Ро фактор - Rho factor

Фактор терминации транскрипции Rho
PDB 1pv4 EBI.jpg
Ро фактор гомогексамер
Идентификаторы
ОрганизмКишечная палочка
Символро
UniProtP0AG30

А коэффициент ρ (Ро фактор) это прокариотический белок участвует в прекращение из транскрипция.[1] Фактор Rho связывается с сайтом паузы терминатора транскрипции, открытой областью одноцепочечной РНК (участок 72 нуклеотида) после открытая рамка чтения в последовательностях, богатых C / бедных G, которые лишены очевидной вторичной структуры.[2]

Фактор Rho является важным транскрипционным белком у прокариот.[3] В кишечная палочка, это гексамер идентичных субъединиц ~ 274,6 кДа. Каждая субъединица имеет РНК-связывающий домен и АТФ -гидролиз домен. Rho является членом семейства RecA / SF5 АТФ-зависимых гексамерных геликасы эта функция заключается в обертывании нуклеиновых кислот вокруг единственной щели, охватывающей весь гексамер. Rho действует как дополнительный фактор для РНК-полимераза.

Существует два типа терминации транскрипции у прокариот: rho-зависимая терминация и внутреннее прекращение (также называемое Rho-независимым прекращением). Rho-зависимые терминаторы составляют около половины Кишечная палочка фактор-зависимые терминаторы. Другие факторы завершения, обнаруженные в Кишечная палочка включают Tau и nusA. Rho-зависимые терминаторы были впервые обнаружены в бактериофаг геномы.

Фактор Rho действует на субстрат РНК. Ключевая функция Ро - это его геликаза активность, энергия которой обеспечивается РНК-зависимым гидролизом АТФ. Начальный сайт связывания для Rho представляет собой протяженный (~ 70 нуклеотидов, иногда 80–100 нуклеотидов) одноцепочечный участок, богатый цитозин и бедный в гуанин, называется рхо утсайт ilisation (колея) в синтезируемой РНК перед действительной последовательностью терминатора. Было обнаружено несколько последовательностей связывания rho. Среди них нет консенсуса, но каждая из различных последовательностей кажется специфической, поскольку небольшие мутации в последовательности нарушают ее функцию. Rho связывается с РНК, а затем использует ее АТФаза активность, обеспечивающая энергию для перемещения вдоль РНК, пока она не достигнет спиральной области РНК-ДНК, где она раскручивает гибридную дуплексную структуру. РНК-полимераза приостанавливается в последовательности терминации, потому что существует определенный сайт на расстоянии около 100 нуклеотидов от сайта связывания Rho, называемый Rho-чувствительным сайтом паузы. Таким образом, даже несмотря на то, что РНК-полимераза примерно на 40 нт в секунду быстрее, чем Rho, она не представляет проблемы для механизма терминации Rho, поскольку РНК-полимераза позволяет Rho-фактору догонять.[нужна цитата ]

Короче говоря, Rho-фактор действует как АТФ-зависимый раскручивающий фермент, перемещаясь вдоль вновь формирующейся молекулы РНК к ее 3 ′ конец и раскручивание его из шаблона ДНК по мере его продвижения.

А бессмысленная мутация в одном гене оперон предотвращает трансляцию последующих генов в блоке. Этот эффект называется мутационной полярностью. Частая причина - отсутствие мРНК соответствующие последующим (дистальным) частям блока. Предположим, что в транскрипционной единице есть Rho-зависимые терминаторы, то есть перед обычно используемым терминатором. Обычно эти более ранние терминаторы не используются, потому что рибосома предотвращает попадание Rho в РНК-полимеразу. Но бессмысленная мутация высвобождает рибосому, так что Rho может свободно прикрепляться к РНК и / или перемещаться по ней, что позволяет ему воздействовать на РНК-полимеразу на терминаторе. В результате фермент высвобождается, и дистальные области единицы транскрипции никогда не транскрибируются.[нужна цитата ]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Колдуэлл, Эмили (26 ноября 2020 г.). «Исследование, раскрывающее секрет ключевого клеточного процесса, опровергает учебники биологии». Phys.org. Получено 26 ноября 2020.
  2. ^ Слончевски, Джоан и Джон Уоткинс. Взращивать. Микробиология: развивающаяся наука. Нью-Йорк: W.W. Norton &, 2009. Печать.
  3. ^ Pradeepkiran, JA; Кумар, KK; Кумар, YN; Бхаскар, М (2015). «Моделирование, молекулярная динамика и оценка стыковки фактора транскрипции rho: потенциальной лекарственной мишени у Brucella melitensis 16M». Дизайн, разработка и терапия лекарств. 9: 1897–912. Дои:10.2147 / DDDT.S77020. ЧВК  4386771. PMID  25848225.

внешняя ссылка