B3 домен - B3 domain
| ДНК-связывающий домен B3 | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 B3 ДНК-связывающий домен RAV1 | |||||||||||
| Идентификаторы | |||||||||||
| Символ | B3_domain | ||||||||||
| Pfam | PF02362 | ||||||||||
| ИнтерПро | IPR003340 | ||||||||||
| PROSITE | PS50863 | ||||||||||
| SCOP2 | 1wid / Объем / СУПФАМ | ||||||||||
| CDD | cd10017 | ||||||||||
| |||||||||||
B3 ДНК-связывающий домен (DBD) - это очень консервативный домен находится исключительно в факторы транскрипции (≥40 видов) (Pfam PF02362 ) в сочетании с другими доменами (ИнтерПро: IPR003340 ). Состоит из 100-120 остатков, включает семь бета-нити и два альфа спирали которые образуют ДНК-связывающую псевдобочку белковая складка (SCOP 117343 ); он взаимодействует с большой канавкой ДНК.[1]
B3 семьи
В Arabidopsis thaliana, существует три основных семейства факторов транскрипции, которые содержат домен B3:[2]
- АРФ (Ауксин рответ Fактеры)
- ABI3 (ABножничная кислота янечувствительный3)
- РАВ (рв восторге от АBI3 /VP1)
| белок | ARF1-B3 | ABI3-B3 | РАВ1-B3 |
|---|---|---|---|
| Структура B3, полученная | молекулярная модель[1] | молекулярная модель[1] | ЯМР[1] |
| B3 последовательность распознавания | TGTCTC[3][4] | CATGCA[5][6] | CACCTG[7] |
PDB: 1WID[1] и PDB: 1YEL[8] известны только ЯМР структуры фазы раствора ДНК-связывающего домена B3.
Родственные белки
В N-концевой домен эндонуклеаза рестрикции ЭкоРИИ; то C-терминал домен эндонуклеаза рестрикции BfiI обладают похожей ДНК-связывающей псевдобочкой белковая складка.[9][10]
Смотрите также
- Эндонуклеаза рестрикции ЭкоРИИ
- Ауксин
- Абсцизовая кислота
использованная литература
- ^ а б c d е Ямасаки К., Кигава Т., Иноуэ М., Татено М., Ямасаки Т., Ябуки Т., Аоки М., Секи Е., Мацуда Т., Томо И., Хаями Н., Терада Т., Широудзу М., Осанай Т., Танака А., Секи М., Шинозаки К. , Ёкояма S (2004). «Структура раствора ДНК-связывающего домена B3 холодно-чувствительного транскрипционного фактора RAV1 Arabidopsis». Растительная клетка. 16 (12): 3448–59. Дои:10.1105 / tpc.104.026112. ЧВК 535885. PMID 15548737.
- ^ Рихманн Дж. Л., Херд Дж., Мартин Дж., Ройбер Л., Цзян С., Кедди Дж., Адам Л., Пинеда О, Рэтклифф О. Дж., Самаха Р. Р., Крилман Р., Пилигрим М., Браун П., Чжан Дж. З., Гандехари Д., Шерман Б. К., Ю. Г. (2000). «Факторы транскрипции Arabidopsis: сравнительный анализ генома среди эукариот». Наука. 290 (5499): 2105–10. Bibcode:2000Sci ... 290.2105R. Дои:10.1126 / science.290.5499.2105. PMID 11118137.
- ^ Ульмасов Т., Хаген Г., Гилфойл Т.Дж. (1997). «ARF1, фактор транскрипции, который связывается с элементами ответа на ауксин». Наука. 276 (5320): 1865–8. Дои:10.1126 / science.276.5320.1865. PMID 9188533.
- ^ Тивари С.Б., Хаген Дж., Гильфойл Т.Дж. (2003). «Роль доменов фактора ауксинового ответа в ауксин-ответной транскрипции». Растительная клетка. 15 (2): 533–43. Дои:10.1105 / tpc.008417. ЧВК 141219. PMID 12566590.
- ^ Сузуки М., Као С.Й., Маккарти Д.Р. (1997). «Консервативный домен B3 VIVIPAROUS1 обладает кооперативной ДНК-связывающей активностью». Растительная клетка. 9 (5): 799–807. Дои:10.1105 / tpc.9.5.799. ЧВК 156957. PMID 9165754.
- ^ Ezcurra I, Wycliffe P, Nehlin L, Ellerström M, Rask L (2000). «Трансактивация промотора напина Brassica napus с помощью ABI3 требует взаимодействия консервативных доменов B2 и B3 ABI3 с различными цис-элементами: B2 опосредует активацию через ABRE, тогда как B3 взаимодействует с RY / G-боксом». Завод J. 24 (1): 57–66. Дои:10.1046 / j.1365-313x.2000.00857.x. PMID 11029704.
- ^ Кагая Ю., Омия К., Хаттори Т. (1999). «RAV1, новый ДНК-связывающий белок, связывается с двудольной узнаваемой последовательностью через два отдельных ДНК-связывающих домена, уникально обнаруженных у высших растений». Нуклеиновые кислоты Res. 27 (2): 470–8. Дои:10.1093 / nar / 27.2.470. ЧВК 148202. PMID 9862967.
- ^ Waltner, J.K .; Peterson, F.C .; Lytle, B.L .; Фолькман, Б.Ф. (2005). «Структура домена B3 из белка At1g16640 Arabidopsis thaliana». Белковая наука. 14 (9): 2478–83. Дои:10.1110 / пс.051606305. ЧВК 2253459. PMID 16081658.
- ^ Чжоу XE, Ван Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). «Кристаллическая структура эндонуклеазы рестрикции типа IIE EcoRII выявляет механизм аутоингибирования за счет новой складки связывания эффектора». J. Mol. Биол. 335 (1): 307–19. Дои:10.1016 / j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759.
- ^ Гразулис С., Манакова Е., Рёссле М., Бохтлер М., Тамулайтен Г., Хубер Р., Сикснис В. (2005). «Структура металл-независимого рестрикционного фермента BfiI выявляет слияние специфического ДНК-связывающего домена с неспецифической нуклеазой» (PDF). Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 102 (44): 15797–802. Bibcode:2005PNAS..10215797G. Дои:10.1073 / pnas.0507949102. ЧВК 1266039. PMID 16247004.
внешние ссылки
- DBD база данных предсказанных факторов транскрипцииКуммерфельд С.К., Тейхманн С.А. (2006). «DBD: база данных для прогнозирования факторов транскрипции». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D74–81. Дои:10.1093 / nar / gkj131. ЧВК 1347493. PMID 16381970. Использует тщательно подобранный набор ДНК-связывающих доменов для прогнозирования факторов транскрипции во всех полностью секвенированных геномах.
- Классификация в таблице «Факторы транскрипции» согласно Трансфак база данных.
- База данных факторов транскрипции арабидопсиса
- B3, РАВ, и АРФ семья в PlantTFDB: База данных факторов транскрипции растений