База данных по кинетике SABIO-реакций - SABIO-Reaction Kinetics Database

База данных САБИО-РК
SABIO-RK.jpg
Содержание
ОписаниеБаза данных биохимических реакций и их кинетических свойств
Типы данных
захвачен		Количественная информация о динамике реакции
Организмывсе
Связаться с нами
Исследовательский центрHeidelberger Institut für Theoretische Studien
ЛабораторияНаучные базы данных и визуализация
Дата выхода2006
Доступ
Интернет сайтhttp://sabio.h-its.org
веб-сервис URLhttp://sabio.h-its.org/layouts/content/webservices.gsp
Разное
Лицензияhttp://sabio.h-its.org/layouts/content/termscondition.gsp
Политика курированияКураторская база данных

САБИО-РК (Sсистема для Аанализ Биохимические пути - рдействие Kinetics) является веб-доступным база данных хранение информации о биохимических реакции и их кинетический свойства.

SABIO-RK включает ориентированное на реакции представление количественной информации о динамике реакции на основе данной выбранной публикации, которая включает все доступные кинетические параметры вместе с их соответствующими уравнения ставок, а также кинетический закон и типы параметров, а также экспериментальные и условия окружающей среды, при которых были определены кинетические данные. Кроме того, SABIO-RK содержит информацию об основных биохимических реакциях и пути включая их участники реакции,Сотовая связь местонахождение и подробная информация о ферменты катализируя реакции.[1][2][3][4][5]

Содержание базы данных САБИО-РК

Данные, хранящиеся в SABIO-RK, в основном извлекаются вручную из литературы. Сюда входят реакции, их участники (субстраты, продукты), модификаторы (ингибиторы, активаторы, кофакторы ), катализатор детали (например, Классификация ферментов ЕС, белковый комплексный состав, дикого типа / мутант информации), кинетические параметры вместе с соответствующим уравнением скорости, биологические источники (организм, ткань, сотовая локация), условия окружающей среды (pH, температура, буфер) и справочные данные. Данные адаптированы, нормализованы и аннотированы для контролируемых словарей, онтологии и внешние источники данных, включая КЕГГ, UniProt, ЧЭБИ, PubChem, NCBI, Reactome, БРЕНДА, MetaCyc, Биомодели, и PubMed.
По состоянию на сентябрь 2019 года САБИО-РК содержит более 60 000 отобранных отдельных статей, извлеченных из более чем 6 000 публикаций.
Несколько инструментов, баз данных и рабочих процессов в Системная биология использовать данные биохимических реакций SABIO-RK путем интеграции в их структуру, включая SYCAMORE,[6]МеМо-РК,[7]CellDesigner,[8]ПероксисомаDB,[9]Таверна такие инструменты, как KineticsWizard, для сбора и анализа данных.[10]Кроме того, САБИО-РК является частью МИРИАМ реестр, набор рекомендаций по аннотации и кураторству вычислительные модели[11][12]

Доступ к базе данных САБИО-РК

Использование SABIO-RK бесплатно. Коммерческим пользователям необходима лицензия. SABIO-RK предлагает несколько способов доступа к данным:

  • интерфейс на основе браузера
  • RESTful веб-сервисы для программного доступа

Наборы данных результатов можно экспортировать в различных форматах, включая SBML, BioPAX /SBPAX, и формат таблицы.

использованная литература

  1. ^ Wittig, U; Рей, М; Вайдеманн, А; Kania, R; Мюллер, Вт (4 января 2018 г.). «САБИО-РК: обновленный ресурс для ручной настройки кинетики биохимических реакций». Исследования нуклеиновых кислот. 46 (D1): D656 – D660. Дои:10.1093 / нар / gkx1065. ЧВК  5753344. PMID  29092055.
  2. ^ Wittig, U; Kania, R; Голебевский, М; Рей, М; Ши, Л; Jong, L; Algaa, E; Вайдеманн, А; Sauer-Danzwith, H; Мир, С; Кребс, О; Битковски, М; Wetsch, E; Рохас, я; Мюллер, В. (январь 2012 г.). «САБИО-РК - база данных по кинетике биохимических реакций». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D790-6. Дои:10.1093 / nar / gkr1046. ЧВК  3245076. PMID  22102587.
  3. ^ Рохас, я; Голебевский, М; Kania, R; Кребс, О; Мир, С; Вайдеманн, А; Виттиг, У (2007). «Хранение и аннотирование кинетических данных». В биологии Silico. 7 (2 Дополнение): S37–44. PMID  17822389.
  4. ^ Виттиг, Ульрике; Голебевский, Мартин; Кания, Ренате; Кребс, Ольга; Мир, Сакиб; Вайдеманн, Андреас; Анштейн, Стефани; Сарик, Жасмин; Рохас, Изабель (2006). «САБИО-РК: интеграция и обработка данных кинетики реакций». Интеграция данных в науках о жизни. Конспект лекций по информатике. 4075. С. 94–103. Дои:10.1007/11799511_9. ISBN  978-3-540-36593-8.
  5. ^ Мюллер В. В:Pfade im Informationsdschungel Spektrum der Wissenschaft, Spektrum Spezial: Datengetriebene Wissenschaft, декабрь 2011 г.
  6. ^ Weidemann, A .; Richter, S .; Stein, M .; Sahle, S .; Манометры, R .; Gabdoulline, R .; Суровцова, И .; Semmelrock, N .; и другие. (2008). «SYCAMORE - исследовательская среда для компьютерного анализа и моделирования системной биологии». Биоинформатика. 24 (12): 1463–4. Дои:10.1093 / биоинформатика / btn207. PMID  18463116.
  7. ^ Суэйнстон, Нил; Голебевский, Мартин; Messiha, Hanan L .; Малис, Наглис; Кания, Ренате; Кенне, Сильвестр; Кребс, Ольга; Мир, Сакиб; и другие. (2010). «Информатика ферментной кинетики: от прибора к браузеру». Журнал FEBS. 277 (18): 3769–79. CiteSeerX  10.1.1.659.3420. Дои:10.1111 / j.1742-4658.2010.07778.x. PMID  20738395.
  8. ^ Funahashi, A; Джураку, А; Мацуока, Y; Китано, Х (2007). «Интеграция CellDesigner и САБИО-РК». В биологии Silico. 7 (2 приложение): S81–90. PMID  17822394.
  9. ^ Schluter, A .; Реал-Чичарро, А .; Гэблдон, Т .; Sanchez-Jimenez, F .; Пуйоль, А. (2009). «PeroxisomeDB 2.0: комплексный взгляд на глобальный метаболом пероксисом». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Выпуск базы данных): D800–5. Дои:10.1093 / нар / gkp935. ЧВК  2808949. PMID  19892824.
  10. ^ Messiha, Hanan L .; Малис, Наглис; Кэрролл, Кэтлин М. (2011). «К полному количественному описанию метаболизма дрожжей». Методы системной биологии. Методы в энзимологии. 500. С. 215–231. Дои:10.1016 / B978-0-12-385118-5.00012-8. ISBN  978-0-12-385118-5. PMID  21943900.
  11. ^ Juty, N .; Le Novere, N .; Лайбе, К. (2011). «Identifiers.org и реестр MIRIAM: ресурсы сообщества для обеспечения постоянной идентификации». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D580–6. Дои:10.1093 / нар / gkr1097. ЧВК  3245029. PMID  22140103.
  12. ^ САБИО-РК в составе реестра МИРИАМ

Внешние ссылки