Список модельных организмов - List of model organisms

кишечная палочка это грамотрицательный прокариотический модельный организм
Drosophila melanogaster, один из самых известных предметов для экспериментов

Это список модельные организмы используется в научных исследованиях.

Вирусы

Прокариоты

Спорулирование Bacillus subtilis

Эукариоты

Протисты

Грибы

Растения

Arabidopsis thaliana
Лемна гибба
Physcomitrella patens

Животные

Беспозвоночные

Caenorhabditis elegans

Позвоночные

Лаборатория мышей
  • Аксолотль (Амбистома мексиканская), используется для изучения процессов регенерации и развития
  • Бомбина Бомбина и Bombina variegata, используется для изучения полового отбора и сексуальных конфликтов.
  • Каролина анол (Анолис каролинский), используемый для изучения геномики рептилий
  • Кот (Felis sylvestris catus) - используется в нейрофизиологических исследованиях.
  • Курица (Gallus gallus domesticus) - используется для исследований развития, так как это амниот и отлично подходит для микроманипуляций (например, трансплантации тканей) и сверхэкспрессии генных продуктов.
  • Хлопковая крыса (Sigmodon hispidus ) - ранее использовался в исследованиях полиомиелита.
  • Собака (Canis lupus familis) - важная респираторная и сердечно-сосудистая модель, также способствовавшая открытию классическое кондиционирование.
  • Золотой хомяк (Mesocricetus auratus) - впервые использовался для изучения кала-азар (лейшманиоз ).
  • морская свинка (Cavia porcellus) - использован Роберт Кох и другие ранние бактериологи как носители бактериальных инфекций, отсюда и синоним слова «лабораторное животное», хотя сегодня он используется реже.
  • Маленькая коричневая летучая мышь (Myotis lucifugus) - использовался для доказательства существования эхолокации у летучих мышей в 1930-х годах, а также использовался в экспериментах по прогнозированию поведения микробов, поскольку это надежный вид, который имеет типичные черты видов летучих мышей умеренного пояса.
  • Медака (Oryzias latipes, или японская рисовая рыба) - важная модель в биологии развития и имеет то преимущество, что она намного прочнее традиционной рыбы данио.
  • Мышь (Mus musculus ) - классическая модель позвоночного. Существует множество инбредных линий, а также линий, отобранных по определенным признакам, часто этологический или медицинский интерес, например размер тела, ожирение, мускулистость, произвольность ходовой поведение.[35] (Количественная генетика, Молекулярная эволюция, Геномика )
  • Голый землекоп, (Heterocephalus glaber), изученных на предмет их характерной нечувствительности к боли, терморегуляции, устойчивости к раку, эусоциальности и долголетия.
  • Nothobranchius furzeri изучается из-за их чрезвычайно короткой продолжительности жизни в исследованиях старения, болезней и эволюции.
  • Голубь (Columba livia domestica ), активно изучал когнитивные науки и интеллект животных
  • Poecilia reticulata, гуппи, используется для изучения полового отбора и сексуальных конфликтов.
  • Крыса (Раттус норвегикус ) - особенно полезно в качестве токсикологической модели; также особенно полезен в качестве неврологической модели и источника первичных культур клеток из-за большего размера органов и суборганелларных структур по сравнению с мышью. (Молекулярная эволюция, Геномика )
  • Макака резус (или макака-резус) (Macaca mulatta) - используется для исследований на инфекционное заболевание и познание.
  • Морская минога (Петромизон маринус) - исследование спинного мозга
  • Такифугу (Такифугу рубрипс, а рыба фугу ) - имеет небольшой геном с небольшим мусорная ДНК.
  • Трехиглая колюшка (Gasterosteus aculeatus), рыба, используемая для изучения этологии и поведенческой экологии.
  • Xenopus tropicalis и Xenopus laevis (Африканская когтистая лягушка) - яйца и эмбрионы этих лягушек используются в биологии развития, клеточной биологии, токсикологии и нейробиологии.[36][37]
  • Зебра зяблик (Taeniopygia guttata) - используется при изучении система песен из певчие птицы и изучение немлекопитающих слуховые системы.
  • Данио (Данио Рерио, пресноводная рыба) - имеет почти прозрачное тело на раннем этапе развития, что обеспечивает уникальный визуальный доступ к внутренней анатомии животного. Данио используются для изучения развития, токсикологии и токсикопатологии,[38] специфическая функция гена и роль сигнальных путей.

Рекомендации

  1. ^ «Streptomyces coelicolor». Центр Джона Иннеса. Получено 13 апреля 2018.
  2. ^ «Ресурсы Chlamydomonas reinhardtii в Объединенном институте генома». Архивировано из оригинал на 2008-07-23. Получено 2015-02-01.
  3. ^ Секвенирован геном хламидомонады опубликовано в журнале Science 12 октября 2007 г.
  4. ^ Макроядерный геном Stentor coeruleus обнаруживает крошечные интроны в гигантской клетке
  5. ^ Куэс У (июнь 2000 г.). «История жизни и процессы развития базидиомицета Coprinus cinereus». Microbiol. Мол. Биол. Ред. 64 (2): 316–53. Дои:10.1128 / MMBR.64.2.316-353.2000. ЧВК  98996. PMID  10839819.
  6. ^ Дэвис, Роуленд Х. (2000). Neurospora: вклад модельного организма. Оксфорд [Оксфордшир]: Издательство Оксфордского университета. ISBN  978-0-19-512236-7.
  7. ^ Ом, Р .; Де Йонг, Дж .; Lugones, L .; Aerts, A .; Kothe, E .; Stajich, J .; De Vries, R .; Запись, E .; Levasseur, A .; Baker, S.E .; Bartholomew, K. A .; Coutinho, P.M .; Erdmann, S .; Fowler, T. J .; Gathman, A.C .; Lombard, V .; Henrissat, B .; Knabe, N .; Kües, U .; Lilly, W. W .; Lindquist, E .; Lucas, S .; Магнусон, Дж. К .; Piumi, F. O .; Раудаскоски, М .; Саламов, А .; Schmutz, J .; Schwarze, F. W. M. R .; Ванкук, П. А .; Хортон, Дж. С. (2010). «Последовательность генома модельного гриба Schizophyllum commune». Природа Биотехнологии. 28 (9): 957–963. Дои:10.1038 / nbt.1643. PMID  20622885.
  8. ^ а б c d Об арабидопсисе на странице информационного ресурса Arabidopsis (ТАИР )
  9. ^ Рашворт, C; и другие. (2011). "Boechera, модельная система для экологической геномики ». Молекулярная экология. 20 (23): 4843–57. Дои:10.1111 / j.1365-294X.2011.05340.x. ЧВК  3222738. PMID  22059452.
  10. ^ Брутнелл, Т; и другие. (2010). «Setaria viridis: модель фотосинтеза C4». Растительная клетка. 22 (8): 2537–44. Дои:10.1105 / tpc.110.075309. ЧВК  2947182. PMID  20693355.
  11. ^ Цзян, Хуэй; Барбье, Хьюг; Брутнелл, Томас (2013). «Способы выполнения крестов в Setaria viridis, Новая модельная система для трав ». Журнал визуализированных экспериментов (80): 50527. Дои:10.3791/50527. ISSN  1940-087X. ЧВК  3938206. PMID  24121645.
  12. ^ Гудин, Майкл; Дэвид Зейтлин; Раяпати Найду; Стивен Ломмел (август 2008 г.). «Nicotiana benthamiana: ее история и будущее как модель взаимодействия растений и патогенов». Молекулярные взаимодействия растений и микробов. 21 (8): 1015–1026. Дои:10.1094 / MPMI-21-8-1015. PMID  18616398.
  13. ^ Чжоу, S .; Bechner, M. C .; Место, М .; Churas, C.P .; Pape, L .; Leong, S.A .; Runnheim, R .; Форрест, Д. К .; Goldstein, S .; Ливны, М .; Шварц, Д. К. (2007). «Подтверждение последовательности генома риса с помощью оптического картирования». BMC Genomics. 8: 278. Дои:10.1186/1471-2164-8-278. ЧВК  2048515. PMID  17697381.
  14. ^ а б Ренсинг С.А., Ланг Д., Циммер А.Д. и др. (Январь 2008 г.). «Геном Physcomitrella раскрывает эволюционное понимание завоевания земли растениями». Наука. 319 (5859): 64–9. Bibcode:2008Научный ... 319 ... 64R. Дои:10.1126 / science.1150646. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-3787-A. PMID  18079367.
  15. ^ Рески, Ральф (1998). «Физкомитрелла и арабидопсис: Давид и Голиаф обратной генетики». Тенденции в растениеводстве. 3 (6): 209–210. Дои:10.1016 / S1360-1385 (98) 01257-6.
  16. ^ "Populus trichocarpa (Тополь западный) ". Фитозом. Получено 22 июля 2013.
  17. ^ Шривастава, М .; Симаков, О .; Chapman, J .; Fahey, B .; Gauthier, M.E.A .; Mitros, T .; Richards, G.S .; Conaco, C .; Dacre, M .; Hellsten, U .; Larroux, C .; Putnam, N.H .; Станке, М .; Адамска, М .; Darling, A .; Degnan, S.M .; Oakley, T. H .; Plachetzki, D.C .; Zhai, Y .; Адамски, М .; Calcino, A .; Cummins, S. F .; Гудштейн, Д. М .; Harris, C .; Джексон, Д. Дж .; Leys, S.P .; Shu, S .; Woodcroft, B.J .; Vervoort, M .; Косик, К. С. (2010). "The Амфимедон королевский геном и эволюция сложности животных ". Природа. 466 (7307): 720–726. Bibcode:2010Натура.466..720С. Дои:10.1038 / природа09201. ЧВК  3130542. PMID  20686567.
  18. ^ Голландия, Л. З .; Albalat, R .; Azumi, K .; Benito-Gutiérrez, E .; Блоу, М. Дж .; Bronner-Fraser, M .; Brunet, F .; Обухов, Т .; Candiani, S .; Dishaw, L.J .; Ferrier, D. E. K .; Garcia-Fernàndez, J .; Гибсон-Браун, Дж. Дж .; Gissi, C .; Годзик, А .; Hallböök, F .; Hirose, D .; Hosomichi, K .; Икута, Т .; Inoko, H .; Kasahara, M .; Kasamatsu, J .; Кавасима, Т .; Kimura, A .; Кобаяши, М .; Козмик, З .; Кубокава, К .; Laudet, V .; Litman, G.W .; МакХарди, А. С. (2008). «Геном амфиоксуса проливает свет на происхождение позвоночных и биологию головнохордовых». Геномные исследования. 18 (7): 1100–1111. Дои:10.1101 / гр.073676.107. ЧВК  2493399. PMID  18562680.
  19. ^ Загадка, Дональд Л. (1997). C. elegans II. Плейнвью, Нью-Йорк: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор. ISBN  978-0-87969-532-3.
  20. ^ Мюллер Х.Г. (1982). «Чувствительность Daphnia magna straus против восьми химиотерапевтических агентов и двух красителей». Бык. Environ. Contam. Токсикол. 28 (1): 1–2. Дои:10.1007 / BF01608403. PMID  7066538.
  21. ^ Манев Х., Димитриевич Н, Дзитоева С. (2003). «Методы: плодовые мушки как модели для нейрофармакологических исследований». Trends Pharmacol. Наука. 24 (1): 41–3. Дои:10.1016 / S0165-6147 (02) 00004-4. PMID  12498730.
  22. ^ Chapman, J. A .; Киркнесс, Э. Ф .; Симаков, О .; Hampson, S.E .; Mitros, T .; Weinmaier, T .; Rattei, T .; Balasubramanian, P.G .; Borman, J .; Busam, D .; Disbennett, K .; Pfannkoch, C .; Сумин, Н .; Sutton, G.G .; Viswanathan, L.D .; Валенц, В .; Гудштейн, Д. М .; Hellsten, U .; Кавасима, Т .; Прочник, С. Э .; Putnam, N.H .; Shu, S .; Blumberg, B .; Dana, C.E .; Джи, L .; Kibler, D. F .; Закон, L .; Lindgens, D .; Мартинес, Д. Э .; и другие. (2010). «Динамический геном гидры». Природа. 464 (7288): 592–596. Bibcode:2010Натура.464..592C. Дои:10.1038 / природа08830. ЧВК  4479502. PMID  20228792.
  23. ^ Фодор, Иштван; Хусейн, Ахмед А.А.; Бенджамин, Пол Р; Koene, Joris M; Пиргер, Жолт (16.06.2020). Кинг, Стюарт РФ; Роджерс, Питер; Ирисарри, Икер; Воронежская, Елена Е; Coutellec, Мари-Агнес (ред.). «Неограниченный потенциал большой прудовой улитки Lymnaea stagnalis». eLife. 9: e56962. Дои:10.7554 / eLife.56962. ISSN  2050-084X.
  24. ^ Ladurner, P; Schärer, L; Сальвенмозер, Вт; Ригер, Р. (2005). "Новый модельный организм среди низших Bilateria и использование цифровой микроскопии в таксономии мейобентосных Platyhelminthes: Macrostomum lignano, п. sp. (Rhabditophora, Macrostomorpha) ". Журнал зоологической систематики и эволюционных исследований. 43: 114–126. Дои:10.1111 / j.1439-0469.2005.00299.x. Архивировано из оригинал на 2013-01-05.
  25. ^ Pang, K .; Мартиндейл, М.К. (2008). «Гребневики». Текущая биология. 18 (24): R1119 – R1120. Дои:10.1016 / j.cub.2008.10.004. PMID  19108762.
  26. ^ Ryan, J. F .; Pang, K .; Программа сравнительного секвенирования; Mullikin, J.C .; Martindale, M. Q .; Baxevanis, A.D .; Программа сравнительного секвенирования NISC (2010 г.). «Гомеодоменное дополнение гребневика Mnemiopsis leidyi предполагает, что Ctenophora и Porifera расходились до ParaHoxozoa». EvoDevo. 1 (1): 9. Дои:10.1186/2041-9139-1-9. ЧВК  2959044. PMID  20920347.
  27. ^ Darling, J. A .; Reitzel, A. R .; Burton, P.M .; Mazza, M. E .; Ryan, J. F .; Sullivan, J.C .; Финнерти, Дж. Р. (2005). «Восходящая звездочка: морская звездочка ветреницы, Nematostella vectensis». BioEssays. 27 (2): 211–221. Дои:10.1002 / bies.20181. PMID  15666346.
  28. ^ Патнэм, Н.ЧАС.; Шривастава, М .; Hellsten, U .; Диркс, Б .; Chapman, J .; Саламов, А .; Терри, А .; Shapiro, H .; Lindquist, E .; Капитонов, В. В .; Jurka, J .; Генихович, Г .; Григорьев, И. В .; Lucas, S.M .; Стил, Р. Э .; Finnerty, J. R .; Technau, U .; Martindale, M. Q .; Рохсар, Д. С. (2007). «Геном морских анемонов раскрывает репертуар генов и геномную организацию предков Eumetazoan». Наука. 317 (5834): 86–94. Bibcode:2007Научный ... 317 ... 86P. Дои:10.1126 / science.1139158. PMID  17615350.
  29. ^ Аппендикулярный центр на Международный центр морской молекулярной биологии Sars
  30. ^ Кейд, В. (1975-12-26). "Акустически ориентированные паразитоиды: фонотаксис полета к песне сверчка". Наука. 190 (4221): 1312–1313. Bibcode:1975Научный ... 190.1312C. Дои:10.1126 / science.190.4221.1312. ISSN  0036-8075.
  31. ^ Ван, X .; Лавров, Д. В. (2006). «Митохондриальный геном гомосклероморфа Oscarella carmela (Porifera, Demospongiae) обнаруживает неожиданную сложность у общего предка губок и других животных». Молекулярная биология и эволюция. 24 (2): 363–373. Дои:10.1093 / molbev / msl167. PMID  17090697.
  32. ^ Tessmar-Raible, K .; Арендт, Д. (2003). «Новые системы: между позвоночными и членистоногими, Lophotrochozoa». Текущее мнение в области генетики и развития. 13 (4): 331–340. Дои:10.1016 / s0959-437x (03) 00086-8. PMID  12888005.
  33. ^ Шривастава, М .; Begovic, E .; Chapman, J .; Putnam, N.H .; Hellsten, U .; Кавасима, Т .; Kuo, A .; Mitros, T .; Саламов, А .; Карпентер, М. Л .; Синьорович, А.Ю .; Морено, М. А .; Камм, К .; Grimwood, J .; Schmutz, J .; Shapiro, H .; Григорьев, И. В .; Buss, L.W .; Schierwater, B .; Dellaporta, S.L .; Рохсар, Д. С. (2008). «Геном Trichoplax и природа плакозоя» (PDF). Природа. 454 (7207): 955–960. Bibcode:2008Натура.454..955S. Дои:10.1038 / природа07191. PMID  18719581.
  34. ^ Рейнольдсон ТБ, Томпсон С.П., Бэмси Дж.Л. (1991). «Биологический анализ осадка с использованием тубифицида олигохетического червя Tubifex tubifex». Environ. Toxicol. Chem. 10 (8): 1061–72. Дои:10.1002 / и т. Д. 5620100811.
  35. ^ Кольб, Э. М .; Rezende, E.L .; Holness, L .; Радтке, А .; Ли, С. К .; Obenaus, A .; Гарланд младший, Т (2013). «Мыши, отобранные для высокой степени произвольного бега колеса, имеют более крупный средний мозг: поддержка мозаичной модели эволюции мозга». Журнал экспериментальной биологии. 216: 515–523. Дои:10.1242 / jeb.076000. PMID  23325861.
  36. ^ Wallingford, J .; Лю, К .; Чжэн, Ю. (2010). «Ксенопус». Текущая биология. 20: R263–4. Дои:10.1016 / j.cub.2010.01.012. PMID  20334828.
  37. ^ Harland, R.M .; Грейнджер, Р. (2011). «Исследование Xenopus: метаморфозы генетики и геномики». Тенденции в генетике. 27: 507–15. Дои:10.1016 / j.tig.2011.08.003. ЧВК  3601910. PMID  21963197.
  38. ^ Шпицберген JM, Кент ML (2003). «Современное состояние модели рыбок данио для исследований токсикологии и токсикологической патологии - преимущества и текущие ограничения». Токсикол Патол. 31 (Прил.): 62–87. Дои:10.1080/01926230390174959. ЧВК  1909756. PMID  12597434.