HMGB2 - HMGB2

HMGB2
Идентификаторы
Псевдонимы	HMGB2, HMG2, группа высокой мобильности 2
Внешние идентификаторы	OMIM: 163906 MGI: 96157 ГомолоГен: 37582 Генные карты: HMGB2
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 4 (человек)
Конец	173,334,432 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 8 (мышь)
Конец	57,515,999 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• Связывание ДНК; • специфическое связывание белкового домена; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции; • связывание фактора транскрипции; • неспецифическое связывание ДНК, изгиб; • связывание одноцепочечной ДНК; • повреждение связывания ДНК; • GO: 0001948 связывание с белками; • четырехстороннее связывание ДНК; • GO: 0001158 Связывание с ДНК проксимальной области корового промотора, специфичное для последовательности; • Связывание рецептора RAGE; • хемоаттрактантная активность; • связывание двухцепочечной ДНК; • Связывание ДНК, изгиб; • сверхспиральное связывание ДНК; • связывание лекарств; • Связывание РНК; • GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • нуклеоплазма; • хромосома; • внеклеточная область; • ядрышко; • перинуклеарная область цитоплазмы; • ядерный хроматин; • конденсированная хромосома; • ядро клетки; • внеклеточный; • макромолекулярный комплекс;
Биологический процесс	• Геометрическое изменение ДНК; • положительное регулирование выработки интерферона-бета; • сборка нуклеосом; • Рекомбинация ДНК; • апоптотическая фрагментация ДНК; • развитие мужских гонад; • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • положительная регуляция пролиферации эндотелиальных клеток; • положительная регуляция дифференцировки эритроцитов; • воспалительный ответ на антигенный раздражитель; • иммунная система; • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • ответ на стероидный гормон; • организация хроматина; • отрицательная регуляция экспрессии генов; • транскрипция, ДНК-шаблон; • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • хемотаксис; • ответ на липополисахарид; • положительная регуляция экспрессии генов; • положительная регуляция нуклеазной активности; • защитный ответ на грамотрицательные бактерии; • отрицательная регуляция внешнего апоптотического сигнального пути через рецепторы домена смерти; • V (D) J рекомбинация; • сперматогенез; • положительная регуляция врожденного иммунного ответа; • хемотаксис клеток; • Лигирование ДНК, участвующее в репарации ДНК; • дифференциация ядра сперматид; • положительное регулирование связывания ДНК; • врожденная иммунная система; • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • клеточный ответ на липополисахарид; • воспалительная реакция; • положительная регуляция дифференцировки мегакариоцитов; • регуляция нейрогенеза; • регулирование пролиферации стволовых клеток; • Топологическое изменение ДНК; • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • защитный ответ на грамположительные бактерии; • положительный хемотаксис; • ответ на наркотик; • ремоделирование хроматина;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	3148
	97165
	ENSG00000164104
	ENSMUSG00000054717
	P26583
	P30681
	NM_002129; NM_001130688; NM_001130689
	NM_008252; NM_001363443; NM_001363444; NM_001363445
	NP_001124160; NP_001124161; NP_002120
	NP_032278; NP_001350372; NP_001350373; NP_001350374
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Белок группы высокой подвижности B2 также известен как белок группы высокой подвижности 2 (HMG-2) - это белок что у людей кодируется HMGB2 ген.^[5]^[6]

Функция

Этот ген кодирует член не-гистон хромосомный группа высокой мобильности семейство белков.^[7] Белки этого семейства связаны с хроматином и повсеместно распределены в ядрах высших эукариотических клеток. Исследования in vitro показали, что этот белок способен эффективно изгибать ДНК и образовывать круги ДНК. Эти исследования предполагают роль в облегчении кооперативных взаимодействий между цис-действующими белками, способствуя гибкости ДНК. Сообщалось также, что этот белок участвует в финальном перевязка шаг в процессах соединения концов ДНК Ремонт двухцепочечных разрывов ДНК и V (D) J рекомбинация.^[6]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000164104 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000054717 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Маджумдар А., Браун Д., Керби С., Рудзински И., Полте Т., Рандхава З., Сейдман М.М. (декабрь 1991 г.). «Последовательность кДНК HMG2 человека». Исследования нуклеиновых кислот. 19 (23): 6643. Дои:10.1093 / nar / 19.23.6643. ЧВК 329240. PMID 1754403.
^ ^а ^б «Entrez Gene: HMGB2, групповой бокс 2 с высокой мобильностью».
^ Murugesapillai D, McCauley MJ, Maher LJ, Williams MC (15 ноября 2016 г.). «Одномолекулярные исследования белков, изгибающих архитектурную ДНК группы B с высокой подвижностью». Биофизические обзоры. 9 (1): 17–40. Дои:10.1007 / s12551-016-0236-4. ЧВК 5331113. PMID 28303166.

дальнейшее чтение

Александр С., Ли В.В., Ли А.С. (декабрь 1992 г.). "КДНК HMG2 человека с новой 3'-нетранслируемой областью". Исследования нуклеиновых кислот. 20 (23): 6413. Дои:10.1093 / nar / 20.23.6413. ЧВК 334538. PMID 1475204.
Сиракава Х., Ёсида М. (апрель 1992 г.). «Структура гена, кодирующего белок HMG2 человека». Журнал биологической химии. 267 (10): 6641–5. PMID 1551873.
Бернуес Дж., Эспель Э., Кероль Э. (май 1986 г.). «Идентификация основных связывающих гистонов доменов HMG1 и HMG2». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Структура и экспрессия гена. 866 (4): 242–51. Дои:10.1016/0167-4781(86)90049-7. PMID 3697355.
Цвиллинг С., Кениг Х., Вирт Т. (март 1995 г.). «Белок 2 группы высокой подвижности функционально взаимодействует с доменами POU транскрипционных факторов октамера». Журнал EMBO. 14 (6): 1198–208. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07103.x. ЧВК 398197. PMID 7720710.
Shykind BM, Kim J, Sharp PA (июнь 1995 г.). «Активация комплекса TFIID-TFIIA с HMG-2». Гены и развитие. 9 (11): 1354–65. Дои:10.1101 / gad.9.11.1354. PMID 7797075.
Пол ТТ, Хейкинсон MJ, Джонсон RC (август 1993 г.). «Неспецифические ДНК-связывающие и изгибающие белки HMG1 и HMG2 способствуют сборке сложных структур нуклеопротеидов». Гены и развитие. 7 (8): 1521–34. Дои:10.1101 / gad.7.8.1521. PMID 8339930.
Wanschura S, Schoenmakers EF, Huysmans C, Bartnitzke S, Van de Ven WJ, Bullrdiek J (январь 1996 г.). «Картирование человеческого гена HMG2 на 4q31». Геномика. 31 (2): 264–5. Дои:10.1006 / geno.1996.0046. PMID 8824816.
Нагаки С., Ямамото М., Юмото Ю., Сиракава Х., Йошида М., Тераока Х. (май 1998 г.). «Негистоновые хромосомные белки HMG1 и 2 усиливают реакцию лигирования двухцепочечных разрывов ДНК». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 246 (1): 137–41. Дои:10.1006 / bbrc.1998.8589. PMID 9600082.
Буньяратанакорнкит В., Мелвин В., Прендергаст П., Альтманн М., Ронфани Л., Бьянки М.Э., Тарасевичене Л., Нордин С.К., Аллегретто Е.А., Эдвардс Д.П. (август 1998 г.). «Белки хроматина 1 и 2 группы с высокой подвижностью функционально взаимодействуют с рецепторами стероидных гормонов для усиления их связывания с ДНК in vitro и транскрипционной активности в клетках млекопитающих». Молекулярная и клеточная биология. 18 (8): 4471–87. Дои:10.1128 / mcb.18.8.4471. ЧВК 109033. PMID 9671457.
Юмото Ю., Сиракава Х., Йошида М., Сува А., Ватанабэ Ф., Тераока Х. (сентябрь 1998 г.). «Белки 1 и 2 группы с высокой подвижностью могут функционировать как ДНК-связывающие регуляторные компоненты для ДНК-зависимой протеинкиназы in vitro». Журнал биохимии. 124 (3): 519–27. Дои:10.1093 / oxfordjournals.jbchem.a022143. PMID 9722660.
Aidinis V, Bonaldi T, Beltrame M, Santagata S, Bianchi ME, Spanopoulou E (октябрь 1999 г.). «Гомеодомен RAG1 рекрутирует HMG1 и HMG2 для облегчения связывания сигнальной последовательности рекомбинации и для усиления внутренней активности RAG1-RAG2 по изгибу ДНК». Молекулярная и клеточная биология. 19 (10): 6532–42. Дои:10.1128 / mcb.19.10.6532. ЧВК 84623. PMID 10490593.
Butteroni C, De Felici M, Schöler HR, Pesce M (декабрь 2000 г.). «Скрининг фагового дисплея показывает связь между специфическим для зародышевой линии фактором транскрипции Oct-4 и множеством клеточных белков». Журнал молекулярной биологии. 304 (4): 529–40. Дои:10.1006 / jmbi.2000.4238. PMID 11099378.
Строс М., Одзаки Т., Бачикова А., Кагеяма Х., Накагавара А. (март 2002 г.). «HMGB1 и HMGB2 специфично для клеток подавляют p53- и p73-зависимую трансактивацию, специфичную для последовательности, от промотора гена Bax человека». Журнал биологической химии. 277 (9): 7157–64. Дои:10.1074 / jbc.M110233200. PMID 11748232.
Fan Z, Beresford PJ, Zhang D, Lieberman J (апрель 2002 г.). «HMG2 взаимодействует с белком сборки нуклеосомы SET и является мишенью цитотоксической Т-лимфоцитарной протеазы гранзима А». Молекулярная и клеточная биология. 22 (8): 2810–20. Дои:10.1128 / MCB.22.8.2810-2820.2002. ЧВК 133744. PMID 11909973.
Dubois T, Howell S, Zemlickova E, Aitken A (апрель 2002 г.). «Идентификация белков-партнеров, взаимодействующих с казеинкиназой Ialpha». Письма FEBS. 517 (1–3): 167–71. Дои:10.1016 / S0014-5793 (02) 02614-5. PMID 12062430. S2CID 84792445.
Fan Z, Beresford PJ, Zhang D, Xu Z, Novina CD, Yoshida A, Pommier Y, Lieberman J (февраль 2003 г.). «Расщепление белка окислительной репарации Ape1 увеличивает гибель клеток, опосредованную гранзимом А». Иммунология природы. 4 (2): 145–53. Дои:10.1038 / ni885. PMID 12524539. S2CID 29433133.
Lv X, Сюй Д.Д., Лю Д.П., Ли Л., Хао Д.Л., Лян СС (2003). «Белок 2 группы с высокой подвижностью может быть вовлечен в регуляцию области контроля локуса кластера бета-глобина». Биохимия и клеточная биология. 80 (6): 765–70. Дои:10.1139 / o02-164. PMID 12555809.
Pallier C, Scaffidi P, Chopineau-Proust S, Agresti A, Nordmann P, Bianchi ME, Marechal V (август 2003 г.). «Ассоциация белков хроматина с высокой подвижностью группового бокса (HMGB) 1 и HMGB2 с митотическими хромосомами». Молекулярная биология клетки. 14 (8): 3414–26. Дои:10.1091 / mbc.E02-09-0581. ЧВК 181577. PMID 12925773.
Эйрд К.М., Ивасаки О., Косенков А.В., Танизава Х., Фатхутдинов Н., Битлер Б.Г., Ле Л., Алиса Г., Ян Т.Л., Джонсон Ф.Б., Нома К., Чжан Р. (октябрь 2016 г.). «HMGB2 управляет хроматиновым ландшафтом локусов секреторного фенотипа, ассоциированного со старением» (PDF). Журнал клеточной биологии. 215 (3): 325–334. Дои:10.1083 / jcb.201608026. ЧВК 5100296. PMID 27799366. Потеря HMGB2 (белковый бокс 2 группы высокой подвижности) во время старение притупляет SASP (секреторный фенотип, связанный со старением) ген выражения, допуская распространение репрессивных гетерохроматин в локусы гена SASP. Это коррелирует с включением локусов гена SASP в SAHF (связанные со старением фокусы гетерохроматина), что, в свою очередь, подавляет экспрессию гена SASP.