Проточная цитометрия - Википедия - Flow cytometry

Проточной цитометрии
FACS-buisje.JPG
Пробирка для проточного цитометра с трубочкой для всасывания
КлассификацияЦитометрия
АналитыКлетки или частицы
Другие техники
СвязанныйСчетчик сошников

Поток цитометрия (FC) - это метод, используемый для обнаружения и измерения физических и химических характеристик популяции клетки или частицы.[1][2][3][4]

В этом процессе образец, содержащий клетки или частицы, суспендируется в жидкости и вводится в проточный цитометр. Образец фокусируется таким образом, чтобы в идеале пропускать одну ячейку за раз через лазерный луч, при этом рассеянный свет характерен для ячеек и их компонентов. Клетки часто маркируются флуоресцентными маркерами, поэтому свет поглощается, а затем излучается в диапазоне длин волн. Десятки тысяч ячеек могут быть быстро исследованы, а собранные данные обрабатываются компьютером.

Проточная цитометрия обычно используется в фундаментальных исследованиях, клинической практике и клинические испытания. Использование проточной цитометрии включает:

Анализатор проточной цитометрии - это прибор, который предоставляет количественные данные по образцу. Другие инструменты, использующие проточную цитометрию, включают сортировщики клеток, которые физически разделяют и, таким образом, очищают представляющие интерес клетки на основе их оптических свойств.

История

Первый сопротивление устройство проточной цитометрии с использованием Принцип соултера, был раскрыт в патенте США 2656508, выданном в 1953 г. Уоллес Х. Коултер. Мак Фулвайлер был изобретателем предшественников современных проточных цитометров, особенно сортировщика клеток.[5] Фулвайлер разработал это в 1965 году в своей публикации в Наука.[6] Первое устройство для проточной цитометрии на основе флуоресценции (ICP 11) было разработано в 1968 году Вольфгангом Гёде из Университет Мюнстера, подана на патент 18 декабря 1968 г.[7] и впервые коммерциализирована в 1968/69 немецким разработчиком и производителем Partec через Phywe AG в Гёттинген. В это время, поглощение другие ученые по-прежнему предпочитали методы флуоресценция методы.[8] Вскоре после этого были разработаны инструменты проточной цитометрии, в том числе Cytofluorograph (1971) от Bio / Physics Systems Inc. (позже: Ortho Diagnostics), PAS 8000 (1973) от Partec, первый инструмент FACS (сортировка клеток с активацией флуоресценции) от Бектон Дикинсон (1974), ICP 22 (1975) от Partec / Phywe и Epics от Coulter (1977/78). Первый высокочастотный проточный цитометр с импедансом основанный на запатентованной микрожидкостной «лаборатории на кристалле», Ampha Z30, был представлен Amphasys (2012).[нужна цитата ]

Название технологии

Первоначальное название технологии проточной цитометрии, основанной на флуоресценции, было «импульсная цитофотометрия» (Немецкий: Импульсзитофотометрия), основанный на первой патентной заявке по флуоресцентной проточной цитометрии. На 5-й конференции Американского инженерного фонда по автоматизированной цитологии в Пенсаколе (Флорида) в 1976 году - через восемь лет после появления первого проточного цитометра на основе флуоресценции (1968) - было решено использовать название «проточная цитометрия», термин это быстро стало популярным.[9]

Для получения дополнительных исторических сведений см. цитометрия.

Проточные цитометры

Принципиальная схема проточного цитометра, от фокусировки оболочки до сбора данных.

Современные проточные цитометры способны анализировать многие тысячи частиц в секунду в «реальном времени» и, если они настроены как сортировщики клеток, могут активно разделять и изолировать частицы с заданными оптическими свойствами с аналогичной скоростью. Проточный цитометр похож на микроскоп, за исключением того, что вместо получения изображения клетки проточная цитометрия предлагает высокопроизводительную, автоматизированную количественная оценка заданных оптических параметров для каждой ячейки. Анализировать твердое тело ткани, сначала необходимо приготовить одноклеточную суспензию.

Проточный цитометр состоит из пяти основных компонентов: проточной ячейки, измерительной системы, детектора, системы усиления и компьютера для анализа сигналов. Проточная ячейка имеет поток жидкости (жидкость оболочки), которая переносит и выравнивает ячейки так, что они проходят через световой луч одним файлом для измерения. В измерительной системе обычно используются измерения импеданса (или проводимости) и оптические системы - лампы (Меркурий, ксенон ); мощные лазеры с водяным охлаждением (аргон, криптон, лазер на красителях); маломощные лазеры с воздушным охлаждением (аргон (488 нм), красный-HeNe (633 нм), зеленый-HeNe, HeCd (УФ)); диодные лазеры (синий, зеленый, красный, фиолетовый), что приводит к световым сигналам. Детектор и система аналого-цифрового преобразования (ADC) преобразует аналоговые измерения прямого рассеянного света (FSC) и бокового рассеянного света (SSC), а также сигналов флуоресценции, специфичных для красителя, в цифровые сигналы, которые могут обрабатываться компьютером. . Система усиления может быть линейный или же логарифмический.

Процесс сбора данных из образцов с помощью проточного цитометра называется «сбором». Сбор данных опосредуется компьютером, физически подключенным к проточному цитометру, и программным обеспечением, которое обеспечивает цифровой интерфейс с цитометром. Программное обеспечение способно регулировать параметры (например, напряжение, компенсацию) для испытуемого образца, а также помогает отображать исходную информацию об образце при сборе данных об образце, чтобы гарантировать правильность установки параметров. Ранние проточные цитометры были, как правило, экспериментальными устройствами, но технический прогресс позволил широко использовать их в различных клинических и исследовательских целях. Благодаря этим разработкам появился значительный рынок оборудования, программного обеспечения для анализа, а также реагентов, используемых при приобретении, таких как флуоресцентно маркированный антитела были разработаны.

Современные инструменты обычно имеют несколько лазеров и детекторов флуоресценции. Текущий рекорд для коммерческого инструмента - десять лазеров.[10] и 30 детекторов флуоресценции.[11] Увеличение количества лазеров и детекторов позволяет метить множественные антитела и может более точно идентифицировать целевую популяцию по их фенотипический маркеры. Некоторые инструменты могут даже делать цифровые изображения отдельных клеток, что позволяет анализировать расположение флуоресцентного сигнала внутри или на поверхности клеток.

Аппаратное обеспечение

Система флюидики проточного цитометра

Клетки должны равномерно проходить через центр сфокусированных лазерных лучей для точного измерения оптических свойств клеток в любом проточном цитометре.[12][13][14] Целью жидкостной системы является перемещение ячеек одна за другой через луч лазера и через инструмент. Гидравлические системы в проточном цитометре с возможностью сортировки клеток также используют поток для переноса отсортированных клеток в пробирки или лунки для сбора.[12]

Гидродинамическая фокусировка

Основная статья: Гидродинамическая фокусировка

Для точного позиционирования клеток в струе жидкости в большинстве цитометров используется гидродинамическая фокусировка.[12][13][14] Клетки в суспензии попадают в инструмент, окруженный жидкостью внешней оболочки. Образец керна поддерживается в центре жидкости оболочки. Скорость ввода пробы или скорость потока клеток через лазерный запрос можно контролировать с помощью давления жидкости оболочки на керне пробы. В оптимальных условиях центральный поток жидкости и жидкость оболочки не смешиваются.

Гидродинамическая фокусировка с акустической системой

Технология акустической фокусировки используется в некоторых проточных цитометрах для поддержки гидродинамической фокусировки.[12][14] Акустические волны (> 2 МГц) предварительно фокусируют образец перед введением в оболочку жидкости. Затем предварительно сфокусированный образец вводится в гидродинамическое ядро ​​и проходит через инструмент. Это может помочь повысить точность данных при высокой частоте дискретизации.

Оптика и электроника

Оптические фильтры

Свет излучается флуорофоры находятся в спектре длин волн, поэтому объединение нескольких флуорофоров может вызвать перекрытие. Чтобы добавить конкретики, оптические фильтры и дихроичные зеркала используются для фильтрации и перемещения света к детекторам, таким как фотоумножители (PMT) или лавинные фотодиоды (APD).[12] Оптические фильтры представляют собой полосовые (BP), длинные (LP) или короткие (SP) фильтры. В большинстве проточных цитометров используются дихроичные зеркала и полосовые фильтры для выбора определенных полос оптического спектра.

Призмы, решетки и спектральная проточная цитометрия

Спектральная проточная цитометрия использует призмы или же дифракционные решетки для рассеивания излучаемого света маркера по матрице детекторов.[12][15] Это позволяет измерять полный спектр каждой частицы. Затем измеренные спектры отдельных клеток не смешиваются с использованием эталонных спектров всех используемых красителей и спектра автофлуоресценции. Это может позволить расширить дизайн панели и применить новые биологические маркеры.

Визуализирующая проточная цитометрия

Проточная цитометрия с визуализацией (IFC) захватывает многоканальные изображения клеток.[12][16] Детекторы, используемые в платформах визуализации, могут быть оснащены устройство с зарядовой связью (CCD) или дополнительный металл-оксид-полупроводник (CMOS) для захвата изображений отдельных клеток.

Анализ данных

Основная статья: Биоинформатика проточной цитометрии

Компенсация

Основная статья: Компенсация (цитометрия)

Каждый флуорохром имеет широкий спектр флуоресценции. Когда используется более одного флуорохрома, может происходить перекрытие между флуорохромами. Эта ситуация называется перекрытием спектра. Эту ситуацию необходимо преодолеть. Например, спектр излучения для FITC и PE таков, что свет, излучаемый флуоресцеином, перекрывает ту же длину волны, что и проходит через фильтр, используемый для PE. Это спектральное перекрытие корректируется путем удаления части сигнала FITC из сигналов PE или наоборот. Этот процесс называется компенсацией цвета, при которой флуорохром вычисляется в процентах для измерения самого себя.[17]

Компенсация - это математический процесс, с помощью которого корректируется спектральное перекрытие данных многопараметрической проточной цитометрии. Поскольку флуорохромы могут иметь широкий диапазон спектра, они могут перекрываться, вызывая нежелательный результат путаницы при анализе данных. Это перекрытие, известное как вторичный эффект и количественно выражаемое в коэффициенте перелива, обычно вызывается детекторами определенного флуорохрома, измеряющими значимый пик длины волны другого флуорохрома. Для внесения этой поправки чаще всего используется линейная алгебра.[17]

В общем, когда отображаются графики одного или нескольких параметров, это означает, что другие параметры не влияют на показанное распределение. Эта проблема более серьезна, особенно при использовании параметров, превышающих вдвое. В настоящее время не обнаружено никаких инструментов для эффективного отображения многомерных параметров. Компенсация очень важна, чтобы видеть разницу между клетками.

Анализ морского образца фотосинтетический пикопланктон с помощью проточной цитометрии, показывающей три разные популяции (Прохлорококк, Синехококк, и пикоэукариоты )

Ворота

Данные, полученные с помощью проточных цитометров, могут быть отображены в одном измерение, чтобы произвести гистограмма, или в двухмерных точечных графиках, или даже в трех измерениях. Области на этих графиках могут быть последовательно разделены на основе флуоресценции. интенсивность, путем создания серии выделений подмножеств, называемых «воротами». Специфический строб протоколы существуют для диагностических и клинических целей, особенно в отношении гематология. Отдельные одиночные клетки часто отличаются от дублетов клеток или более высоких агрегатов по их «времени пролета» (также обозначаемому как «ширина импульса») через узко сфокусированный лазерный луч.[18]

Графики часто строятся в логарифмических масштабах. Поскольку спектры излучения разных флуоресцентных красителей перекрываются,[19][20] сигналы на детекторах необходимо компенсировать как электронно, так и вычислительно. Данные, накопленные с помощью проточного цитометра, можно анализировать с помощью программного обеспечения. После сбора данных нет необходимости оставаться подключенным к проточному цитометру, и анализ чаще всего выполняется на отдельном компьютере.[нужна цитата ] Это особенно необходимо на основных предприятиях, где использование этих машин очень востребовано.[нужна цитата ]

Вычислительный анализ

Недавний прогресс в автоматизированной идентификации населения с использованием вычислительных методов предложил альтернативу традиционным стратегиям стробирования. Автоматизированные системы идентификации потенциально могут помочь в обнаружении редких и скрытых популяций. Типичные автоматизированные методы включают FLOCK [21] в базе данных иммунологии и аналитическом портале (ImmPort),[22] СамСПЕКТРАЛЬНЫЙ[23] и flowClust[24][25][26] в Биокондуктор, и ПЛАМЯ [27] в GenePattern. T-распределенное стохастическое соседнее встраивание (tSNE) - это алгоритм, предназначенный для уменьшения размерности, чтобы обеспечить визуализацию сложных многомерных данных на двухмерной «карте».[28] Совместные усилия привели к открытому проекту под названием FlowCAP (Flow Cytometry: Critical Assessment of Population Identification Methods,[29]) предоставить объективный способ сравнения и оценки методов кластеризации данных проточной цитометрии, а также составить руководство по надлежащему использованию и применению этих методов.

FMO контролирует

Контроль флуоресценции минус один (FMO) важен для интерпретации данных при построении многоцветных панелей, в которых клетка окрашивается несколькими флуорохромами одновременно. Элементы управления FMO обеспечивают измерение перелива флуоресценции в заданном канале и позволяют выполнять компенсацию. Чтобы создать контроль FMO, образец окрашивают всеми флуорохромами, кроме того, который исследуется - это означает, что если вы используете 4 разных флуорохромы, ваш контроль FMO должен содержать только 3 из них (например: флуорохромы - A, B, C, D; FMOs - ABC_, AB_D, A_CD, _BCD).

Сортировка клеток методом проточной цитометрии

Сортировка ячеек это метод очистки популяций клеток на основе наличия или отсутствия определенных физических характеристик.[12][14][30] В проточных цитометрах с возможностью сортировки прибор обнаруживает клетки, используя параметры, включая размер клеток, морфологию и экспрессию белка, а затем капельную технологию для сортировки клеток и извлечения подмножеств для пост-экспериментального использования.[12][14]

Первый прототип сортировщика построен на заводе Лос-Аламосская национальная лаборатория (LANL) в 1965 году физиком Маком Дж. Фулвайлером, объединив датчик объема Коултера с недавно изобретенным струйным принтером.[31] Сортировщик живых клеток или сортировщик клеток с активацией флуоресценции (FACS)[а] был создан Лен Герценберг, который впоследствии выиграл Киотская премия в 2006 году за его основополагающую работу.[33]

Сортировка клеток с использованием проточной цитометрии и капельной технологии

Сортировщики клеток для проточной цитометрии имеют систему сбора, в отличие от анализаторов для проточной цитометрии. Процесс сбора начинается, когда образец вводится в поток жидкости оболочки, который проходит через проточную кювету и перекрывается лазером.[34] Затем поток переносит ячейку через вибрирующее сопло, которое генерирует капли, большинство из которых содержат либо одну ячейку, либо не содержат ячеек. Электрическое зарядное кольцо помещается как раз в том месте, где поток разбивается на капли и обвинять помещается на кольцо непосредственно перед измерением интенсивности флуоресценции; противоположный заряд удерживается на капле, когда она отрывается от потока, и поэтому капли заряжаются. Затем заряженные капли падают через электростатическое отклонение система, которая отводит капли в контейнеры в зависимости от их заряда. В некоторых системах заряд прикладывается непосредственно к потоку, и при отрыве капли сохраняется заряд того же знака, что и у потока. Затем поток возвращается в нейтральное состояние после отрыва капли. После сбора эти клетки можно культивировать, обрабатывать и изучать.

Этикетки

Использование проточной цитометрии для измерения вариации числа копий конкретной последовательности ДНК (Flow-FISH )

Проточная цитометрия использует световые свойства, рассеянные от клеток или частиц, для идентификации или количественного измерения физических свойств. Этикетки, красители и пятна можно использовать для многопараметрического анализа (узнайте больше о свойствах клетки). Иммунофенотипирование анализ гетерогенных популяций клеток с использованием меченых антитела[35] и другие реагенты, содержащие флуорофор, такие как красители и красители.

Флуоресцентные этикетки

Основная статья: Флуорофор

Широкий спектр флуорофоров можно использовать в качестве меток в проточной цитометрии.[19] Флуорофоры, или просто «флюоры»[нужна цитата ], как правило, прикреплены к антителу, которое распознает объект-мишень на клетке или в ней; они также могут быть присоединены к химическому соединению со сродством к клеточная мембрана или другая клеточная структура. Каждый флуорофор имеет характерный пик возбуждение и выброс длины волны, и спектры излучения часто перекрываются. Следовательно, комбинация меток, которую можно использовать, зависит от длины волны лампы (ламп) или лазера (ов), используемых для возбуждения флуорохромов, и от доступных детекторов.[36] Предполагается, что максимальное количество различимых флуоресцентных меток составляет 17 или 18, и этот уровень сложности требует трудоемкой оптимизации для ограничения артефактов, а также сложных деконволюция алгоритмы разделения перекрывающихся спектров.[37] Проточная цитометрия использует флуоресценцию как количественный инструмент; максимальная чувствительность проточной цитометрии не имеет себе равных среди других платформ флуоресцентного обнаружения, таких как конфокальная микроскопия. Абсолютная чувствительность флуоресценции обычно ниже в конфокальная микроскопия потому что расфокусированные сигналы отклоняются конфокальной оптической системой и потому что изображение создается последовательно из отдельных измерений в каждом месте ячейки, сокращая количество времени, доступное для сбора сигнала.[38]

Квантовые точки

Квантовые точки иногда используются вместо традиционных флуорофоров из-за их более узких пиков излучения.

Маркировка изотопов

Основная статья: Массовая цитометрия

Массовая цитометрия преодолевает предел флуоресцентного мечения за счет использования лантаноид изотопы, прикрепленные к антителам. Теоретически этот метод может позволить использовать от 40 до 60 различимых этикеток и был продемонстрирован для 30 этикеток.[37] Массовая цитометрия принципиально отличается от проточной цитометрии: клетки вводятся в плазма, ионизированные и связанные изотопы количественно определены с помощью времяпролетная масс-спектрометрия. Хотя этот метод позволяет использовать большое количество меток, в настоящее время он имеет меньшую пропускную способность, чем проточная цитометрия. Он также разрушает анализируемые клетки, препятствуя их восстановлению путем сортировки.[37]

Цитометрический набор шариков

Помимо способности маркировать и идентифицировать отдельные клетки с помощью флуоресцентных антител, также можно измерять клеточные продукты, такие как цитокины, белки и другие факторы. Похожий на ELISA сэндвич-тесты, цитометрический набор шариков (CBA ) в анализах используются несколько популяций шариков, которые обычно различаются по размеру и разным уровням интенсивности флуоресценции, чтобы различать несколько аналитов в одном анализе. Количество захваченного аналита определяется с помощью биотинилированного антитела против вторичного эпитопа белка с последующей обработкой стрептавидин-R-фикоэритрином. Интенсивность флуоресценции R-фикоэритрина на гранулах количественно определяют на проточном цитометре, оборудованном источником возбуждения 488 нм. Концентрации представляющего интерес белка в образцах могут быть получены путем сравнения флуоресцентных сигналов с сигналами стандартной кривой, полученными при серийном разведении известной концентрации аналита. Обычно также называют набором гранул цитокинов (CBA).

Проточная цитометрия с импедансом

Импеданс системы анализа отдельных клеток, широко известные как Счетчики Coulter. Они представляют собой хорошо зарекомендовавший себя метод подсчета и определения размеров практически любых клеток и частиц. Недавно технология без этикеток была усовершенствованалаборатория на кристалле "основанный на подходе и применяя высокую частоту переменный ток (AC) в радиодиапазоне (от 100 кГц до 30 МГц) вместо статического постоянный ток (DC) или низкочастотное поле переменного тока.[39][40] Эта запатентованная технология позволяет проводить высокоточный анализ клеток и предоставляет дополнительную информацию, например о мембране. емкость и жизнеспособность. Относительно небольшой размер и надежность позволяют использовать аккумуляторную батарею на объекте в полевых условиях.

Измеряемые параметры

Приложения

Технология имеет применение в ряде областей, в том числе молекулярная биология, патология, иммунология, вирусология,[41] биология растений и Морская биология.[42] Имеет широкое применение в лекарство особенно в трансплантации, гематологии, иммунологии опухолей и химиотерапии, пренатальной диагностике, генетике и сортировка спермы за предварительный выбор пола. Проточная цитометрия широко применяется для обнаружения аномалий сперматозоидов, связанных с Фрагментация ДНК[43] в мужская фертильность анализы.[44] Кроме того, он широко используется в исследованиях для обнаружения Повреждение ДНК,[45][46] расщепление каспазы и апоптоз.[47] Фотоакустическая проточная цитометрия используется при изучении бактерий с множественной лекарственной устойчивостью (чаще всего MRSA) для обнаружения, дифференциации и количественного определения бактерий в крови, отмеченных окрашенными бактериофагами.[48] В нейробиология, также может быть проанализирована совместная экспрессия клеточной поверхности и внутриклеточных антигенов.[49] В морской биологии автофлуоресцентные свойства фотосинтетических планктон может быть использован с помощью проточной цитометрии для характеристики численности и структуры сообщества. В микробиологии его можно использовать для скрининга и сортировки мутантных библиотек транспозонов, созданных с помощью транспозона, кодирующего GFP (TnMHA),[50] или для оценки жизнеспособности.[51] В белковой инженерии проточная цитометрия используется в сочетании с дрожжевой дисплей и бактериальный дисплей для выявления вариантов белка с желаемыми свойствами, отображаемых на клеточной поверхности.Основные преимущества проточной цитометрии перед гистологией и ИГХ - это возможность точно измерить количество антигенов и возможность окрашивать каждую клетку множеством антител-флуорофоров, в современных лабораториях около 10 антитела могут быть связаны с каждой клеткой. Это намного меньше, чем массовый цитометр, где в настоящее время можно измерить до 40, но по более высокой цене и медленнее.

Протоколы проточной цитометрии, используемые для исследований, часто нуждаются в валидации из-за риска связывания антител с рецепторами Fc.[52]

Анализ CFSE

Клеточная пролиферация - основная функция иммунной системы. Часто требуется проанализировать пролиферативную природу клеток, чтобы сделать какие-то выводы. Одним из таких анализов для определения пролиферации клеток является отслеживающий краситель карбоксифлуоресцеиндиацетат сукцинимидиловый эфир (CFSE). Это помогает контролировать пролиферативные клетки. Этот анализ дает количественные, а также качественные данные во время экспериментов с временными рядами.[53] Этот краситель ковалентно связывается с долгоживущими молекулами, находящимися внутри клетки. Когда клетки делятся, делятся и молекулы, и дочерние клетки обладают половиной красителя, чем родительская популяция. Это снижение интенсивности можно визуализировать с помощью проточной цитометрии.[54] В литературе этот мощный метод проточной цитометрии и CFSE использовался для определения эффективности Т-клеток в уничтожении клеток-мишеней при раке, таком как лейкемия. Чтобы визуализировать гибель клеток-мишеней, как быструю, так и медленную, ученые использовали метку CFSE с окрашиванием антителами определенных типов клеток и флуоресцентно меченных микрогранул. Это также дало информацию о пролиферации клеток-мишеней при обработке определенных цитокинов.[55]

Смотрите также

Библиография

  • Проточная цитометрия в микробиологии Дэвида Ллойда. ISBN  3-540-19796-6
  • Практическая проточная цитометрия Говарда М. Шапиро. ISBN  0-471-41125-6
  • Проточная цитометрия для биотехнологии Ларри А. Склар. ISBN  0-19-515234-4
  • Справочник по методам проточной цитометрии Дж. Пол Робинсон и др. ISBN  0-471-59634-5
  • Текущие протоколы в цитометрии, Паб "Уайли-Лисс". ISSN  1934-9297
  • Проточная цитометрия в клинической диагностике, v4, (Кэри, Маккой и Керен, ред.), ASCP Press, 2007. ISBN  0-89189-548-5
  • «Основные методы цитометрии» З. Дарзинкевич, Дж. П. Робинсон и М. Родерер, Elsevier / Academic Press, 2010. ISBN  978-0-12-375045-7
  • Ормерод, М. (ред.) (2000) Проточная цитометрия - практический подход. 3-е издание. Oxford University Press, Оксфорд, Великобритания. ISBN  0-19-963824-1
  • Ормерод, М. (1999) Проточной цитометрии. 2-е издание. Издательство BIOS Scientific, Оксфорд. ISBN  1-85996-107-X
  • Проточная цитометрия - базовое введение. Майкл Г. Ормерод, 2008. ISBN  978-0-9559812-0-3
  • '' Методы клеточной биологии, цитометрии, 4-е издание, т. 75. З. Дарзинкевич, М. Рёдерер и Х. Дж. Танке. Elsevier / Academic Press, 2004 г., ISBN  0-12-480283-4.
  • ′ ′ Последние достижения в цитометрии. ЧАСТЬ A ′ ′ З. Дарзинкевич и др., «Методы клеточной биологии», т. 102, Elsevier / Academic Press, 2011. ISBN  978-0-12-374912-3.
  • ′ ′ Последние достижения в цитометрии. ЧАСТЬ B ′ ′ З. Дарзинкевич и др., «Методы клеточной биологии», Vol. 103, Elsevier / Academic Press, 2011. ISBN  978-0-12-385493-3

Примечания

  1. ^ Акроним FACS - товарный знак и принадлежит BD Biosciences-Immunocytometry Systems, подразделению Becton-Dickinson, которое лицензировало патенты Стэнфорда.[30][32]

Рекомендации

  1. ^ Пико Дж., Герен С.Л., Ле Ван Ким С., Буланже С.М. (март 2012 г.). «Проточная цитометрия: ретроспектива, основы и новейшее оборудование». Цитотехнология. 64 (2): 109–30. Дои:10.1007 / s10616-011-9415-0. ЧВК  3279584. PMID  22271369.
  2. ^ "проточной цитометрии". TheFreeDictionary.com. Получено 2018-09-18.
  3. ^ «Практическая проточная цитометрия - Бекман Коултер». www.beckman.com. Получено 2018-09-18.
  4. ^ Гиван, Алиса Л. (2011). «Проточная цитометрия: введение». В Hawley, T .; Хоули, Р. (ред.). Протоколы проточной цитометрии. Методы молекулярной биологии. 699. Humana Press. С. 1–29. Дои:10.1007/978-1-61737-950-5_1. ISBN  978-1-61737-949-9. PMID  21116976.
  5. ^ США 3380584, Мак Фулвайлер, "Сепаратор частиц", выпущенный 1 июня 1965 г. 
  6. ^ Fulwyler MJ (ноябрь 1965). «Электронное разделение биологических клеток по объему». Наука. 150 (3698): 910–1. Bibcode:1965Научный ... 150..910F. Дои:10.1126 / science.150.3698.910. PMID  5891056. S2CID  459342.
  7. ^ DE 1815352, Вольфганг Диттрих и Вольфганг Гёде, "Проточная камера для фотометров для измерения и подсчета частиц в дисперсионной среде" 
  8. ^ Осборн, Р. А. (1970). «Автоматизация цитологии». В Д. М. Д. Эванс (ред.). Материалы второго симпозиума Tenovus. 24–25 октября 1968 г. Эдинбург и Лондон: Э. и С. Ливингстон (опубликовано в 1971 г.). Дои:10.1016 / S0031-3025 (16) 39506-X. S2CID  58286041.
    Каменцкий, Луи А. (1973). «Автоматизация цитологии». Успехи биологической и медицинской физики. 14: 93–161. Дои:10.1016 / B978-0-12-005214-1.50007-8. ISBN  9780120052141. PMID  4579761.
  9. ^ Мешок, Ульрих; и другие. Zelluläre Diagnostik. Karger Publishers (2006).
  10. ^ "Centenary Institute - Ресурсы и оборудование".
  11. ^ «BD Biosciences - Продукты для специальных заказов».
  12. ^ а б c d е ж грамм час я Cossarizza A, Chang HD, Radbruch A, Akdis M, Andrä I, Annunziato F и др. (Октябрь 2017 г.). «Рекомендации по использованию проточной цитометрии и сортировки клеток в иммунологических исследованиях» (PDF). Европейский журнал иммунологии. 47 (10): 1584–1797. Дои:10.1002 / eji.201646632. PMID  29023707.
  13. ^ а б «Система жидкостей - руководство по проточной цитометрии». Био-Рад. Получено 2018-09-18.
  14. ^ а б c d е «Как работает проточный цитометр». Thermo Fisher Scientific. Получено 2018-09-18.
  15. ^ Нолан Дж. П., Конделло Д. (январь 2013 г.). «Спектральная проточная цитометрия». Текущие протоколы цитометрии. 63 (1): 1.27.1–1.27.13. Дои:10.1002 / 0471142956.cy0127s63. ISBN  978-0471142959. ЧВК  3556726. PMID  23292705.
  16. ^ Хан И, Гу И, Чжан А.С., Ло ЙХ (ноябрь 2016 г.). «Обзор: технологии визуализации для проточной цитометрии». Лаборатория на чипе. 16 (24): 4639–4647. Дои:10.1039 / c6lc01063f. ЧВК  5311077. PMID  27830849.
  17. ^ а б Roederer M (ноябрь 2001 г.). «Спектральная компенсация для проточной цитометрии: артефакты визуализации, ограничения и предостережения». Цитометрия. 45 (3): 194–205. Дои:10.1002 / 1097-0320 (20011101) 45: 3 <194 :: help-cyto1163> 3.0.co; 2-c. PMID  11746088.
  18. ^ Шарплесс Т., Траганос Ф., Дарзинкевич З., Меламед М.Р. (1975). «Проточная цитофлуорометрия: различение отдельных клеток и клеточных агрегатов путем прямых измерений размера». Акта Цитол. 19 (6): 577–581. PMID  1108568.
  19. ^ а б «Стол флуорохромов (Инструменты)». Сеть проточной цитометрии.
  20. ^ «Таблица флуорохромов». Архивировано из оригинал 20 октября 2014 г.
  21. ^ Qian Y, Wei C, Eun-Hyung Lee F, Campbell J, Halliley J, Lee JA, Cai J, Kong YM, Sadat E, Thomson E, Dunn P, Seegmiller AC, Karandikar NJ, Tipton CM, Mosmann T., Sanz I. , Scheuermann RH (2010). «Выявление семнадцати субпопуляций В-клеток периферической крови человека и количественная оценка ответа от столбняка с использованием метода на основе плотности для автоматической идентификации клеточных популяций в данных многомерной проточной цитометрии». Цитометрия Часть B. 78 (Приложение 1): S69–82. Дои:10.1002 / cyto.b.20554. ЧВК  3084630. PMID  20839340.
  22. ^ «База данных иммунологии и аналитический портал». Архивировано из оригинал 26 июля 2011 г.. Получено 2009-09-03.
  23. ^ Заре Х., Шоштари П., Гупта А., Бринкман Р.Р. (июль 2010 г.). «Обработка данных для спектральной кластеризации для анализа данных высокопроизводительной проточной цитометрии». BMC Bioinformatics. 11: 403. Дои:10.1186/1471-2105-11-403. ЧВК  2923634. PMID  20667133.
  24. ^ "flowClust". Получено 2009-09-03.
  25. ^ Ло К., Бринкман Р., Готтардо Р. (апрель 2008 г.). «Автоматическое управление данными проточной цитометрии с помощью надежной кластеризации на основе моделей». Цитометрия. Часть А. 73 (4): 321–32. Дои:10.1002 / cyto.a.20531. PMID  18307272.
  26. ^ Ло К., Хане Ф., Бринкман Р. Р., Готтардо Р. (май 2009 г.). «flowClust: пакет Bioconductor для автоматического стробирования данных проточной цитометрии». BMC Bioinformatics. 10: 145. Дои:10.1186/1471-2105-10-145. ЧВК  2701419. PMID  19442304.
  27. ^ «Анализ расхода с автоматической многомерной оценкой (FLAME)». Архивировано из оригинал 21 августа 2009 г.. Получено 2009-09-03.
  28. ^ Ваттенберг М., Виегас Ф, Джонсон I. (13 октября 2016 г.). «Как эффективно использовать t-SNE». Дистиллировать. 1 (10). Дои:10.23915 / дистилл.00002.
  29. ^ «FlowCAP - Проточная цитометрия: критическая оценка методов идентификации населения». Получено 2009-09-03.
  30. ^ а б Перкель, Джеффри (19 июля 2004 г.). «Сортировщик клеток с активацией флуоресценции». Ученый. Получено 2018-09-18.
  31. ^ «Запись 9554, История интервью с сортировщиком ячеек». Архивы Смитсоновского института. Фулвайлер, Мак Джетт. интервьюируемый, Герценберг, Леонард А. интервьюируемый, Герценберг, Леонора А. интервьюируемый, Бах, Брюс Аллен. интервьюируемый, Краснов, интервьюируемый Марк А., Мхатре, интервьюируемый Нагеш С. 1991 г.. Получено 2018-09-18.CS1 maint: другие (связь)
  32. ^ Бушнелл, Тим (04.05.2016). «12 терминов и определений проточной цитометрии, которые ошибаются большинством ученых». Экспертная цитометрия. Получено 2018-09-18.
  33. ^ Юлиус М.Х., Масуда Т., Герценберг Л.А. (июль 1972 г.). «Демонстрация того, что антигенсвязывающие клетки являются предшественниками антителопродуцирующих клеток после очистки с помощью клеточного сортировщика, активируемого флуоресценцией». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 69 (7): 1934–8. Bibcode:1972ПНАС ... 69.1934J. Дои:10.1073 / пнас.69.7.1934. ЧВК  426835. PMID  4114858.
  34. ^ «Сортировка клеток - установка проточной цитометрии медицинского факультета». flowcytometry.utoronto.ca. Получено 2018-09-18.
  35. ^ «Конъюгация моноклональных антител». www.drmr.com. Получено 2018-09-18.
  36. ^ Локен, М.Р. (1990). Методы иммунофлуоресценции в проточной цитометрии и сортировке (2-е изд.). Вайли. С. 341–53.
  37. ^ а б c Орнатский О., Бандура Д., Баранов В., Ниц М., Винник М. А., Таннер С. (сентябрь 2010 г.). «Многопараметрический анализ методом массовой цитометрии». Журнал иммунологических методов. 361 (1–2): 1–20. Дои:10.1016 / j.jim.2010.07.002. PMID  20655312.
  38. ^ Басиджи Д.А., Ортын В.Е., Лян Л., Венкатачалам В., Моррисси П. (сентябрь 2007 г.). «Анализ клеточных изображений и визуализация с помощью проточной цитометрии». Клиники лабораторной медицины. 27 (3): 653–70, viii. Дои:10.1016 / j.cll.2007.05.008. ЧВК  2034394. PMID  17658411.
  39. ^ Сан Т., Морган Х (апрель 2010 г.). "Микрожидкостная цитометрия одноклеточного импеданса: обзор". Микрофлюидика Нанофлюидика. 8 (4): 423–443. Дои:10.1007 / s10404-010-0580-9. S2CID  95631023.
  40. ^ Cheung KC, Di Berardino M, Schade-Kampmann G, Hebeisen M, Pierzchalski A, Bocsi J, Mittag A, Tárnok A (июль 2010 г.). «Микрофлюидная проточная цитометрия на основе импеданса». Цитометрия. Часть А. 77 (7): 648–66. Дои:10.1002 / cyto.a.20910. PMID  20583276.
  41. ^ Замора JLR, Агилар ХК (февраль 2018 г.). «Проточная вирометрия как инструмент изучения вирусов». Рассмотрение. Методы. 134-135: 87–97. Дои:10.1016 / j.ymeth.2017.12.011. ЧВК  5815898. PMID  29258922.
  42. ^ Мерфи Р.У., Лоукок Л.А., Смит С., Даревский И.С., Орлов Н., МакКаллок Р.Д., Аптон Д.Е. (1997). «Проточная цитометрия в исследованиях биоразнообразия: методы, полезность и ограничения». Амфибия-Рептилии. 18: 1–13. Дои:10.1163 / 156853897x00260.
  43. ^ Gorczyca W, Traganos F, Jesionowska H, ​​Darzynkiewicz Z (1993). «Наличие разрывов цепи ДНК и повышенная чувствительность ДНК in situ к денатурации в аномальных человеческих сперматозоидах: аналогия с апоптозом соматических клеток». Exp Cell Res. 207 (1): 202–5. Дои:10.1006 / excr.1993.1182. PMID  8391465.
  44. ^ Эвенсон Д.П. (2017). «Оценка структуры хроматина сперматозоидов и разрывов цепей ДНК является важной частью клинической оценки мужской фертильности». Перевод Андрол Урол. 6 (Приложение 4): S495 – S500. Дои:10.21037 / тау.2017.07.20. ЧВК  5643675. PMID  29082168.
  45. ^ Танака Т., Халика HD, Хуанг Х, Траганос Ф, Дарзинкевич З (2006). «Конститутивное фосфорилирование гистона H2AX и активация ATM, репортеры повреждения ДНК эндогенными оксидантами». Клеточный цикл. 5 (17): 1940–1945. Дои:10.4161 / cc.5.17.3191. ЧВК  3488278. PMID  16940754.
  46. ^ MacPhail SH, Banáth JP, Yu Y, Chu E, Olive PL (2003). «Зависимая от клеточного цикла экспрессия фосфорилированного гистона H2AX: снижение экспрессии в необлученных, но не облученных Х-лучами клетках G1-фазы». Radiat Res. 159 (6): 759–67. Bibcode:2003РадР..159..759М. Дои:10.1667 / rr3003. PMID  12751958.
  47. ^ Darzynkiewicz Z, Juan G, Li X, Gorczyca W, Murakami M, Traganos F (1997). «Цитометрия в некробиологии клеток. Анализ апоптоза и случайной гибели клеток (некроза)». Цитометрия. 27 (1): 1–20. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-0320 (19970101) 27: 1 <1 :: AID-CYTO2> 3.0.CO; 2-L. PMID  9000580.
  48. ^ Виатор, Джон А .; Келлум, Джон А .; Хемпель, Джон Д .; Повар, Джастин; Саевский, Андреа; Фитцпатрик, Мэтью; Фернандес, Рэйчел; Минард, Остин; Ноэль, Сьерра (27 февраля 2019 г.). Ван, Лихонг V; Ораевский, Александр А (ред.). «Идентификация инфекции MRSA в крови с помощью фотоакустической проточной цитометрии». Photons Plus Ultrasound: визуализация и зондирование 2019. Международное общество оптики и фотоники. 10878: 1087860. Bibcode:2019SPIE10878E..60E. Дои:10.1117/12.2510210. ISBN  9781510623989. S2CID  86428267.
  49. ^ Менон В., Томас Р., Гейл А.Р., Рейнхард С., Прушак Дж. (Декабрь 2014 г.). «Протоколы проточной цитометрии для анализа поверхностных и внутриклеточных антигенов типов нервных клеток». Журнал визуализированных экспериментов (94): e52241. Дои:10.3791/52241. ЧВК  4396953. PMID  25549236.
  50. ^ Антипас Х, Весес-Гарсия М, Вейбулл Э, Андерссон-Сван Х, Рихтер-Дальфорс А (июнь 2018 г.). «Универсальная платформа для отбора и фенотипического скрининга с высоким разрешением бактериальных мутантов с использованием слайда с нанолунками». Лаборатория на чипе. 18 (12): 1767–1777. Дои:10.1039 / c8lc00190a. ЧВК  5996734. PMID  29781496.
  51. ^ Дэйви Х.М. (2011). «Жизнь, смерть и промежуточное: значения и методы в микробиологии». Прикладная и экологическая микробиология. 77 (16): 5571–5576. Дои:10.1128 / AEM.00744-11. ЧВК  3165249. PMID  21705550.
  52. ^ Андерсен М.Н., Аль-Карради С.Н., Крагструп Т.В., Хокланд М. (2016). «Устранение ошибочных результатов в проточной цитометрии, вызванных связыванием антител с рецепторами Fc на человеческих моноцитах и ​​макрофагах». Цитометрия. 89 (11): 1001–1009. Дои:10.1002 / cyto.a.22995. PMID  27731950.
  53. ^ Hawkins, E.D .; Hommel, M .; Тернер, М. Л .; Battye, F. L .; Markham, J. F .; Ходжкин, П. Д. (2007). «Измерение пролиферации, выживаемости и дифференциации лимфоцитов с использованием данных временного ряда CFSE». Nat. Protoc. 2 (9): 2057–67. Дои:10.1038 / nprot.2007.297. PMID  17853861. S2CID  13550456.
  54. ^ Quah, B.J .; Пэриш, К. Р. (2010). «Использование сукцинимидилового эфира диацетата карбоксифлуоресцеина (CFSE) для мониторинга пролиферации лимфоцитов». J Vis Exp (44). Дои:10.3791/2259. ЧВК  3185625. PMID  20972413.
  55. ^ Jedema, I .; Van Der Werff, N.M .; Barge, R.M .; Willemze, R .; Фалькенбург, Дж. Х. (2004). «Новый анализ на основе CFSE для определения предрасположенности к лизису цитотоксическими Т-клетками лейкозных клеток-предшественников в гетерогенной популяции клеток-мишеней». Кровь. 103 (7): 2677–2682. Дои:10.1182 / кровь-2003-06-2070. PMID  14630824. S2CID  1984056.

внешняя ссылка

Библиотечные ресурсы о
Проточной цитометрии