Поли (A) -специфическая рибонуклеаза - Poly(A)-specific ribonuclease

ПАРН
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	2A1R, 2A1S, 3CTR
Идентификаторы
Псевдонимы	ПАРН, DAN, DKCB6, PFBMFT4, поли (A) -специфическая рибонуклеаза
Внешние идентификаторы	OMIM: 604212 MGI: 1921358 ГомолоГен: 31098 Генные карты: ПАРН
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 16 (человек)
Конец	14,632,728 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 16 (мышь)
Конец	13,668,170 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• связывание ионов металлов; • Связывание мРНК 3'-UTR; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание нуклеиновой кислоты; • нуклеазная активность; • экзонуклеазная активность; • гидролазная активность; • связывание протеинкиназы; • катионное связывание; • Связывание РНК; • поли (A) -специфическая рибонуклеазная активность; • связывание теломеразной РНК; • 3'-5'-экзорибонуклеазная активность;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • цитозоль; • ядрышко; • ядро клетки;
Биологический процесс	• катаболический процесс мРНК; • поколение женских гамет; • регуляция стабильности мРНК; • GO: 0016547 Модификация РНК; • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК, нонсенс-опосредованный распад; • укорочение поли (A) хвоста мРНК с ядерной транскрипцией; • Гидролиз фосфодиэфирной связи РНК, экзонуклеолитический; • стабилизация теломеразной РНК; • положительная регуляция поддержания теломер через теломеразу; • положительная регуляция активности теломеразы; • регуляция локализации теломеразной РНК в тельце Кахаля; • деаденилирование нкРНК; • коробка H / ACA snoRNA 3'-конец процессинга; • катаболический процесс miRNA; • зависимый от полиаденилирования процессинг 3'-конца snoRNA;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	5073
	74108
	ENSG00000140694; ENSG00000274829
	ENSMUSG00000022685
	O95453
	Q8VDG3
	NM_001134477; NM_001242992; NM_002582
	NM_028761; NM_001358452; NM_001358453
	NP_001127949; NP_001229921; NP_002573
	NP_083037; NP_001345381; NP_001345382
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Поли (A) -специфическая рибонуклеаза (PARN), также известен как полиаденилат-специфическая рибонуклеаза или деаденилирующая нуклеаза (ДАН), является фермент что у людей кодируется ПАРН ген.^[5]^[6]

Функция

Экзонуклеолитическая деградация поли (А) хвост часто является первым шагом в распаде эукариотических мРНК. Аминокислотная последовательность поли (A) -специфической рибонуклеазы проявляет гомологию с РНКаза D семья 3'-экзонуклеазы. Белок, по-видимому, локализован как в ядре, так и в цитоплазме. Он нестабильно связан с полисомами или рибосомными субъединицами.^[6] Наследственные мутации в PARN приводят к болезни костного мозга Dyskeratosis Congenita, которая вызвана дефектным процессингом и деградацией теломеразной РНК у пациентов.^[7]^[8]^[9]^[10]^[11]^[12]^[13]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ENSG00000274829 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140694, ENSG00000274829 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000022685 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Buiting K, Körner C, Ulrich B., Wahle E, Horsthemke B (май 2000 г.). «Человеческий ген поли (A) -специфической рибонуклеазы (PARN) отображается на 16p13 и имеет усеченную копию в области Прадера-Вилли / Ангелмана на 15q11 → q13». Цитогенетика и клеточная генетика. 87 (1–2): 125–31. Дои:10.1159/000015378. PMID 10640832. S2CID 28498478.
^ ^а ^б «Ген Entrez: PARN поли (A) -специфическая рибонуклеаза (нуклеаза деаденилирования)».
^ Туммала Х, Валне А., Коллопи Л., Кардосо С., де ла Фуэнте Дж., Лоусон С., Пауэлл Дж., Купер Н., Фостер А., Мохаммед С., Планьол В., Вуллиами Т., Докал I (май 2015 г.). «Дефицит поли (A) -специфической рибонуклеазы влияет на биологию теломер и вызывает врожденный дискератоз». Журнал клинических исследований. 125 (5): 2151–60. Дои:10.1172 / JCI78963. ЧВК 4463202. PMID 25893599.
^ Dhanraj S, Gunja SM, Deveau AP, Nissbeck M, Boonyawat B, Coombs AJ, Renieri A, Mucciolo M, Marozza A, Buoni S, Turner L, Li H, Jarrar A, Sabanayagam M, Kirby M, Shago M, Pinto D , Берман Дж. Н., Шерер С. В., Виртанен А., Дрор Ю. (ноябрь 2015 г.). «Отказ костного мозга и задержка развития, вызванные мутациями поли (A) -специфической рибонуклеазы (PARN)». Журнал медицинской генетики. 52 (11): 738–48. Дои:10.1136 / jmedgenet-2015-103292. PMID 26342108. S2CID 19822046.
^ Стюарт Б.Д., Чой Дж., Заиди С., Син Си, Холохан Б., Чен Р., Чой М., Дхарвадкар П., Торрес Ф., Джирод К.Э., Вайслер Дж., Фицджеральд Дж., Кершоу К., Клесни-Тейт Дж., Магето Ю., Шей Дж. У., Джи В., Билгувар К., Мане С., Лифтон Р.П., Гарсия К.К. (май 2015 г.). «Секвенирование экзома связывает мутации в PARN и RTEL1 с семейным фиброзом легких и укорочением теломер». Природа Генетика. 47 (5): 512–7. Дои:10,1038 / нг.3278. ЧВК 4414891. PMID 25848748.
^ Шукла С., Шмидт Дж. К., Гольдфарб К. К., Чех Т. Р., Паркер Р. (апрель 2016 г.). «Ингибирование распада теломеразной РНК устраняет дефицит теломеразы, вызванный дискерином или дефектами PARN». Структурная и молекулярная биология природы. 23 (4): 286–92. Дои:10.1038 / nsmb.3184. ЧВК 4830462. PMID 26950371.
^ Ценг С.К., Ван Х.Ф., Бернс А.М., Шредер М.Р., Гаспари М., Бауманн П. (декабрь 2015 г.). «Обработка теломеразной РНК человека и контроль качества». Отчеты по ячейкам. 13 (10): 2232–43. Дои:10.1016 / j.celrep.2015.10.075. PMID 26628367.
^ Nguyen D, Grenier St-Sauveur V, Bergeron D, Dupuis-Sandoval F, Scott MS, Bachand F (декабрь 2015 г.). "Зависимый от полиаденилирования путь созревания 3'-конца необходим для синтеза теломеразной РНК человека". Отчеты по ячейкам. 13 (10): 2244–57. Дои:10.1016 / j.celrep.2015.11.003. PMID 26628368.
^ Moon DH, Segal M, Boyraz B, Guinan E, Hofmann I, Cahan P, Tai AK, Agarwal S (декабрь 2015 г.). «Поли (A) -специфическая рибонуклеаза (PARN) опосредует созревание 3'-конца компонента теломеразной РНК». Природа Генетика. 47 (12): 1482–8. Дои:10,1038 / нг.3423. ЧВК 4791094. PMID 26482878.

дальнейшее чтение

Кёрнер CG, Wahle E (апрель 1997 г.). «Укорачивание поли (А) хвоста поли (А) -специфической 3'-экзорибонуклеазой». Журнал биологической химии. 272 (16): 10448–56. Дои:10.1074 / jbc.272.16.10448. PMID 9099687.
Кёрнер CG, Wormington M, Muckenthaler M, Schneider S, Dehlin E, Wahle E (сентябрь 1998 г.). «Деаденилирующая нуклеаза (DAN) участвует в удалении поли (A) хвоста во время мейотического созревания ооцитов Xenopus». Журнал EMBO. 17 (18): 5427–37. Дои:10.1093 / emboj / 17.18.5427. ЧВК 1170868. PMID 9736620.
Делин Э., Вормингтон М., Кёрнер К.Г., Вале Э. (март 2000 г.). «Кэп-зависимое деаденилирование мРНК». Журнал EMBO. 19 (5): 1079–86. Дои:10.1093 / emboj / 19.5.1079. ЧВК 305646. PMID 10698948.
Мартинес Дж., Рен Ю.Г., Турессон А.С., Хеллман Ю., Астром Дж., Виртанен А. (август 2000 г.). «Фрагмент 54 кДа поли (А) -специфической рибонуклеазы представляет собой олигомерную процессивную и взаимодействующую с кэпом поли (А) -специфическую 3'-экзонуклеазу». Журнал биологической химии. 275 (31): 24222–30. Дои:10.1074 / jbc.M001705200. PMID 10801819.
Гао М., Фриц Д.Т., Форд ЛП, Вилуш Дж. (Март 2000 г.). «Взаимодействие между поли (A) -специфической рибонуклеазой и 5'-кэпом влияет на скорость деаденилирования мРНК in vitro». Молекулярная клетка. 5 (3): 479–88. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80442-6. ЧВК 2811581. PMID 10882133.
Гао М., Вилуш С.Дж., Пельц С.В., Вилуш Дж. (Март 2001 г.). «Новая активность по удалению мРНК в цитоплазматических экстрактах HeLa регулируется элементами, богатыми AU». Журнал EMBO. 20 (5): 1134–43. Дои:10.1093 / emboj / 20.5.1134. ЧВК 145468. PMID 11230136.
Мартинес Дж., Рен Ю.Г., Нильссон П., Эренберг М., Виртанен А. (июль 2001 г.). «Структура кэпа мРНК стимулирует скорость удаления поли (А) и усиливает процессивность деградации». Журнал биологической химии. 276 (30): 27923–9. Дои:10.1074 / jbc.M102270200. PMID 11359775.
Copeland PR, Wormington M (июнь 2001 г.). «Механизм и регуляция деаденилирования: идентификация и характеристика Xenopus PARN». РНК. 7 (6): 875–86. Дои:10.1017 / S1355838201010020. ЧВК 1370141. PMID 11424938.
Chen CY, Gherzi R, Ong SE, Chan EL, Raijmakers R, Pruijn GJ, Stoecklin G, Moroni C, Mann M, Karin M (ноябрь 2001 г.). «Связывающие белки AU рекрутируют экзосому для разрушения мРНК, содержащих ARE». Ячейка. 107 (4): 451–64. Дои:10.1016 / S0092-8674 (01) 00578-5. PMID 11719186. S2CID 14817671.
Рен Ю.Г., Мартинес Дж., Виртанен А. (февраль 2002 г.). «Идентификация активного сайта поли (A) -специфической рибонуклеазы с помощью сайт-направленного мутагенеза и Fe (2 +) - опосредованного расщепления». Журнал биологической химии. 277 (8): 5982–7. Дои:10.1074 / jbc.M111515200. PMID 11742007.
Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х., Люнг А. К., Лам Ю. В., Стин Х, Манн М., Ламонд А. И. (январь 2002 г.). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Текущая биология. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
Scherl A, Couté Y, Déon C, Callé A, Kindbeiter K, Sanchez JC, Greco A, Hochstrasser D, Diaz JJ (ноябрь 2002 г.). «Функциональный протеомный анализ ядрышка человека». Молекулярная биология клетки. 13 (11): 4100–9. Дои:10.1091 / mbc.E02-05-0271. ЧВК 133617. PMID 12429849.
Лай В.С., Кеннингтон EA, Blackshear PJ (июнь 2003 г.). «Тристетрапролин и члены его семейства могут способствовать бесклеточному деаденилированию мРНК, содержащих AU-богатые элементы, поли (A) рибонуклеазой». Молекулярная и клеточная биология. 23 (11): 3798–812. Дои:10.1128 / MCB.23.11.3798-3812.2003. ЧВК 155217. PMID 12748283.
Lejeune F, Li X, Maquat LE (сентябрь 2003 г.). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Молекулярная клетка. 12 (3): 675–87. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID 14527413.
Герзи Р., Ли К.Ю., Бриата П., Вегмюллер Д., Морони С., Карин М., Чен С.Ю. (июнь 2004 г.). «РНК-связывающий белок KH-домена, KSRP, способствует ARE-направленному обороту мРНК, задействуя механизм деградации». Молекулярная клетка. 14 (5): 571–83. Дои:10.1016 / j.molcel.2004.05.002. PMID 15175153.
Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Геномные исследования. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК 442147. PMID 15231747.
Рен Ю.Г., Кирсебом Л.А., Виртанен А. (ноябрь 2004 г.). «Координация ионов двухвалентных металлов в активном центре поли (А) -специфической рибонуклеазы». Журнал биологической химии. 279 (47): 48702–6. Дои:10.1074 / jbc.M403858200. PMID 15358788.

Эта статья о ген на хромосома человека 16 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ENSG00000274829 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140694, ENSG00000274829 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000022685 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid10640832-5] Buiting K, Körner C, Ulrich B., Wahle E, Horsthemke B (май 2000 г.). «Человеческий ген поли (A) -специфической рибонуклеазы (PARN) отображается на 16p13 и имеет усеченную копию в области Прадера-Вилли / Ангелмана на 15q11 → q13». Цитогенетика и клеточная генетика. 87 (1–2): 125–31. Дои:10.1159/000015378. PMID 10640832. S2CID 28498478.

[entrez-6] а ^б «Ген Entrez: PARN поли (A) -специфическая рибонуклеаза (нуклеаза деаденилирования)».

[7] Туммала Х, Валне А., Коллопи Л., Кардосо С., де ла Фуэнте Дж., Лоусон С., Пауэлл Дж., Купер Н., Фостер А., Мохаммед С., Планьол В., Вуллиами Т., Докал I (май 2015 г.). «Дефицит поли (A) -специфической рибонуклеазы влияет на биологию теломер и вызывает врожденный дискератоз». Журнал клинических исследований. 125 (5): 2151–60. Дои:10.1172 / JCI78963. ЧВК 4463202. PMID 25893599.

[8] Dhanraj S, Gunja SM, Deveau AP, Nissbeck M, Boonyawat B, Coombs AJ, Renieri A, Mucciolo M, Marozza A, Buoni S, Turner L, Li H, Jarrar A, Sabanayagam M, Kirby M, Shago M, Pinto D , Берман Дж. Н., Шерер С. В., Виртанен А., Дрор Ю. (ноябрь 2015 г.). «Отказ костного мозга и задержка развития, вызванные мутациями поли (A) -специфической рибонуклеазы (PARN)». Журнал медицинской генетики. 52 (11): 738–48. Дои:10.1136 / jmedgenet-2015-103292. PMID 26342108. S2CID 19822046.

[9] Стюарт Б.Д., Чой Дж., Заиди С., Син Си, Холохан Б., Чен Р., Чой М., Дхарвадкар П., Торрес Ф., Джирод К.Э., Вайслер Дж., Фицджеральд Дж., Кершоу К., Клесни-Тейт Дж., Магето Ю., Шей Дж. У., Джи В., Билгувар К., Мане С., Лифтон Р.П., Гарсия К.К. (май 2015 г.). «Секвенирование экзома связывает мутации в PARN и RTEL1 с семейным фиброзом легких и укорочением теломер». Природа Генетика. 47 (5): 512–7. Дои:10,1038 / нг.3278. ЧВК 4414891. PMID 25848748.

[10] Шукла С., Шмидт Дж. К., Гольдфарб К. К., Чех Т. Р., Паркер Р. (апрель 2016 г.). «Ингибирование распада теломеразной РНК устраняет дефицит теломеразы, вызванный дискерином или дефектами PARN». Структурная и молекулярная биология природы. 23 (4): 286–92. Дои:10.1038 / nsmb.3184. ЧВК 4830462. PMID 26950371.

[11] Ценг С.К., Ван Х.Ф., Бернс А.М., Шредер М.Р., Гаспари М., Бауманн П. (декабрь 2015 г.). «Обработка теломеразной РНК человека и контроль качества». Отчеты по ячейкам. 13 (10): 2232–43. Дои:10.1016 / j.celrep.2015.10.075. PMID 26628367.

[12] Nguyen D, Grenier St-Sauveur V, Bergeron D, Dupuis-Sandoval F, Scott MS, Bachand F (декабрь 2015 г.). "Зависимый от полиаденилирования путь созревания 3'-конца необходим для синтеза теломеразной РНК человека". Отчеты по ячейкам. 13 (10): 2244–57. Дои:10.1016 / j.celrep.2015.11.003. PMID 26628368.

[13] Moon DH, Segal M, Boyraz B, Guinan E, Hofmann I, Cahan P, Tai AK, Agarwal S (декабрь 2015 г.). «Поли (A) -специфическая рибонуклеаза (PARN) опосредует созревание 3'-конца компонента теломеразной РНК». Природа Генетика. 47 (12): 1482–8. Дои:10,1038 / нг.3423. ЧВК 4791094. PMID 26482878.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

Ферменты
Мероприятия	Активный сайт Сайт привязки Каталитическая триада Оксианионная дыра Ферментная распущенность Каталитически совершенный фермент Коэнзим Кофактор Ферментный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Сотрудничество Ингибитор ферментов Активатор ферментов
Классификация	Номер ЕС Ферментное суперсемейство Семейство ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика ферментов Диаграмма Иди – Хофсти Заговор Ханеса – Вульфа Заговор Лайнуивера – Берка Кинетика Михаэлиса – Ментен
Типы	EC1 Оксидоредуктазы (список ) EC2 Трансферазы (список ) EC3 Гидролазы (список ) EC4 Лиасы (список ) EC5 Изомеразы (список ) EC6 Лигазы (список ) EC7 Транслоказы (список )