ARID4A - ARID4A
В расширенном интерактивном домене 4A (подобном RBP1), также известный как ARID4A, это белок который у человека кодируется ARID4A ген.[5][6][7]
Функция
Белок, кодируемый этим геном, является повсеместно экспрессируемым ядерный белок. Он напрямую связывается с несколькими другими белками с белок ретинобластомы (pRB), который регулирует пролиферацию клеток. pRB подавляет транскрипцию, рекрутируя кодируемый белок. Этот белок, в свою очередь, служит связующей молекулой для набора HDAC и, кроме того, обеспечивает вторую независимую от HDAC функцию подавления. Кодируемый белок обладает активностью репрессии транскрипции. Для этого гена наблюдали множественные альтернативно сплайсированные транскрипты, хотя не все варианты транскриптов были полностью описаны.[5]
Модельные организмы
| Характеристика | Фенотип |
|---|---|
| Гомозигота жизнеспособность | Аномальный |
| Рецессивный смертельное исследование | Аномальный |
| Плодородие | Нормальный |
| Масса тела | Аномальный[8] |
| Беспокойство | Нормальный |
| Неврологический осмотр | Нормальный |
| Сила захвата | Аномальный[9] |
| Горячая тарелка | Нормальный |
| Дисморфология | Нормальный |
| Косвенная калориметрия | Нормальный |
| Тест толерантности к глюкозе | Нормальный |
| Слуховой ответ ствола мозга | Нормальный |
| DEXA | Аномальный[10] |
| Рентгенография | Аномальный[11] |
| Температура тела | Нормальный |
| Морфология глаза | Нормальный |
| Клиническая химия | Аномальный[12] |
| Гематология | Аномальный[13] |
| Лимфоциты периферической крови | Аномальный |
| Микроядерный тест | Нормальный |
| Вес сердца | Нормальный |
| Гистопатология кожи | Нормальный |
| Гистопатология глаз | Нормальный |
| Сальмонелла инфекционное заболевание | Нормальный[14] |
| Citrobacter инфекционное заболевание | Нормальный[15] |
| Все тесты и анализы от[16][17] |
Модельные организмы были использованы при изучении функции ARID4A. Условный нокаутирующая мышь линия, называемая Arid4atm1a (EUCOMM) Wtsi[18][19] был создан как часть Международный консорциум Knockout Mouse программа - проект высокопроизводительного мутагенеза для создания и распространения моделей болезней на животных среди заинтересованных ученых - в Wellcome Trust Sanger Institute.[20][21][22] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг для определения последствий удаления.[16][23]
Было проведено двадцать пять испытаний и девять фенотипы сообщалось. Меньше гомозиготный мутант эмбрионы были идентифицированы во время беременности, чем ожидалось, а в отдельном исследовании меньше, чем предполагалось Менделирующее соотношение дожил до отлучение от груди. Взрослые гомозиготные мутанты мужского пола имеют пониженную кривую массы тела и пониженную силу захвата. Взрослые гомозиготные мутанты обоих полов имели пониженную массу тела, как определено DEXA, отображается позвоночник и имел отклонения в клинической химии, включая гипоальбуминемия и уменьшилась циркуляция фруктозамин уровни. У них также были гематологические дефекты и повышенная NK клетка номер.[16]
Взаимодействия
ARID4A было показано взаимодействовать с Белок ретинобластомы.[24]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000032219 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000048118 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б «Энтрез Джин: ARID4A AT с богатым интерактивным доменом 4A (подобный RBP1)».
- ^ Дефео-Джонс Д., Хуанг П.С., Джонс Р.Э., Хаскелл К.М., Вуоколо Г.А., Ханобик М.Г., Хубер Х.Э., Олифф А. (июль 1991 г.). «Клонирование кДНК клеточных белков, которые связываются с продуктом гена ретинобластомы». Природа. 352 (6332): 251–4. Bibcode:1991Натура.352..251D. Дои:10.1038 / 352251a0. PMID 1857421. S2CID 4357523.
- ^ Otterson GA, Kratzke RA, Lin AY, Johnston PG, Kaye FJ (апрель 1993 г.). «Альтернативный сплайсинг кластеров гена RBP1 во внутреннем экзоне, кодирующем потенциальные сайты фосфорилирования». Онкоген. 8 (4): 949–57. PMID 8455946.
- ^ «Данные о массе тела для Arid4a». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ «Данные о силе захвата для Arid4a». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ «Данные DEXA для Arid4a». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ «Данные рентгенографии для Arid4a». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ «Данные клинической химии для Arid4a». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ «Гематологические данные для Arid4a». Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ "Сальмонелла данные о заражении Arid4a ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ "Citrobacter данные о заражении Arid4a ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
- ^ а б c Гердин А.К. (2010). "Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью". Acta Ophthalmologica. 88 (S248). Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
- ^ Портал ресурсов мыши, Институт Wellcome Trust Sanger.
- ^ «Международный консорциум нокаут-мышей».
- ^ "Информатика генома мыши".
- ^ Скарнес В.С., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт AF, Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК 3572410. PMID 21677750.
- ^ Долгин Э (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.
- ^ Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
- ^ ван дер Вейден Л., Уайт Дж. К., Адамс Д. Д., Логан Д. В. (2011). «Набор инструментов генетики мышей: раскрытие функции и механизма». Геномная биология. 12 (6): 224. Дои:10.1186 / gb-2011-12-6-224. ЧВК 3218837. PMID 21722353.
- ^ Лай А., Ли Дж. М., Ян В. М., Де Каприо Дж. А., Кэлин В. Г., Сето Е., Брантон П. Э. (октябрь 1999 г.). «RBP1 рекрутирует как зависимую от гистондеацетилазы, так и независимую репрессивную активность белков семейства ретинобластомы». Молекулярная и клеточная биология. 19 (10): 6632–41. Дои:10.1128 / mcb.19.10.6632. ЧВК 84642. PMID 10490602.
дальнейшее чтение
- Дефео-Джонс Д., Хуанг П.С., Джонс Р.Э., Хаскелл К.М., Вуоколо Г.А., Ханобик М.Г., Хубер Х.Э., Олифф А. (июль 1991 г.). «Клонирование кДНК клеточных белков, которые связываются с продуктом гена ретинобластомы». Природа. 352 (6332): 251–4. Bibcode:1991Натура.352..251D. Дои:10.1038 / 352251a0. PMID 1857421. S2CID 4357523.
- Fattaey AR, Helin K, Dembski MS, Dyson N, Harlow E, Vuocolo GA, Hanobik MG, Haskell KM, Oliff A, Defeo-Jones D (ноябрь 1993 г.). «Характеристика связывающих белков ретинобластомы RBP1 и RBP2». Онкоген. 8 (11): 3149–56. PMID 8414517.
- Otterson GA, Kratzke RA, Lin AY, Johnston PG, Kaye FJ (апрель 1993 г.). «Альтернативный сплайсинг кластеров гена RBP1 во внутреннем экзоне, который кодирует потенциальные сайты фосфорилирования». Онкоген. 8 (4): 949–57. PMID 8455946.
- Марготтин Ф., Бур С.П., Дюран Х., Селиг Л., Бенишоу С., Ричард В., Томас Д., Штребель К., Бенарус Р. (март 1998 г.). «Новый человеческий белок WD, h-beta TrCp, который взаимодействует с Vpu ВИЧ-1, соединяет CD4 с путем деградации ER через мотив F-бокса». Молекулярная клетка. 1 (4): 565–74. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80056-8. PMID 9660940.
- Лай А., Марселлус Р.С., Корбейл Х.Б., Брантон ЧП (март 1999 г.) «RBP1 вызывает задержку роста путем подавления E2F-зависимой транскрипции». Онкоген. 18 (12): 2091–100. Дои:10.1038 / sj.onc.1202520. PMID 10321733.
- Цао Дж, Гао Т., Джулиано А.Э., Ирие РФ (февраль 1999 г.). «Распознавание эпитопа антигена рака груди человеческим антителом». Исследования и лечение рака груди. 53 (3): 279–90. Дои:10.1023 / А: 1006115922401. PMID 10369074. S2CID 34896754.
- Лай А., Ли Дж. М., Ян В. М., Де Каприо Дж. А., Кэлин В. Г., Сето Е., Брантон П. Э. (октябрь 1999 г.). «RBP1 рекрутирует как зависимую от гистондеацетилазы, так и независимую репрессивную активность белков семейства ретинобластомы». Молекулярная и клеточная биология. 19 (10): 6632–41. Дои:10.1128 / mcb.19.10.6632. ЧВК 84642. PMID 10490602.
- Лай А., Кеннеди Б.К., Барби Д.А., Бертос Н.Р., Ян XJ, Тиберг М.С., Цай СК, Сето Е., Чжан Ю., Кузьмичев А., Лейн В.С., Рейнберг Д., Харлоу Е., Брантон П.Е. (апрель 2001 г.). «RBP1 рекрутирует комплекс mSIN3-гистондеацетилаза в карман белков семейства супрессоров опухоли ретинобластомы, обнаруженных в ограниченных дискретных областях ядра при остановке роста». Молекулярная и клеточная биология. 21 (8): 2918–32. Дои:10.1128 / MCB.21.8.2918-2932.2001. ЧВК 86920. PMID 11283269.
- Fleischer TC, Yun UJ, Ayer DE (май 2003 г.). «Идентификация и характеристика трех новых компонентов корепрессорного комплекса mSin3A». Молекулярная и клеточная биология. 23 (10): 3456–67. Дои:10.1128 / MCB.23.10.3456-3467.2003. ЧВК 164750. PMID 12724404.
- Михан У. Дж., Самант Р. С., Хоппер Дж. Э., Карроцца М. Дж., Шевде Л. А., Уоркман Дж. Л., Экерт К. А., Вердераме М. Ф., Уэлч Д. Р. (январь 2004 г.). «Супрессор метастазов рака молочной железы 1 (BRMS1) образует комплексы со связывающим ретинобластому белком 1 (RBP1) и комплексом гистондеацетилазы mSin3 и подавляет транскрипцию». Журнал биологической химии. 279 (2): 1562–9. Дои:10.1074 / jbc.M307969200. PMID 14581478.
- Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д., Элиас Дж. Э., Виллен Дж., Ли Дж., Кон М.А., Кантли Л.С., Гиги С.П. (август 2004 г.). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004ПНАС..10112130Б. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК 514446. PMID 15302935.
- Кимура К., Вакамацу А., Судзуки И., Ота Т., Нисикава Т., Ямасита Р., Ямамото Дж., Секин М., Цуритани К., Вакагури Х., Исии С., Сугияма Т., Сайто К., Исоно Ю., Ирие Р., Кусида Н., Йонеяма Т. , Otsuka R, Kanda K, Yokoi T, Kondo H, Wagatsuma M, Murakawa K, Ishida S, Ishibashi T, Takahashi-Fujii A, Tanase T, Nagai K, Kikuchi H, Nakai K, Isogai T, Sugano S (январь 2006 г.) ). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Геномные исследования. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК 1356129. PMID 16344560.
- Monroe DG, Secreto FJ, Hawse JR, Subramaniam M, Khosla S, Spelsberg TC (сентябрь 2006 г.). "Регулирование изоформы рецептора эстрогена гена ретинобластомы-связывающего белка 1 (RBBP1): роль AF1 и энхансерных элементов". Журнал биологической химии. 281 (39): 28596–604. Дои:10.1074 / jbc.M605226200. PMID 16873370.
внешняя ссылка
- ARID4A + белок, + человеческий в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)
- Человек ARID4A расположение генома и ARID4A страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.
- Человек RBP1 расположение генома и RBP1 страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.
Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.