Список онтологий OBO Foundry - List of OBO Foundry ontologies

Это список онтологии которые являются частью OBO Foundry по состоянию на январь 2020 года.

Онтологии OBO Foundry

ЗаголовокПрефиксОписаниеОфициальная страница
Онтология агрономииАГРООнтология понятий, относящихся к агрономия эксперименты.[1]
Онтология основных экологических объектовЭКОКОРОнтология для экологический сущности.[2]
Онтология анатомической сущностиУЭООнтология анатомических структур, расширяющая CARO, Common Anatomy Reference Ontology.[3]
Онтология устойчивости к антибиотикамAROОнтология для устойчивость к антибиотикам гены и мутации.[4]
Структурированный словарь Аполлона [1]АПОЛЛОН-СВОнтология для обеспечения взаимодействия модели эпидемии и прикладное программное обеспечение общественного здравоохранения.
[5]
Онтология фенотипа аскомицетовAPOСтруктурированный контролируемый словарь фенотипов Аскомицет грибы.[6]
Базовая формальная онтология [2]BFOОнтология верхнего уровня, на которой построены онтологии OBO Foundry.
[7]
Онтология бета-клеточной геномикиBCGOОнтология приложения, созданная для бета-клетка геномные исследования.[8]
Онтология биологических коллекций [3]BCOОнтология данных о биоразнообразии.
[9]
Онтология методов биологической визуализацииФБРОнтология для методов, связанных с биомедицинской визуализацией, включая подготовку и получение.[10]
Биологическая пространственная онтологияBSPOОнтология для представления пространственных концепций, используемых в биологии.[11]
BRENDA ткань / источник ферментовBTOОнтология источника ферментов.[12]
C. elegans онтология разработки (см. WormBase )WBLSОнтология для разработки Caenorhabditis elegans.[13]
C. elegans Онтология общей анатомии (см. WormBase )WBBTОнтология анатомии Caenorhabditis elegans.[14]
C. elegans фенотип (см. WormBase )WBPHENOTYPEОнтология фенотипов Caenorhabditis elegans.[15]
Онтология сердечно-сосудистых заболеванийCVDOОнтология концепций, связанных с сердечно-сосудистые заболевания.[16]
[17]
Онтология клеточной линии [4]CLOОнтология для описания Сотовые линии.[18]
[19]
Онтология клетки [5]CLОнтология для многоклеточный типы клеток.[20]
[21]
Химические объекты, представляющие биологический интересЧЕБИОнтология малых молекулярных образований, представляющих биологический интерес.[22]
Онтология химической информации [6]ХЕМИНФОнтология для дескрипторов, используемых в базах данных химиоинформатики.[23]
[24]
Онтология химических методовCHMOОнтология методов, используемых в химических экспериментах.[25]
Клиническая лабораторная онтологияLABOОнтология рецептов и отчетов в клинических лабораториях.[26]
Онтология клинических измерений [7]CMOОнтология для классификации клинических измерений экспериментальных животных.[27]
Общая справочная онтология анатомии [8]CAROОнтология для улучшения взаимодействия между анатомия онтологии для разных организмов.
[28]
Онтология сравнительного анализа данных [9]CDAOОнтология понятий и отношений, относящихся к эволюционному сравнительному анализу, например филогенетические деревья.[29]
[30]
Онтология достоверной информации [10]ИТ-директорОнтология для описания достоверной информации в аннотации последовательности.[31]
Онтология ролей участникаCROОнтология для различных ролей, стоящих за научная статья.[32]
[33]
Онтология гребневиковCTENOАнатомическая онтология и онтология развития для гребневики (Гребешки).[34]
Анатомия Dictyostelium discoideum [11]ДДАНАТСтруктурированный контролируемый словарь анатомии слизистой плесени Dictyostelium discoideum[35]
Онтология фенотипа Dictyostelium discoideumДДФЕНООнтология фенотипов слизистой плесени Dictyostelium discoideum.[36]
Развитие дрозофилыFBDVОнтология развития Drosophila melanogaster.[37]
Макроскопическая анатомия дрозофилы [12]FBBTОнтология анатомии Drosophila melanogaster.[38]
Онтология фенотипа дрозофилыFBCVОнтология общих Дрозофила фенотипы.[39]
Онтология доказательств взаимодействия наркотиков и взаимодействий и взаимодействия наркотиков [13]ДИДЕООнтология для лекарственное взаимодействие свидетельство.[40]
Онтология доказательств и выводов [14]ЭКООнтология типов свидетельств, используемых для поддержки научные утверждения.
[41]
онтология ресурсов eagle-iEROОнтология исследовательского оборудования, протоколов и расходных материалов.[42]

[43]

Онтология эмоций [15]МФОЭМОнтология эмоции, настроения и другие чувства.[44]
Онтология окружающей среды [16]ENVOОнтология экологических особенностей и среда обитания.
[45]
Онтология экспериментальных условий [17]XCOОнтология для различных условий, в которых проводятся экспериментальные измерения.[46]
Онтология экспозиции [18]ЭКЗООнтология для описания воздействия факторов окружающей среды (таких как сигаретный дым ), которые могут повлиять на клинические исходы.
[47]
Онтология фенотипа делящихся дрожжей[19]FYPOОнтология фенотипов делящиеся дрожжи.[48]
[49]
Онтология фенотипа флоры [20]ФЛОПООнтология признаков и фенотипов цветущие растения.[50]
Словарь, управляемый FlyBaseFBCVОнтология для поддержки FlyBase проект.[51]
Пищевая онтология [21]FOODONОнтология для представления сущностей, играющих еда роль или связанные с едой.[52]
Базовая модель анатомической онтологии (подмножество)FMAOПодмножество базовой модели онтологии анатомии.[53]
Онтология анатомии грибовФАООнтология анатомии грибы.[54]
ГазетирГАЗОнтология, которая действует как географический словарь (географический словарь).[55]
Генная онтологияИДТИОнтология для описания функции генов и генных продуктов.[56]
[57]
Онтология геномной эпидемиологии [22]ГЕНЕПИООнтология для патогены пищевого происхождения и связанные с ними вспышки.[58]
Онтология генотипаGENOОнтология для генотипы и связанные с ними фенотипы и заболевания.[59]
Онтология географического объектаGEOОнтология географических объектов.[60]
Онтология именования гликанов [23]ГНОМОнтология для гликаны на основе GlyTouCan.[61]
Онтология гомологии [24]HOMОнтология концепций, связанных с гомология.[62]
Онтология человеческого происхождения [25]АНСЕСТРООнтология концепций предков, использованная в каталоге NHGRI-EBI опубликованных полногеномные ассоциации исследований.[63]
Стадии развития человекаHSAPDVОнтология этапов жизни человека.[64]
Онтология болезней человекаДЕЛАТЬОнтология для описания болезней человека.[65]
Онтология человеческого фенотипаHPOОнтология фенотипов человека при наследственных и ненаследственных заболеваниях.[66]
[67]
HUPO-PSI реагенты для сшивания и дериватизации контролируемый словарьPSI-MSОнтология реагентов, используемых для сшивания молекул в масс-спектрометрических экспериментах.[68]
Онтология анатомии перепончатокрылых [26]HAOОнтология анатомии Перепончатокрылые (пчелы, осы и муравьи).[69]
Онтология гипертонииHTNОнтология клинических данных о гипертония.[70]
Онтология инфекционных заболеваний [27]Я ДЕЛАЮНабор онтологий, связанных с инфекционные заболевания.[71]
Онтология информационных артефактов [28]IAOОнтология информационных сущностей.
[72]
Онтология информированного согласияICOОнтология концепций, связанных с информированное согласие, например формы и политики.
[73]
Онтология интегративных и сопряженных элементовICEOОнтология бактериального интегративные и сопряженные элементы (ICEs).[74]
Онтология сети взаимодействия [29]Я НЕОнтология генно-генетических взаимодействий.
[75]
Онтология малярии [30]ИДОМАЛЬНЫЙОнтология концепций, связанных с малярия.
[76]
Онтология кормящих мышц млекопитающихМФМООнтология для млекопитающих мышцы которые играют роль в пищевое поведение.[77]
Онтология фенотипа млекопитающихДепутатСтандартные условия аннотирования фенотипических данных млекопитающих.[78]
Онтология масс-спектрометрииMIОнтология концепций для описания масс-спектрометрии в контексте протеомика.[79]
Онтология метода измеренияMMOОнтология методов клинических и лабораторных измерений.[80]
Этапы развития MedakaOlatDvОнтология жизненных этапов рыба медака.[81]
Онтология психических заболеваний [31]MFOMDОнтология для психические заболевания.
[82]
Онтология психического функционирования [31]МФООнтология концепций, связанных с психическим функционированием.[83]
[84]
Онтология ограничения MHC [32]ТОиРОнтология для Ограничение главного комплекса гистосовместимости (MHC) в экспериментах.[85]
Онтология MIAPA[33]МИАПАОнтология для филогенетический данные.[86]
Онтология микробных состояний[34]MCOОнтология условий роста микробов.[87]
Минимальная информационная онтология PDDIMPIOОнтология минимума информации для описания лекарственные взаимодействия.[88]
Словарь, контролируемый молекулярными взаимодействиямиMIОнтология концепций, связанных с изучением белок-белковые взаимодействия.[89]
Онтология болезни МондоМОНДООнтология для интеграции информации о болезни.[90]
Онтология общей анатомии комаров (VectorBase )TGMAОнтология анатомии комары.[91]
Онтология общей анатомии взрослых мышейEMAPAОнтология взрослой анатомии мышь (Mus).[92]
Этапы развития мышиMmusDvОнтология этапов мышь (Mus) жизнь.[93]
Макроскопическая анатомия и развитие мыши, рассчитанное по времениEMAPОнтология анатомических структур мышь (Mus musculus).[94]
Онтология патологии мышей [35]MPATHОнтология фенотипов патологии мышей.[95]
Имя Реакция ОнтологияRXNOОнтология органических реакций в органическом синтезе.[96]
Организационная классификация NCBI [36]NCBITaxonОнтологическое представление NCBI таксономия организмов.[97]
Онтология нейро-поведенияNBOОнтология поведенческих фенотипов животных.[98]
NOMEN - номенклатурная онтология биологических имен. [37]БЕЗ МУЖЧИНОнтология правил номенклатура для биологических названий.[99]
Онтология некодирующей РНК [38]NCROОнтология для некодирующая РНК функция.[100]
Онтологизированный МИАБИСОМИАБИСОнтологическая версия MIABIS (Minimum Information About BIobank data Sharing).[101]
Онтология для биобанкинга [39]OBIBОнтология концепций, связанных с биобанки.[102]
Онтология для биомедицинских исследованийОБИОнтология, которая описывает биологические процессы, клеточные компоненты и молекулярные функции в живых организмах.[103]
Онтология для общей медициныOGMSОнтология для общих аспектов медицины с акцентом на рак.[104]
Онтология жизненного цикла паразитов [40]OPLСправочная онтология стадий жизненного цикла паразитов.[105]
Онтология нежелательных явлений [41]OAEОнтология нежелательных явлений при схемах приема лекарств.[106]
Онтология кровеносных систем членистоногих [42]OARCSОнтология для системы кровообращения из членистоногие.[107]
Онтология биологической и клинической статистики [43]OBCSОнтология для описания статистические инструменты и методы используется в биомедицинских исследованиях.[108]
Онтология биологических атрибутовOBAОнтология биологических признаков.[109]
Онтология социальных образований, связанных с медициной [44]OMRSEОнтология для сущностей (ролей и организаций), связанных со здравоохранением.[110]
[111]
Онтология микробных фенотипов [45]OMPОнтология фенотипов микроорганизмы.[112]
Онтология организационных структур травмоцентров и травматологических системOOSTTОнтология организационных структур травматологические центры и системы травм.[113]
Онтология точной медицины и исследованийOPMIОнтология концепций, связанных с точная медицина.[114]
Онтология фенотипических и метаболических признаков прокариот [46]МИКРООнтология фенотипических и метаболических признаков прокариот.[115]
Онтология секвенирования РНКORNASEQОнтология для аннотирования Секвенирование РНК эксперименты.[116]
Онтология побочных эффектов вакцины [47]OVAEОнтология нежелательных явлений вакцина.[117]
[118]
Онтология фенотипа взаимодействия патогена-хозяинаФИПООнтология фенотипов, возникающих во взаимодействиях патоген-хозяин.[119]
Онтология передачи патогеновТРАНСОнтология для трансмиссионная болезнь n процессов.[120]
Онтология путиPWОнтология для аннотирования генных продуктов для путей.[121]
Онтология отображения сводки производительностиPSDOОнтология концепций, относящихся к информации о производительности для команд и организаций.[122]
Онтология фенотипа и чертFOBIFOBI (Food-Biomarker Ontology) - это онтология, которая представляет данные о потреблении пищи и связывает их с метаболомный данные.[123]
Онтология ПланарииПЛАНАОнтология анатомии и стадий развития планарий (Schmidtea mediterranea.)[124]
Онтология планарийного фенотипаПЛАНПОнтология фенотипов планарий (Schmidtea mediterranea.)[125]
Онтология экспериментальных условий растенийPECOОнтология концепций, связанных с биология растений эксперименты.[126]
Онтология растенийPOРесурс онтологии и базы данных, который связывает характеристики растений с данными геномики.[127]
Онтология фенологии растенийPPOОнтология для описания циклические явления растений.[128]
Онтология свойств растенийКОнтология фенотипических признаков растений.[129]
Стадии развития PlatynereisPDUMDVОнтология жизненных стадий кольчатых червей Platynereis dumerilii.[130]
Онтология населения и сообществаPCOОнтология для описания групп взаимодействующих организмов.
[131]
Онтология Porifera [48]ПОРООнтология анатомии губок (Porifera )[132]
Модификация белка [49]MODОнтология химических модификаций белков[133]
Онтология белка[50]PROОнтологическое представление связанных с белками сущностей[134]
Онтология штамма крыс [51]RSОнтология для лабораторных линии крыс.[135]
Онтология отношений[52]ROОнтология отношений между терминами в онтологиях.[136]
Онтология информации о научных доказательствах и происхожденииSEPIOОнтология происхождения научных заявлений и подтверждающих доказательств.[137]
Типы последовательностей и онтология функцийТАКОнтология для аннотации последовательностей.[138]
Онтология программного обеспечения[53]SWOОнтология для описания программные приложения с упором на инструменты биоинформатики.[139]
Онтология паука[54]СПДОнтология анатомии и поведения пауки а также продукты, полученные из пауков.[140]
Онтология симптомовСИМПОнтология симптомы болезни.[141]
Словарь таксономических ранговНАЛОГОВЫЙ РЕЖИМОнтология таксономические ранги в систематике.[142]
Онтология таксономии костистости [55]TTOОнтология таксономии костистость рыбы.[143]
Онтология использования данных [56]ДУЭТОнтология условий использования данных.[144]
Онтология лекарств [57]ДРОНОнтология для препарат, средство, медикамент товары.[145]
Онтология генов и геномовOGGОнтология генов и геномов биологических организмов.[146]
Онтология здоровья полости рта и заболеваний [58]OHDОнтология содержания медицинские записи, связанные с зубами.[147]
Онтология рецепта лекарств [59]PDROОнтология концепций, связанных с назначением лекарств.[148]
Онтология статистических методовSTATOОнтология статистических методов, таких как тесты и экспериментальные образцы.[149]
Онтология анатомии клещей [60]ТАДСОнтология анатомии поставить галочку семьи Иксодовые и Аргасиды.[150]
Онтология многовидовой анатомии UberonUBERONИнтегративная межвидовая онтология анатомических терминов.[151]
Единая онтология фенотипов (uPheno)UPHENOОнтология унифицированных фенотипических описаний.[152]
Онтология единиц измеренияUOОнтология метрических единиц, связанная с онтологией PATO.[153]
Онтология информированного согласия о вакцинации [61]VICOОнтология клинической информированное согласие сосредоточены на процедурах вакцинации.[154]
Онтология вакцины [62]VOОнтология концепций, связанных с вакцина и вакцинация.[155]
Онтология таксономии позвоночныхVTOОнтология таксономии позвоночных.[156]
Онтология признаков позвоночныхVTОнтология признаков позвоночных[157]
Онтология VEuPathDBEUPATHОнтология для поддержки Ресурс по геномике эукариотических патогенов, хозяев и векторов.[158]
Онтология анатомии Xenopus[63]XAOОнтология анатомии африканской когтистой лягушки (Xenopus laevis ).
[159]
Онтология фенотипа XenopusXPOОнтология анатомических, клеточных фенотипов и фенотипов функций генов у африканских когтистых лягушек (Xenopus laevis ).[160]
Анатомия рыбок данио и онтология развитияZFAОнтология анатомии и развития рыбок данио (Данио Рерио ).[161]
Онтология стадий развития рыбок даниоZFSОнтология стадий развития рыбок данио (Данио Рерио ).[162]
Онтология экспериментальных условий на рыбках даниоZECOОнтология экспериментальных условий, используемых в данио исследования и описаны в ZFIN.[163]
Онтология фенотипа рыбок даниоZPОнтология фенотипов рыбок данио (Данио Рерио ).[164]

Рекомендации

  1. ^ Hogan WR, Wagner MM, Brochhausen M, Levander J, Brown ST, Millett N, et al. (Август 2016 г.). «Структурированный словарь Apollo: онтология явлений в эпидемиологии инфекционных заболеваний и популяционной биологии OWL2 для использования в моделировании эпидемий». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 50. Дои:10.1186 / s13326-016-0092-у. ЧВК  4989460. PMID  27538448.
  2. ^ Арп Р. Построение онтологий с помощью базовой формальной онтологии. ISBN  978-0-262-32958-3. OCLC  951562682.
  3. ^ Walls RL, Deck J, Guralnick R, Baskauf S, Beaman R, Blum S и др. (2014-03-03). «Семантика в поддержку открытия знаний о биоразнообразии: введение в онтологию биологических коллекций и связанные с ней онтологии». PLOS ONE. 9 (3): e89606. Bibcode:2014PLoSO ... 989606W. Дои:10.1371 / journal.pone.0089606. ЧВК  3940615. PMID  24595056.
  4. ^ Sarntivijai S, Lin Y, Xiang Z, Meehan TF, Diehl AD, Vempati UD и др. (2014-08-13). "CLO: Онтология клеточной линии". Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 37. Дои:10.1186/2041-1480-5-37. ЧВК  4387853. PMID  25852852.
  5. ^ Дил А.Д., Михан Т.Ф., Брэдфорд Ю.М., Браш М.Х., Дахдул В.М., Дугалл Д.С. и др. (Июль 2016 г.). «Cell Ontology 2016: улучшенное содержание, модуляризация и взаимодействие онтологий». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 44. Дои:10.1186 / s13326-016-0088-7. ЧВК  4932724. PMID  27377652.
  6. ^ Гастингс Дж., Чепелев Л., Виллигхаген Э., Адамс Н., Стейнбек К., Дюмонтье М. (2011-10-03). «Онтология химической информации: происхождение и устранение неоднозначности химических данных в биологической семантической сети». PLOS ONE. 6 (10): e25513. Bibcode:2011PLoSO ... 625513H. Дои:10.1371 / journal.pone.0025513. ЧВК  3184996. PMID  21991315.
  7. ^ Смит, Дженнифер Р.; Парк, Карисса А; Нигам, Раджни; Лауледеркинд, Стэнли Дж. Ф.; Hayman, G; Ван, Шур-Джен; Лоури, Тимоти Ф; Петри, Виктория; Понс, Джефф; Тутай, Марек; Лю, Вэйсонг (2013). «Клинические измерения, методы измерения и онтологии экспериментальных условий: расширение, улучшения и новые приложения». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 26. Дои:10.1186/2041-1480-4-26. ISSN  2041-1480. ЧВК  3882879. PMID  24103152.
  8. ^ Haendel MA, Neuhaus F, Osumi-Sutherland D, Mabee PM, Mejino JL, Mungall CJ, Smith B (2008). "CARO - Общая справочная онтология анатомии". Анатомические онтологии для биоинформатики. Вычислительная биология. 6. Springer London. С. 327–349. Дои:10.1007/978-1-84628-885-2_16. ISBN  978-1-84628-884-5.
  9. ^ Просдокими Ф., Чисхам Б., Понтелли Э., Томпсон Дж. Д., Штольцфус А. (июль 2009 г.). «Первоначальное внедрение онтологии сравнительного анализа данных». Эволюционная биоинформатика в Интернете. 5: 47–66. Дои:10.4137 / ebo.s2320. ЧВК  2747124. PMID  19812726.
  10. ^ Bastian FB, Chibucos MC, Gaudet P, Giglio M, Holliday GL, Huang H и др. (2015-05-09). «Онтология достоверной информации: шаг к стандарту подтверждения достоверности аннотаций». База данных. 2015: bav043. Дои:10.1093 / база данных / bav043. ЧВК  4425939. PMID  25957950.
  11. ^ Gaudet P, Williams JG, Fey P, Chisholm RL (март 2008 г.). «Онтология анатомии для представления биологических знаний в Dictyostelium discoideum». BMC Genomics. 9 (1): 130. Дои:10.1186/1471-2164-9-130. ЧВК  2323390. PMID  18366659.
  12. ^ Коста М., Рив С., Ворчун Г., Осуми-Сазерленд Д. (октябрь 2013 г.). «Онтология анатомии дрозофилы». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 32. Дои:10.1186/2041-1480-4-32. ЧВК  4015547. PMID  24139062.
  13. ^ Утехт Дж., Брохгаузен М., Джудкинс Дж., Шнайдер Дж., Бойс Р.Д. (2017). «Формализация определений типов доказательств для исследований лекарственного взаимодействия с целью улучшения сбора доказательной базы». Исследования в области технологий здравоохранения и информатики. 245: 960–964. ЧВК  5765984. PMID  29295242.
  14. ^ Джильо М., Таубер Р., Надендла С., Манро Дж., Олли Д., Болл С. и др. (Январь 2019). «ОЭС, Онтология доказательств и заключений: стандарт сообщества для информации о доказательствах». Исследования нуклеиновых кислот. 47 (D1): D1186 – D1194. Дои:10.1093 / нар / gky1036. ЧВК  6323956. PMID  30407590.
  15. ^ Гастингс Дж, Брасс А., Кейн С., Джей С., Стивенс Р. (2014). «Оценка онтологии эмоций посредством использования в самоотчетах об эмоциональных реакциях на академической конференции». Журнал биомедицинской семантики. 5: 38. Дои:10.1186/2041-1480-5-38. ЧВК  4417517. PMID  25937879.
  16. ^ Буттигиг П.Л., Моррисон Н., Смит Б., Мунгалл С.Дж., Льюис С.Е. (декабрь 2013 г.). «Онтология окружающей среды: контекстуализация биологических и биомедицинских объектов». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 43. Дои:10.1186/2041-1480-4-43. ЧВК  3904460. PMID  24330602.
  17. ^ Smith JR, Park CA, Nigam R, Laulederkind SJ, Hayman GT, Wang SJ и др. (Октябрь 2013). «Клинические измерения, методы измерения и онтологии экспериментальных условий: расширение, улучшения и новые приложения». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 26. Дои:10.1186/2041-1480-4-26. ЧВК  3882879. PMID  24103152.
  18. ^ Юнеси Э., Ансари С., Гендель М., Ахмади С., Коггинс С., Хенг Дж. И др. (2014). «CSEO - Онтология воздействия сигаретного дыма». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 31. Дои:10.1186/2041-1480-5-31. ЧВК  4120729. PMID  25093069.
  19. ^ Харрис MA, Lock A, Bähler J, Оливер SG, Wood V (июль 2013 г.). «FYPO: онтология фенотипа делящихся дрожжей». Биоинформатика. 29 (13): 1671–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt266. ЧВК  3694669. PMID  23658422.
  20. ^ Hoehndorf R, Alshahrani M, Gkoutos GV, Gosline G, Groom Q, Hamann T. и др. (Ноябрь 2016 г.). «Онтология фенотипа флоры (FLOPO): инструмент для интеграции морфологических признаков и фенотипов сосудистых растений». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 65. Дои:10.1186 / s13326-016-0107-8. ЧВК  5109718. PMID  27842607.
  21. ^ Дули Д.М., Гриффитс Э.Дж., Госал Г.С., Буттигег П.Л., Хендорф Р., Ланге М.С. и др. (Декабрь 2018 г.). «FoodOn: согласованная онтология пищевых продуктов для повышения глобальной прослеживаемости пищевых продуктов, контроля качества и интеграции данных». NPJ Science of Food. 2 (1): 23. Дои:10.1038 / s41538-018-0032-6. ЧВК  6550238. PMID  31304272.
  22. ^ Гриффитс, Эмма; Дули, Дэмион; Грэм, Мораг; Ван Домселаар, Гэри; Brinkman, Fiona S.L .; Сяо, Уильям В. Л. (26.06.2017). «Контекст - это все: гармонизация критических дескрипторов пищевой микробиологии и метаданных для повышения безопасности пищевых продуктов и надзора». Границы микробиологии. 8: 1068. Дои:10.3389 / fmicb.2017.01068. ISSN  1664-302X. ЧВК  5483436. PMID  28694792.
  23. ^ Sahoo SS, Thomas C, Sheth A, York WS, Tartir S (2006). «Моделирование знаний и его применение в науках о жизни». Материалы 15-й Международной конференции по всемирной паутине - WWW '06. Нью-Йорк, Нью-Йорк, США: ACM Press: 317. Дои:10.1145/1135777.1135826. ISBN  1-59593-323-9.
  24. ^ Ру, Жюльен; Робинсон-Рехави, Марк (март 2010 г.). «Онтология для разъяснения концепций, связанных с гомологией» (PDF). Тенденции в генетике. 26 (3): 99–102. Дои:10.1016 / j.tig.2009.12.012. ISSN  0168-9525. PMID  20116127.
  25. ^ Малдер Н (16.09.2018). «Факультет оценки 1000 стандартизированных рамок для представления данных о происхождении в исследованиях геномики с приложением к каталогу NHGRI-EBI GWAS». Дои:10.3410 / ф.732698975.793550674. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)[требуется разъяснение ]
  26. ^ Йодер М.Дж., Мико И., Зельтманн К.С., Бертоне М.А., Динс А.Р. (декабрь 2010 г.). «Онтология общей анатомии перепончатокрылых». PLOS ONE. Публичная научная библиотека. 5 (12): e15991. Bibcode:2010PLoSO ... 515991Y. Дои:10.1371 / journal.pone.0015991. OCLC  719846058. ЧВК  3012123. PMID  21209921.
  27. ^ Коуэлл Л.Г., Смит Б. (03.10.2009). Онтология инфекционных заболеваний. Информатика инфекционных болезней. Springer Нью-Йорк. С. 373–395. Дои:10.1007/978-1-4419-1327-2_19. ISBN  978-1-4419-1326-5.
  28. ^ Цеустерс В., Смит Б. (2015), "О сущности: к основам онтологии информационных артефактов", Материалы Шестой Международной конференции по биомедицинской онтологии (ICBO), CEUR vol. 1515, стр. 1–5, получено 2020-02-15
  29. ^ Хур Дж, Озгюр А, Сян З., Хе И (2015-01-06). «Разработка и применение онтологии сети взаимодействия для изучения литературы, связанной с вакцино-связанными взаимодействиями ген-ген». Журнал биомедицинской семантики. 6 (1): 2. Дои:10.1186/2041-1480-6-2. ЧВК  4362819. PMID  25785184.
  30. ^ Topalis P, Mitraka E, Bujila I, Deligianni E, Dialynas E, Siden-Kiamos I, et al. (Август 2010 г.). «ИДОМАЛ: онтология малярии». Журнал Малярии. 9: 230. Дои:10.1186/1475-2875-9-230. ЧВК  2925367. PMID  20698959.
  31. ^ а б Цеустерс В., Смит Б. (декабрь 2010 г.). «Основы реалистической онтологии психических заболеваний». Журнал биомедицинской семантики. 1 (1): 10. Дои:10.1186/2041-1480-1-10. ЧВК  3017014. PMID  21143905.
  32. ^ Вита Р., Овертон Дж. А., Сеймур Е., Сидни Дж., Кауфман Дж., Таллмэдж Р. Л. и др. (2016). «Онтология главного ограничения гистосовместимости». Журнал биомедицинской семантики. 7: 1. Дои:10.1186 / s13326-016-0045-5. ЧВК  4709943. PMID  26759709.
  33. ^ Либенс-Мак Дж., Вижн Т., Бреннер Э., Бауэрс Дж. Э., Кэннон С., Клемент М. Дж. И др. (Июнь 2006 г.). «Первые шаги к стандарту отчетности по филогенезам: минимум информации о филогенетическом анализе (MIAPA)». Омикс. 10 (2): 231–7. Дои:10.1089 / omi.2006.10.231. ЧВК  3167193. PMID  16901231.
  34. ^ Tierrafría VH, Mejía-Almonte C, Camacho-Zaragoza JM, Salgado H, Alquicira K, Ishida C и др. (Март 2019 г.). Рен Дж (ред.). «MCO: к онтологии и унифицированному словарю для основанной на структуре аннотации условий роста микробов». Биоинформатика. 35 (5): 856–864. Дои:10.1093 / биоинформатика / bty689. PMID  30137210.
  35. ^ Schofield PN, Sundberg JP, Sundberg BA, McKerlie C, Gkoutos GV (сентябрь 2013 г.). «Онтология патологии мышей, MPATH; структура и приложения». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 18. Дои:10.1186/2041-1480-4-18. ЧВК  3851164. PMID  24033988.
  36. ^ Федерхен С (январь 2012 г.). «База данных таксономии NCBI». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D136-43. Дои:10.1093 / nar / gkr1178. ЧВК  3245000. PMID  22139910.
  37. ^ Йодер, Мэтью; Дмитриев, Дмитрий; Перейра, Хосе Луис; Чильяно, Мария Марта (2017-08-14). «Разработка и использование NOMEN, онтологии, определяющей правила биологической номенклатуры». Материалы TDWG. 1: e20284. Дои:10.3897 / tdwgproceedings.1.20284. ISSN  2535-0897.
  38. ^ Хуанг Дж., Эйлбек К., Смит Б., Блейк Дж. А., Доу Д., Хуанг В. и др. (2016-05-04). "Онтология некодирующих РНК (NCRO): всеобъемлющий ресурс для унификации биологии некодирующих РНК". Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 24. Дои:10.1186 / s13326-016-0066-0. ЧВК  4857245. PMID  27152146.
  39. ^ Брохгаузен М., Чжэн Дж., Биртуэлл Д., Уильямс Х., Маски А.М., Эллис Х.Д., Стокерт CJ (2 мая 2016 г.). «OBIB - новая онтология для биобанкинга». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 23. Дои:10.1186 / s13326-016-0068-у. ЧВК  4855778. PMID  27148435.
  40. ^ Парих П.П., Чжэн Дж., Логан-Клумплер Ф., Стокерт С.Дж., Луис С., Топалис П. и др. (Май 2012 г.). «Онтология жизненного цикла паразитов (OPL): на пути к согласованному словарю стадий жизненного цикла паразитических организмов». Журнал биомедицинской семантики. 3 (1): 5. Дои:10.1186/2041-1480-3-5. ЧВК  3488002. PMID  22621763.
  41. ^ He Y, Sarntivijai S, Lin Y, Xiang Z, Guo A, Zhang S и др. (2014). «ОАЭ: онтология нежелательных явлений». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 29. Дои:10.1186/2041-1480-5-29. ЧВК  4120740. PMID  25093068.
  42. ^ Wirkner CS, Göpel T, Runge J, Keiler J, Klussmann-Fricke BJ, Huckstorf K и др. (Сентябрь 2017 г.). «Первая основанная на органах онтология членистоногих (онтология кровеносных систем членистоногих - OArCS) и ее интеграция в новую схему формализации морфологических описаний». Систематическая биология. 66 (5): 754–768. Дои:10.1093 / sysbio / syw108. PMID  28123116.
  43. ^ Чжэн Дж., Харрис М.Р., Маски А.М., Линь И, Герой А, Смит Б., Хе И (сентябрь 2016 г.). «Онтология биологической и клинической статистики (OBCS) для стандартизированного и воспроизводимого статистического анализа». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 53. Дои:10.1186 / s13326-016-0100-2. ЧВК  5024438. PMID  27627881.
  44. ^ Хикс А., Ханна Дж., Уэлч Д., Брохгаузен М., Хоган В. Р. (июль 2016 г.). «Онтология связанных с медициной социальных объектов: последние разработки». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 47. Дои:10.1186 / s13326-016-0087-8. ЧВК  4942889. PMID  27406187.
  45. ^ Chibucos MC, Zweifel AE, Herrera JC, Meza W, Eslamfam S, Uetz P и др. (Ноябрь 2014 г.). «Онтология микробных фенотипов». BMC Microbiology. 14 (1): 294. Дои:10.1186 / s12866-014-0294-3. ЧВК  4287307. PMID  25433798.
  46. ^ Бланк CE, Цуй Х., Мур Л. Р., Стены Р. Л. (декабрь 2016 г.). «MicrO: онтология фенотипических и метаболических признаков, анализов и питательных сред, найденных в таксономических описаниях прокариот». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 18. Дои:10.1186 / s13326-016-0060-6. ЧВК  4830071. PMID  27076900.
  47. ^ Маркос Э., Чжао Б., Хэ И (ноябрь 2013 г.). «Онтология нежелательных явлений вакцин (OVAE) и ее использование для представления и анализа нежелательных явлений, связанных с лицензированными в США вакцинами для человека». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 40. Дои:10.1186/2041-1480-4-40. ЧВК  4177204. PMID  24279920.
  48. ^ Такер Р.В., Диас М.С., Кернер А., Винь-Леббе Р., Сегерделл Е., Хендель М.А., Мунгалл С.Дж. (08.09.2014). «Онтология Porifera (PORO): улучшение систематики губки с помощью анатомической онтологии». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 39. Дои:10.1186/2041-1480-5-39. ЧВК  4177528. PMID  25276334.
  49. ^ Монтекки-Палацци, Луиза; Бивис, Рон; Бинц, Пьер-Ален; Чалкли, Роберт Дж; Коттрелл, Джон; Кризи, Дэвид; Шофшталь, Джим; Сеймур, Шон Л; Гаравелли, Джон S (август 2008 г.). «Стандарт сообщества PSI-MOD для представления данных о модификации белков». Природа Биотехнологии. 26 (8): 864–866. Дои:10.1038 / nbt0808-864. ISSN  1087-0156. PMID  18688235.
  50. ^ Натале Д.А., Ариги С.Н., Блейк Дж. А., Бона Дж., Чен С., Чен С. К. и др. (Январь 2017 г.). «Онтология протеина (PRO): усиление и масштабирование представления белковых сущностей». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (D1): D339 – D346. Дои:10.1093 / нар / gkw1075. ЧВК  5210558. PMID  27899649.
  51. ^ Нигам, Раджни; Munzenmaier, Diane H; Уорти, Элизабет А; Dwinell, Melinda R; Симояма, Мэри; Джейкоб, Ховард Дж (2013). «Онтология штаммов крыс: структурированный контролируемый словарь, разработанный для облегчения доступа к данным по штаммам в RGD». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 36. Дои:10.1186/2041-1480-4-36. ISSN  2041-1480. PMID  24267899.
  52. ^ Смит Б., Цеустерс В., Клаггес Б., Кёлер Дж., Кумар А., Ломакс Дж. И др. (2005). «Отношения в биомедицинских онтологиях». Геномная биология. 6 (5): R46. Дои:10.1186 / gb-2005-6-5-r46. ЧВК  1175958. PMID  15892874.
  53. ^ Мэлоун Дж, Браун А., Листер А.Л., Изон Дж., Халл Д., Паркинсон Х, Стивенс Р. (2014). «Программная онтология (SWO): ресурс для воспроизводимости в анализе биомедицинских данных, курировании и цифровом хранении». Журнал биомедицинской семантики. 5 (1): 25. Дои:10.1186/2041-1480-5-25. ЧВК  4098953. PMID  25068035.
  54. ^ Рамирес MJ, Михалик П. (22.10.2019). «Онтология анатомии паука (SPD) - универсальный инструмент для связи анатомии с междисциплинарными данными». Разнообразие. 11 (10): 202. Дои:10.3390 / d11100202. ISSN  1424-2818.
  55. ^ Мидфорд П., Балхофф Дж., Дахдул В., Котари С., Лапп Г., Лундберг Дж. И др. (06.07.2010). «Онтология таксономии костистости». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2010.4629.1.
  56. ^ Дайк С.О., Филиппакис А.А., Рамбла Де Арджила Дж., Палту Д.Н., Люткемайер Э.С., Кнопперс Б.М. и др. (Январь 2016 г.). Барш Г.С. (ред.). «Коды согласия: соблюдение стандартных условий использования данных». PLOS Genetics. 12 (1): e1005772. Дои:10.1371 / journal.pgen.1005772. ЧВК  4721915. PMID  26796797.
  57. ^ Ханна Дж., Джозеф Э., Брохгаузен М., Хоган В. Р. (декабрь 2013 г.). «Создание онтологии лекарств на основе RxNorm и других источников». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 44. Дои:10.1186/2041-1480-4-44. ЧВК  3931349. PMID  24345026.
  58. ^ Шлейер Т.К., Руттенберг А., Дункан В., Хендель М., Торниаи С., Ачарья А. и др. (2013-03-18). «Онтологический метод вторичного использования данных электронной стоматологической карты». Совместные саммиты AMIA по трансляционным научным исследованиям. Совместные саммиты AMIA по трансляционной науке. 2013: 234–8. ЧВК  3845770. PMID  24303273.
  59. ^ Этье Дж. Ф., Бартон А., Тасин Р. (2018-11-09). «Онтологический анализ рецептов на лекарства». Прикладная онтология. 13 (4): 273–294. Дои:10.3233 / ao-180202.
  60. ^ Topalis P, Tzavlaki C, Vestaki K, Dialynas E, Sonenshine DE, Butler R и др. (Февраль 2008 г.). «Анатомические онтологии комаров и клещей и их веб-браузеры в VectorBase». Молекулярная биология насекомых. 17 (1): 87–9. Дои:10.1111 / j.1365-2583.2008.00781.x. PMID  18237287.
  61. ^ Линь И, Чжэн Дж, Хэ И (2016-04-19). «VICO: представление на основе онтологий и комплексный анализ форм информированного согласия на вакцинацию». Журнал биомедицинской семантики. 7 (1): 20. Дои:10.1186 / s13326-016-0062-4. ЧВК  4837519. PMID  27099700.
  62. ^ He Y, He Y, Cowell L, Diehl A, Mobley H, Peters B. и др. (2009-08-05). "VO: Онтология вакцины". Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2009.3553.
  63. ^ Сегерделл Э., Понферрада В.Г., Джеймс-Цорн С., Бернс К.А., Фортриде Д.Д., Дахдул В.М. и др. (Октябрь 2013). «Улучшенный XAO: онтология анатомии и развития Xenopus лежит в основе более точной аннотации экспрессии генов и запросов в Xenbase». Журнал биомедицинской семантики. 4 (1): 31. Дои:10.1186/2041-1480-4-31. ЧВК  3816597. PMID  24139024.