Интерферон-индуцируемая ГТФаза 5 - Interferon-inducible GTPase 5

КСИР
Идентификаторы
ПсевдонимыКСИР, CINEMA, IFGGE, IRGC1, Iigp5, R30953_1, GTPase cinema, связанная с иммунитетом
Внешние идентификаторыMGI: 2685948 ГомолоГен: 10486 Генные карты: КСИР
Расположение гена (человек)
Хромосома 19 (человек)
Chr.Хромосома 19 (человек)[1]
Хромосома 19 (человек)
Геномное расположение IRGC
Геномное расположение IRGC
Группа19q13.31Начинать43,716,076 бп[1]
Конец43,720,021 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

56269

210145

Ансамбль

ENSG00000124449

ENSMUSG00000062028

UniProt

Q6NXR0

Q8C262

RefSeq (мРНК)

NM_019612

NM_199013
NM_001358033
NM_001358034

RefSeq (белок)

NP_062558

н / д

Расположение (UCSC)Chr 19: 43,72 - 43,72 МбChr 7: 24.43 - 24.45 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Интерферон-индуцируемая ГТФаза 5 также известный как связанная с иммунитетом GTPase cinema 1 (IRGC1) - это фермент что у людей кодируется IRGC ген.[5][6] Предполагается, что он будет вести себя как другие белки в p47-GTPase-like и IRG семьи. Наиболее выражен в яичках.[6][7]

Ген

Расположение гена NCBI IRGC на хромосоме, включает близлежащие гены.

КСИР находится на хромосома 19 в позиции 19q13.31 и содержит два экзоны.[5][8] Он находится на прямой цепи и находится выше ингибитора фосфолипазы A2 и белокоподобного домена Ly6 / PLAUR (LOC105372412) и ниже опосредованного нонсенсом фактора распада мРНК (SMG9).[7]

Гомология и эволюция

Паралог

Существует один паралог для КСИР назван IRGM. IRGM или связанная с иммунитетом GTPase M связана с внутриклеточной защитой.[9][10] Оба являются частью семейства p47-GTPase-like и суперсемейства P-loop NTPase domain. Паралог на 12% идентичен IRGC.

Ортологи

Образец эукариот с ортологичными последовательностями для IRGC включает идентичность последовательности, предполагаемую дату дивергенции и цветовую кодировку для класса животных.

КСИР оказался консервированный в целом позвоночные. В GTP /Магний и полипептид связывающие области и трансмембранная область довольно сохранены между разновидность.[11]

Эволюция

Для трех генов - IRGC, бета-гемоглобина и цитохрома c несколько отдаленных ортологов одного типа сравнивали с последовательностями человека на предмет их процентной идентичности. Это было нанесено на карту и сопоставлено со временем в миллионах лет. Считается, что IRGC расходится быстрее, чем другие гены.

КСИР прогнозируется, что развился быстрее, чем цитохром с и β-гемоглобин при сравнении процентной идентичности одного и того же вида для каждого гена за 500 миллионов лет. Вероятно, что IRGC и IRGM разошлись 350–375 миллионов лет назад.

Транскрипция

Промоутер

Был один промоутер регион, GXP_311825, обнаруженный для IRGC на хромосоме 19.[12] 1521 год пар оснований long и начинается с пары оснований 43714694.[12] Он консервативен на всех 7 протестированных ортологичных последовательностях и имеет наибольшую ассоциацию с семенниками при 8,090 tpm.[12] Из шести потенциальных транскриптов GXT_26231691 имел наибольшую Теги CAGE.[12] Яички были помечены на 839 из 873 тегов CAGE.[12]

мРНК

Самый распространенный стенограмма для IRGC имеет длину 1596 пар оснований и инвентарный номер NM_019612.[13] Другие стенограммы включают изоформа X1, XM_005259058, изоформа X2, XM_011527118 и изоформа X3, XM_006723283.[14][15][16]

Протеин

Биохимия

Интерферон-индуцируемая GTPase 5 состоит из 463 аминокислот, имеет молекулярный вес 50,3 кДа, а прогнозируемая изоэлектрическая точка из 5.22.[17] Вряд ли будет сигнальный пептид.[18][19] А трансмембранная область с высокой степенью предсказания между остатками 364 и 384, причем первый участок последовательности находится вне мембраны, а второй участок внутри мембрана.[20][21][17][18]

Вторичная структура

В вторичная структура белка, как ожидается, будет больше альфа спирали чем бета-листы,[22][23] Закрывать ортологи наблюдались очень похожие вторичные структуры.

Третичная структура

Структура рентгеновской кристаллографии NCBI для ITQD_A, цепь A для интерферон-индуцируемой GTPase, обнаруженной у мышей. Предполагается, что по структуре он похож на интерферон-индуцируемую GTPase 5.

В третичная структура можно предсказать с помощью связанных Рентгеновская кристаллография конструкции. Было обнаружено одно попадание для белка ligp1 [Mus musculus ], который имел E-значение 2E-76 и 34% идентичности более 82% белковой последовательности.[24]

Посттрансляционные модификации

Ожидается, что белок будет GTP и магний связывание, поскольку оно содержит несколько связанных сайтов связывания.[6] Он также предсказал гомодимер интерфейсные области для связывания полипептида между остатками 153 и 163.[6] Есть два вероятных фосфин сайты взаимодействия на Ser247 и Ser304.[6] Фосфорилирование Ожидается, что они будут обычными для серинов и некоторых треонинов по всей последовательности, хотя более вероятно после остатка 330.[25] Немного глиозилирование и гликирование сайты предсказываются, хотя некоторые из предсказаний перекрываются с потенциальными сайтами фосфорилирования.[26][27]

Субклеточное расположение

Белок может не бытьцитоплазматический хотя дальнейшая локализация в настоящее время неизвестна.[18][28]

Клиническое значение

Выражение

Интерферон-индуцируемая GTPase 5 наиболее сильно экспрессируется в яичках.[6] Использование двух антитела (HPA046769 и HPA060064) продемонстрировали более высокую экспрессию в удлиненных сперматиды чем круглые сперматиды.[29] Клетки Лейдига, сперматогония, и прелептотен сперматоциты Сообщалось, что у них низкая экспрессия.[29] Наблюдалась экспрессия от низкой до средней для обоих антител в двенадцатиперстная кишка, тонкий кишечник, приложение, и почка.[30] Может быть какое-то выражение в миоциты и щитовидная железа, паращитовидная железа, и надпочечники.[30]

Патология

Наблюдалось снижение экспрессии при рак условия.[31][32] Неизвестна клиническая связь с вариациями транскриптов как в 3 ', так и в 5' UTR и в кодирующей области.[33]

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000124449 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000062028 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б «Ген Entrez: семейство GTPase, связанное с иммунитетом, кино». Получено 2011-12-16.
  6. ^ а б c d е ж "интерферон-индуцируемая GTPase 5 [Homo sapiens] - белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  7. ^ а б «Связанная с IRGC иммунитетом GTPase cinema [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-06.
  8. ^ «Ген: IRGC (ENSG00000124449) - Резюме - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 96». uswest.ensembl.org. Получено 2019-05-05.
  9. ^ Сингх С.Б., Дэвис А.С., Тейлор Г.А., Деретич В. (сентябрь 2006 г.). «Человеческий IRGM вызывает аутофагию для устранения внутриклеточных микобактерий». Наука. 313 (5792): 1438–41. Дои:10.1126 / science.1129577. PMID  16888103. S2CID  2274272.
  10. ^ Бекпен С., Ксавье Р.Дж., Эйхлер Е.Е. (декабрь 2010 г.). "Человеческий ген IRGM" быть или не быть"". Семинары по иммунопатологии. 32 (4): 437–44. Дои:10.1007 / s00281-010-0224-х. PMID  20737271. S2CID  39006249.
  11. ^ "Clustal Omega <Выравнивание множественных последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2019-05-06.
  12. ^ а б c d е «Genomatix: получение и анализ промоутеров: ввод запроса». www.genomatix.de. Получено 2019-05-06.
  13. ^ «Связанная с иммунитетом GTPase cinema (IRGC) человека Homo sapiens, мРНК». 2019-05-02. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  14. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: GTPase cinema (IRGC), связанная с иммунитетом человека Homo sapiens, вариант транскрипта X1, мРНК». 2018-03-26. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  15. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: GTPase cinema (IRGC), связанная с иммунитетом человека Homo sapiens, вариант транскрипта X2, мРНК». 2018-03-26. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  16. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: GTPase cinema (IRGC), связанная с иммунитетом человека Homo sapiens, вариант транскрипта X3, мРНК». 2018-03-26. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  17. ^ а б «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2019-05-05.
  18. ^ а б c «Фобий». phobius.sbc.su.se. Получено 2019-05-05.
  19. ^ «TOPCONS: консенсусное предсказание топологии мембранных белков и сигнальных пептидов». topcons.cbr.su.se. Получено 2019-05-05.
  20. ^ «Сервер TMpred». embnet.vital-it.ch. Получено 2019-05-05.
  21. ^ "Сервер ТМХММ, версия 2.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-05-05.
  22. ^ "NPS @: прогноз вторичной структуры GOR4". npsa-prabi.ibcp.fr. Получено 2019-05-05.
  23. ^ "COILS Server". embnet.vital-it.ch. Получено 2019-05-05.
  24. ^ «1TQD: Кристаллическая структура Iigp1: парадигма интерферон-индуцируемых резистентных GTPases P47». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-05.
  25. ^ "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-05-05.
  26. ^ «Сервер NetOGlyc 4.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-05-05.
  27. ^ "Сервер NetGlycate 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-05-05.
  28. ^ "Сервер SOSUI WWW". harrier.nagahama-i-bio.ac.jp. Получено 2019-05-05.
  29. ^ а б «Тканевая экспрессия IRGC - Окрашивание в яичках - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2019-05-12.
  30. ^ а б «Тканевая экспрессия IRGC - Основные данные - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2019-05-12.
  31. ^ «Экспрессия IRGC при раке - Резюме - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2019-05-12.
  32. ^ "GDS2842 / 38579_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-12.
  33. ^ «SNP, связанный с геном (geneID: 56269) через аннотацию Contig». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-12.

Рекомендации

дальнейшее чтение