывать одноцепочечную ДНК.[5] TFIIE помогает открывать и закрывать Pol II С Челюсть-подобная структура, которая позволяет движение вниз по цепи ДНК.
  6. ДНК можно обернуть на один полный оборот вокруг преинициативный комплекс и именно TFIIF помогает сохранить эту плотную упаковку.[5] При этом скручивающая деформация ДНК может помочь в Плавление ДНК на промоутер, формируя пузырь транскрипции.
  7. TFIIH входит в комплекс. TFIIH - это большой белковый комплекс, содержащий, среди прочего, CDK7 /циклин H киназа комплекс и ДНК-геликаза. TFIIH выполняет три функции: он специфически связывается с цепью матрицы, чтобы гарантировать, что правильная цепь ДНК транскрибируется, и плавит или раскручивает ДНК (АТФ -зависимый), чтобы разделить две нити с помощью геликаза Мероприятия. Обладает киназной активностью, которая фосфорилирует С-концевой домен (CTD) Pol II по аминокислоте серин. Это переключает РНК-полимеразу, чтобы начать производить РНК.[9] Наконец, это важно для Эксцизионное восстановление нуклеотидов (NER) поврежденной ДНК. TFIIH и TFIIE сильно взаимодействуют друг с другом. TFIIE влияет на каталитическую активность TFIIH. Без TFIIE TFIIH не раскрутит промотор.
  8. TFIIH помогает создать пузырь транскрипции и может потребоваться для транскрипции, если ДНК шаблон еще не денатурированный или если это суперскрученный.
  9. Посредник затем включает в себя все факторы транскрипции и Pol II. Он взаимодействует с усилители, очень далекие области (выше или ниже по течению), которые помогают регулировать транскрипцию.[10]

Образование преинициативного комплекса (PIC) аналогично механизму, наблюдаемому в бактериальный инициация. У бактерий фактор сигма распознает промоторную последовательность и связывается с ней. В эукариоты, то факторы транскрипции выполнять эту роль.[9]

Медиаторный комплекс

Основная статья: Посредник (соактиватор)

Посредник представляет собой мультипротеиновый комплекс, который функционирует как транскрипционный коактиватор. Комплекс Посредника необходим для успешного транскрипция почти всех ген класса II промоторы в дрожжах.[11] Точно так же он действует и у млекопитающих.

Посредник действует как коактиватор и связывается с С-концевой домен (CTD) из РНК-полимераза II холоэнзим, действуя как мост между этим ферментом и факторы транскрипции.[12]

С-концевой домен (CTD)

РНК Pol II в действии, демонстрируя удлинение CTD до С-конца POLR2A.

Карбокси-концевой домен (CTD) РНК-полимеразы II - это та часть полимеразы, которая участвует в инициации Транскрипция ДНК, то укупорка из Транскрипт РНК, и привязанность к сплайсосома за Сплайсинг РНК.[13] CTD обычно состоит из 52 повторов (у людей) последовательности Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser.[14] Карбоксиконцевой повторяющийся домен (CTD) необходим для жизни. Клетки, содержащие только RNAPII без каких-либо или только до одной трети его повторов, являются уязвимыми.[15]

CTD - это расширение, присоединенное к С-концу RPB1, самой большой субъединицы РНК-полимеразы II. Служит гибкой связкой строительные леса для многих ядерных факторов, определяемых фосфорилирование узоры на CTD повторяются. Каждый повтор содержит эволюционно консервативный и повторяющийся гептапептид Tyr1-Ser2-Pro3-Thr4-Ser5-Pro6-Ser7, который подвергается обратимому фосфорилированию во время каждого цикла транскрипции.[16] Этот домен по своей природе неструктурирован, но эволюционно сохраняется, и в эукариоты он включает от 25 до 52 тандемных копий гептады консенсусных повторов.[15] Поскольку CTD часто не требуется для общий фактор транскрипции (GTF) -опосредованная инициация и синтез РНК, он не является частью каталитической сущности RNAPII, но выполняет другие функции.[16]

CTD фосфорилирование

RNAPII может существовать в двух формах: RNAPII0 с сильно фосфорилированным CTD и RNAPIIA с нефосфорилированным CTD.[16] Фосфорилирование происходит в основном на Ser2 и Ser5 повторов, хотя эти положения не эквивалентны. Состояние фосфорилирования изменяется по мере прохождения RNAPII через цикл транскрипции: инициирующий RNAPII представляет собой форму IIA, а удлиняющий фермент - форму II0. Хотя RNAPII0 действительно состоит из RNAP с гиперфосфорилированными CTD, паттерн фосфорилирования на отдельных CTD может варьироваться из-за дифференциального фосфорилирования Ser2 по сравнению с остатками Ser5 и / или из-за дифференциального фосфорилирования повторов по длине CTD.[16] PCTD (фосфо-CTD RNAPII0) физически связывает процессинг пре-мРНК с транскрипцией, привязывая факторы обработки к удлинение RNAPII, например, кэпирование 5'-конца, расщепление 3'-конца и полиаденилирование.[16]

Фосфорилирование Ser5 (Ser5PO4) около 5'-концов генов зависит в основном от киназной активности TFIIH (Кин28 в дрожжи; CDK7 в многоклеточные животные ).[16] Фактор транскрипции TFIIH является киназой и будет гиперфосфорилировать CTD RNAP, и при этом заставит комплекс RNAP отойти от сайта инициации. После действия киназы TFIIH остатки Ser2 фосфорилируются CTDK-I у дрожжей (CDK9 киназа у многоклеточных животных). Ctk1 (CDK9) действует в дополнение к фосфорилированию серина 5 и, таким образом, наблюдается при средней и поздней элонгации.

CDK8 и циклин С (CCNC) являются компонентами РНК-полимеразы II холоэнзим которые фосфорилируют карбокси-концевой домен (CTD). CDK8 регулирует транскрипцию, воздействуя на CDK7 /циклин H субъединицы общего фактора инициации транскрипции IIH (TFIIH ), тем самым обеспечивая связь между медиатором и базальным аппаратом транскрипции.[17]

Ген CTDP1 кодирует фосфатаза который взаимодействует с карбокси-концом фактора инициации транскрипции ТФИИФ, фактор транскрипции, который регулирует удлинение а также инициация РНК-полимераза II.[18]

Также в фосфорилирование и регуляцию CTD RPB1 участвует циклин T1 (CCNT1 ).[19] Циклин Т1 прочно связывается и образует комплекс с CDK9 киназа, оба участвуют в фосфорилирование и регулирование.

АТФ + [Направленный на ДНК РНК-полимераза II ] <=> ADP + [ДНК-направленная РНК-полимераза II] фосфат: катализируется CDK9 EC 2.7.11.23.

ТФИИФ и FCP1 сотрудничать по утилизации РНАПИИ. FCP1, фосфатаза CTD, взаимодействует с РНК-полимеразой II. Транскрипция регулируется состоянием фосфорилирования гептапептидного повтора.[20] Нефосфорилированная форма, RNAPIIA, рекрутируется в комплекс инициации, тогда как удлиняющая полимераза обнаруживается с RNAPII0. Циклы RNAPII во время транскрипции. Активность фосфатазы CTD регулируется двумя GTF (ТФИИФ и TFIIB ). Большая субъединица TFIIF (RAP74) стимулирует активность фосфатазы CTD, тогда как TFIIB ингибирует TFIIF-опосредованную стимуляцию. Дефосфорилирование CTD изменяет миграцию самой большой субъединицы RNAPII (RPB1).

5 'крышка

Карбоксиконцевой домен также является сайтом связывания комплекса, синтезирующего кэп, и комплекса связывания кэпа. У эукариот после транскрипции 5'-конца транскрипта РНК комплекс, синтезирующий кэп, на CTD удаляет гамма-фосфат из 5'-фосфата и присоединяет GMP, образуя 5 ', 5'-трифосфатную связь. . Синтезирующий комплекс отваливается, и кэп затем связывается с кэп-связывающим комплексом (CBC), который связан с CTD.

5'cap транскриптов эукариотической РНК важен для связывания транскрипта мРНК с рибосомой во время трансляции, с CTD РНКП и предотвращает деградацию РНК.

Сплайсосома

Карбокси-концевой домен также является сайтом связывания для сплайсосома факторы, которые являются частью Сплайсинг РНК. Они позволяют сплайсинг и удаление интронов (в форме лариатной структуры) во время транскрипции РНК.

Мутация в CTD

Основные исследования, в которых выбиты особые аминокислоты было достигнуто в CTD. Результаты показывают, что мутации усечения CTD РНК-полимеразы II влияют на способность индуцировать транскрипцию подмножества генов. in vivo, а отсутствие ответа на индукцию картами выше активирующих последовательностей этих генов.

Комплекс наблюдения за геномом

Основная статья: Комплекс наблюдения за геномом

Некоторые белковые члены BRCA1 -ассоциированный комплекс наблюдения за геномом (BASC) ассоциируется с РНК-полимеразой II и играет роль в транскрипции.[21]

Фактор транскрипции TFIIH участвует в инициации транскрипции и репарации ДНК. MAT1 (от «ménage à trois-1») участвует в сборке комплекса CAK. САК - это мультисубъединичный белок, который включает: CDK7, циклин H (CCNH ), и MAT1. САК является важным компонентом фактора транскрипции TFIIH, который участвует в инициации транскрипции и Ремонт ДНК.

В эксцизионная репарация нуклеотидов (NER) путь - это механизм восстановления повреждений ДНК. ERCC2 участвует в связанном с транскрипцией NER и является неотъемлемым членом комплекса базальных факторов транскрипции BTF2 / TFIIH. ERCC3 представляет собой АТФ-зависимую ДНК-геликазу, которая функционирует в NER. Он также является субъединицей базального фактора транскрипции 2 (TFIIH) и, таким образом, участвует в транскрипции класса II. XPG (ERCC5 ) образует устойчивый комплекс с TFIIH, который активен в транскрипции и NER.[22] ERCC6 кодирует ДНК-связывающий белок, который важен для эксцизионной репарации, связанной с транскрипцией. ERCC8 взаимодействует с синдромом Кокейна типа B (CSB ) белок, с p44 (GTF2H2 ), субъединица фактора транскрипции РНК-полимеразы II IIH, и ERCC6. Он участвует в эксцизионной репарации, связанной с транскрипцией.

Более высокие коэффициенты ошибок при транскрипции РНК-полимеразой II наблюдаются в присутствии Mn2+ по сравнению с Mg2+.[23]

Коактиваторы транскрипции

В EDF1 Ген кодирует белок, который действует как коактиватор транскрипции, связывая элемент-связывающий белок общего фактора транскрипции TATA (TBP ) и ген-специфических активаторов.[24]

TFIID и коактиватор медиатора человека (THRAP3 ) комплексы (комплекс медиатора плюс белок THRAP3) собираются совместно на промоторной ДНК, из которой они становятся частью холофермента RNAPII.

Инициирование транскрипции

Завершенная сборка холофермента с факторами транскрипции и РНК-полимеразой II, связанной с промотором, образует эукариотический комплекс инициации транскрипции. Транскрипция в археи домен похож на транскрипцию в эукариоты.[25]

Транскрипция начинается с сопоставления NTP с первым и вторым в последовательности ДНК. Это, как и большая часть остальной транскрипции, энергия -зависимый процесс, потребляющий аденозинтрифосфат (ATP) или другой NTP.

Разрешение промоутера

После того, как первая связь будет синтезирована, РНК-полимераза должна очистить промотор. В течение этого времени наблюдается тенденция к высвобождению транскрипта РНК и образованию усеченных транскриптов. Это называется неудачное начало и является общим как для эукариот, так и для прокариот.[26] Абортивная инициация продолжается до тех пор, пока σ-фактор не перестраивается, что приводит к комплексу элонгации транскрипции (который дает след перемещения в 35 п.н.). Фактор σ высвобождается до того, как синтезируются 80 нуклеотидов мРНК.[27] Когда транскрипт достигает примерно 23 нуклеотидов, он больше не скользит и может произойти удлинение.

Регулирование инициации

Из-за ряда генов, которые транскрибирует Pol II, это полимераза, которая в наибольшей степени регулируется рядом факторов на каждой стадии транскрипции. Он также является одним из самых сложных с точки зрения задействованных кофакторов полимеразы.

Инициирование регулируется многими механизмами. Их можно разделить на две основные категории:

  1. Белковая интерференция.
  2. Регулирование фосфорилирования.

Регулирование посредством белкового вмешательства

Белковая интерференция - это процесс, при котором в некоторых сигнальных белках взаимодействует либо с промотором, либо с некоторой стадией частично сконструированного комплекса, чтобы предотвратить дальнейшее конструирование полимеразного комплекса, таким образом предотвращая его инициацию. В общем, это очень быстрый ответ, который используется для точного уровня, индивидуального контроля генов и для «каскадных» процессов для группы генов, полезных в определенных условиях (например, гены репарации ДНК или гены теплового шока).

Хроматин структурное ингибирование - это процесс, при котором промотор скрыт хроматин структура. Структура хроматина контролируется посттрансляционной модификацией гистоны вовлечены и приводят к грубым уровням высоких или низких уровней транскрипции. Видеть: хроматин, гистон, и нуклеосома.

Эти методы контроля могут быть объединены в модульный метод, обеспечивающий очень высокую специфичность в контроле инициации транскрипции.

Регулирование фосфорилирования

Самая большая субъединица Pol II (Rpb1) имеет на своем С-конце домен, называемый CTD (С-концевой домен). Это цель киназы и фосфатазы. Фосфорилирование CTD является важным механизмом регуляции, поскольку это позволяет привлекать и отвергать факторы, которые участвуют в процессе транскрипции. CTD можно рассматривать как платформу для факторы транскрипции.

CTD состоит из повторений аминокислота мотив, ИСПЦПС, из которых Серины и Треонины возможно фосфорилированный. Число этих повторов варьируется; белок млекопитающих содержит 52, тогда как белок дрожжей содержит 26. Сайт-направленный мутагенез дрожжевого белка обнаружил, что для жизнеспособности необходимо по крайней мере 10 повторов. Существует множество различных комбинаций фосфорилирования этих повторов, которые могут быстро меняться во время транскрипции. Регуляция этих фосфорилирования и последствий для ассоциации факторов транскрипции играет важную роль в регуляции транскрипции.

Во время цикла транскрипции CTD большой субъединицы RNAP II обратимо фосфорилируется. RNAP II, содержащий нефосфорилированный CTD, привлекается к промотору, тогда как гиперфосфорилированная форма CTD участвует в активной транскрипции. Фосфорилирование происходит в двух сайтах внутри гептапептидного повтора, в серине 5 и серине 2. Фосфорилирование серина 5 ограничено промоторными областями и необходимо для инициации транскрипции, тогда как фосфорилирование серина 2 важно для удлинения мРНК и процессинга 3'-конца.

Удлинение

Процесс удлинения - это синтез копии ДНК в информационную РНК. Матчи RNA Pol II дополнительный Нуклеотиды РНК к матричной ДНК Уотсона-Крика базовая пара. Эти нуклеотиды РНК лигируют, в результате чего образуется цепь информационная РНК.

В отличие от репликации ДНК, транскрипция мРНК может включать несколько РНК-полимераз на одной матрице ДНК и несколько раундов транскрипции (амплификация определенной мРНК), поэтому из одной копии гена можно быстро получить множество молекул мРНК.

Удлинение также включает в себя механизм корректуры, который может заменить неправильно встроенные основы. У эукариот это может соответствовать коротким паузам во время транскрипции, которые позволяют соответствующим факторам редактирования РНК связываться. Эти паузы могут быть характерны для РНК-полимеразы или из-за структуры хроматина.

Регулировка удлинения

Основная статья: Фактор элонгации транскрипции

Промоторы элонгации РНК Pol II можно разделить на 3 класса:

  1. Факторы, влияющие на блокировку лекарственного средства / последовательности, например, SII (TFIIS) и P-TEFb белковые семейства.
  2. Факторы, ориентированные на структуру хроматина. На основе посттрансляционных модификаций гистонов - фосфорилирования, ацетилирования, метилирования и убихинирования.
    Видеть: хроматин, гистон, и нуклеосома
  3. Факторы, улучшающие катализ РНК Pol II. Увеличьте Vmax или Km РНК Pol II, тем самым улучшив каталитическое качество фермента полимеразы. Например. Семейства TFIIF, Elongin и ELL.
    Видеть: Кинетика ферментов, Кинетика Анри-Михаэлиса-Ментен, Константа Михаэлиса, и Заговор Лайнуивера – Берка

Что касается инициации, белковая интерференция, рассматриваемая как «факторы, влияющие на лекарство / последовательность остановки» и «факторы улучшения катализа РНК Pol II», обеспечивают очень быстрый ответ и используются для точного контроля отдельных генов. Также возможно подавление элонгации, в этом случае обычно путем блокирования продвижения полимеразы или дезактивации полимеразы.

Факторы, ориентированные на структуру хроматина, более сложны, чем для контроля инициации. Часто фактор, изменяющий хроматин, становится связанным с полимеразным комплексом, изменяя гистоны по мере их обнаружения и обеспечивая полупостоянную «память» о предыдущей промотировании и транскрипции.

Прекращение

Смотрите также: Полиаденилирование

Обрыв - это процесс разрушения полимеразного комплекса и окончания цепи РНК. В эукариоты при использовании РНК Pol II это окончание очень вариабельно (до 2000 оснований), в зависимости от посттранскрипционной модификации.

При терминации происходит небольшая регуляция, хотя было предложено, что вновь транскрибируемая РНК удерживается на месте, если правильная терминация ингибируется, что позволяет очень быстро экспрессировать гены при наличии стимула. Это еще не было продемонстрировано в эукариоты.

Фабрика транскрипции

Основная статья: Фабрики транскрипции

Активные холоферменты транскрипции РНК Pol II могут быть сгруппированы в ядре в дискретных сайтах, называемых фабрики транскрипции. Таких фабрик в нуклеоплазме человека около 8000. HeLa клетка, но только 100–300 фокусов RNAP II на ядро ​​в эритроидных клетках, как и во многих других типах тканей.[28] Количество фабрик транскрипции в тканях гораздо более ограничено, чем было указано ранее по данным культивированных клеток.[28] Поскольку активная единица транскрипции обычно связана только с одним холоэнзимом Pol II, фабрика полимеразы II может содержать в среднем ~ 8 холоферментов. Колокализация транскрибируемых генов не наблюдалась при использовании культивированных фибробластоподобных клеток.[29] Дифференцированные или коммитированные типы тканей имеют ограниченное количество доступных сайтов транскрипции.[28] Оценки показывают, что эритроидные клетки экспрессируют не менее 4000 генов, поэтому многие гены вынуждены искать и использовать одну и ту же фабрику.[28]

Внутриядерное положение многих генов коррелирует с состоянием их активности. Во время транскрипции in vivo, дистальные активные гены динамически организованы в общие ядерные субкомпартменты и совместно локализуются в одной и той же фабрике транскрипции на высоких частотах.[28] Движение в эти фабрики или из них приводит к активации (On) или ослаблению (Off) транскрипции, а не к рекрутированию и сборке комплекса транскрипции.[28] Обычно гены мигрируют на готовые фабрики для транскрипции.[28]

Выраженный ген предпочтительно расположен за пределами его хромосомная территория, но внутри находится тесно связанный неактивный ген.[30]

Холоферментная стабильность

Стабильность холофермента РНК-полимеразы II определяет количество пар оснований, которые могут быть транскрибированы до того, как холофермент потеряет свою способность транскрибировать. Длина CTD важна для стабильности РНК-полимеразы II.[31] Было показано, что стабильность РНК-полимеразы II регулируется посттрансляционным гидроксилированием пролина.[32] Белок-супрессор опухоли фон Хиппеля-Линдау (pVHL, человеческий GeneID: 7428[33]) комплекс связывает гиперфосфорилированную большую субъединицу комплекса РНК-полимеразы II зависимым от гидроксилирования пролина и фосфорилирования CTD образом, направляя ее на убиквитинирование.[32]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Koleske, A.J .; Янг, Р.А. (1994). «Холофермент РНК-полимеразы II, реагирующий на активаторы». Природа. 368 (6470): 466–469. Bibcode:1994Натура.368..466К. Дои:10.1038 / 368466a0. PMID  8133894.
  2. ^ Майер В.Е., Янг Р.А. (октябрь 1998 г.). «Голоферменты и субкомплексы РНК-полимеразы II» (PDF). J. Biol. Chem. 273 (43): 27757–60. Дои:10.1074 / jbc.273.43.27757. PMID  9774381.
  3. ^ Корнберг Р. (1999). «Контроль транскрипции эукариот». Тенденции в клеточной биологии. 9 (12): M46 – M49. Дои:10.1016 / S0962-8924 (99) 01679-7. PMID  10611681.
  4. ^ Симс, Р. Дж. 3-й; Mandal, S. S .; Рейнберг, Д. (июнь 2004 г.). «Последние основные моменты транскрипции, опосредованной РНК-полимеразой-II». Текущее мнение в области клеточной биологии. 16 (3): 263–271. Дои:10.1016 / j.ceb.2004.04.004. ISSN  0955-0674. PMID  15145350.
  5. ^ а б c d Ли Т.И., Янг Р.А. (2000). «Транскрипция генов, кодирующих эукариотические белки». Анну Рев Жене. 34: 77–137. Дои:10.1146 / annurev.genet.34.1.77. PMID  11092823.
  6. ^ Орфаниды Г., Лагранж Т., Рейнберг Д. (1996). «Общие факторы транскрипции РНК-полимеразы II». Genes Dev. 10 (21): 2657–83. Дои:10.1101 / gad.10.21.2657. PMID  8946909.
  7. ^ «Полимераза II». Архивировано из оригинал на 2004-10-18.
  8. ^ а б Осипов В., Фоньялиз П., Шиблер Ю. (февраль 1999 г.). «Комплекс РНК-полимеразы II, содержащий все основные факторы инициации, связывается с доменом активации фактора транскрипции лейциновой молнии PAR, эмбрионального фактора щитовидной железы». Mol Cell Biol. 19 (2): 1242–50. Дои:10.1128 / mcb.19.2.1242. ЧВК  116053. PMID  9891058.
  9. ^ а б Пирс, Бенджамин С. (2007). Генетика: концептуальный подход (3-е изд.). Сан-Франциско: В. Х. Фриман. С. 360–1. ISBN  978-0-7167-7928-5.
  10. ^ Ривз WM, Хан S (январь 2003 г.). «Активатор-независимые функции дрожжевого медиаторного комплекса Sin4 в формировании преинициативного комплекса и реинициации транскрипции» (PDF). Mol Cell Biol. 23 (1): 349–58. Дои:10.1128 / MCB.23.1.349-358.2003. ЧВК  140685. PMID  12482986. Архивировано из оригинал (PDF) на 2011-07-13.
  11. ^ Биддик Р., Молодой ET (2005). «Медиатор дрожжей и его роль в регуляции транскрипции». Comptes Rendus Biologies. 328 (9): 773–82. Дои:10.1016 / j.crvi.2005.03.004. PMID  16168358.
  12. ^ Бьёрклунд С., Густафссон С.М. (2005). «Медиаторный комплекс дрожжей и его регуляция». Trends Biochem. Наука. 30 (5): 240–4. Дои:10.1016 / j.tibs.2005.03.008. PMID  15896741.
  13. ^ Брикки В.Дж., Гринлиф А.Л. (июнь 1995 г.). «Функциональные исследования карбоксиконцевого повторяющегося домена РНК-полимеразы II дрозофилы in vivo». Генетика. 140 (2): 599–613. ЧВК  1206638. PMID  7498740.
  14. ^ Мейнхарт А., Крамер П. (июль 2004 г.). «Распознавание карбоксиконцевого домена РНК-полимеразы II факторами процессинга 3'-РНК» (Абстрактные). Природа. 430 (6996): 223–6. Bibcode:2004Натура 430..223М. Дои:10.1038 / природа02679. PMID  15241417.
  15. ^ а б Корден JL (1990). «Хвосты РНК-полимеразы II». Trends Biochem. Наука. 15 (10): 383–7. Дои:10.1016/0968-0004(90)90236-5. PMID  2251729.
  16. ^ а б c d е ж Phatnani HP, Greenleaf AL (ноябрь 2006 г.). «Фосфорилирование и функции CTD РНК-полимеразы II». Genes Dev. 20 (1): 2922–36. Дои:10.1101 / gad.1477006. PMID  17079683.
  17. ^ «Циклинзависимая киназа 8 CDK8 [Homo sapiens]».
  18. ^ «CTDP1 CTD (карбокси-концевой домен, РНК-полимераза II, полипептид А) фосфатаза, субъединица 1 [Homo sapiens]».
  19. ^ «CCNT1 циклин T1 [Homo sapiens]». Отсутствует или пусто | url = (помощь)
  20. ^ Чо Х, Ким Т.К., Манчебо Х., Лейн В.С., Флорес О., Рейнберг Д. (июнь 1999 г.). «Протеиновая фосфатаза выполняет функцию рецикла РНК-полимеразы II». Genes Dev. 13 (12): 1540–52. Дои:10.1101 / гад.13.12.1540. ЧВК  316795. PMID  10385623.
  21. ^ «BRCA1 рак груди 1, раннее начало [Homo sapiens]».
  22. ^ Айер Н., Рейган М.С., Ву К.Дж. и др. (1996). «Взаимодействия с участием комплекса транскрипции / эксцизионной репарации РНК-полимеразы II человека TFIIH, белка эксцизионной репарации нуклеотидов XPG и белка группы B синдрома Кокейна (CSB)». Биохимия. 35 (7): 2157–67. Дои:10.1021 / bi9524124. PMID  8652557.
  23. ^ Шомбург Д., Шомбург I, Чанг А., ред. (2007). «ДНК-направленная РНК-полимераза». ДНК-направленная РНК-полимераза в: Справочник по ферментам Springer. Справочник по ферментам Springer. 38. Берлин: Springer. С. 103–17. Дои:10.1007/978-3-540-71526-9_11. ISBN  978-3-540-71525-2.
  24. ^ «Фактор 1, связанный с дифференцировкой эндотелия EDF1 [Homo sapiens]».
  25. ^ Ouhammouch M, Dewhurst RE, Hausner W, Thomm M, Geiduschek EP (2003). «Активация транскрипции архей путем привлечения ТАТА-связывающего белка». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 100 (9): 5097–102. Bibcode:2003PNAS..100.5097O. Дои:10.1073 / pnas.0837150100. ЧВК  154304. PMID  12692306.
  26. ^ Goldman, S .; Эбрайт, Р.; Никелс, Б. (май 2009 г.). «Прямое обнаружение абортивных транскриптов РНК in vivo». Наука. 324 (5929): 927–928. Bibcode:2009Наука ... 324..927G. Дои:10.1126 / science.1169237. ЧВК  2718712. PMID  19443781.
  27. ^ Двир, А. (сентябрь 2002 г.). «Ускользание промотора с помощью РНК-полимеразы II». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Структура и экспрессия гена. 1577 (2): 208–223. Дои:10.1016 / s0167-4781 (02) 00453-0. ISSN  0006-3002. PMID  12213653.
  28. ^ а б c d е ж грамм Осборн С.С., Чакалова Л., Браун К.Э., Картер Д., Хортон А., Дебранд Е., Гойенчеа Б., Митчелл Дж. А., Лопес С., Рейк В., Фрейзер П. (октябрь 2001 г.). «Активные гены динамически объединяются в общие сайты текущей транскрипции» (PDF). Природа Генетика. 36 (10): 1065–71. Дои:10,1038 / ng1423. PMID  15361872. Архивировано из оригинал (PDF) на 24.06.2010.
  29. ^ Shopland LS, Johnson CV, Байрон М., Макнил Дж., Лоуренс Дж. Б. (2003). «Кластеризация нескольких специфических генов и богатых генами R-полос вокруг доменов SC-35: свидетельство локальных эухроматических соседств». J. Cell Biol. 162 (6): 981–90. Дои:10.1083 / jcb.200303131. ЧВК  2172856. PMID  12975345.
  30. ^ Чамбейрон С., Бикмор В.А. (2004). «Деконденсация хроматина и ядерная реорганизация локуса HoxB при индукции транскрипции». Genes Dev. 18 (10): 1119–30. Дои:10.1101 / gad.292104. ЧВК  415637. PMID  15155579.
  31. ^ Кишор С.П., Перкинс С.Л., Темплтон Т.Дж., Дейч К.В. (июнь 2009 г.). «Необычное недавнее расширение С-концевого домена РНК-полимеразы II у малярийных паразитов приматов имеет мотив, который в противном случае обнаруживается только в полимеразах млекопитающих». Дж Мол Эвол. 68 (6): 706–14. Bibcode:2009JMolE..68..706K. Дои:10.1007 / s00239-009-9245-2. ЧВК  3622039. PMID  19449052.
  32. ^ а б Кузнецова А.В., Меллер Дж., Шнелл П.О., Нэш Дж. А., Игнакак М.Л., Санчес Ю., Конавей Дж. У., Конавей Р. К., Чзык-Кшеска М.Ф. (март 2003 г.). «Белок фон Хиппель-Линдау связывает гиперфосфорилированную большую субъединицу РНК-полимеразы II через мотив гидроксилирования пролина и направляет его на убиквитинирование». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 100 (5): 2706–11. Bibcode:2003ПНАС..100.2706К. Дои:10.1073 / pnas.0436037100. ЧВК  151405. PMID  12604794.
  33. ^ «Подавитель опухолей ВХЛ фон Хиппель-Линдау [Homo sapiens]».

внешняя ссылка