TFAP2A - TFAP2A

TFAP2A
Идентификаторы
ПсевдонимыTFAP2A, AP-2, AP-2alpha, AP2TF, BOFS, TFAP2, фактор транскрипции AP-2 alpha
Внешние идентификаторыOMIM: 107580 MGI: 104671 ГомолоГен: 2421 Генные карты: TFAP2A
Расположение гена (человек)
Хромосома 6 (человек)
Chr.Хромосома 6 (человек)[1]
Хромосома 6 (человек)
Геномное расположение TFAP2A
Геномное расположение TFAP2A
Группа6п24.3Начинать10,393,186 бп[1]
Конец10,419,659 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE TFAP2A 204653 в формате fs.png

PBB GE TFAP2A 210669 в формате fs.png

PBB GE TFAP2A 204654 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

7020

21418

Ансамбль

ENSG00000137203

ENSMUSG00000021359

UniProt

P05549

P34056

RefSeq (мРНК)

NM_001032280
NM_001042425
NM_003220
NM_001372066

NM_001122948
NM_001301674
NM_011547

RefSeq (белок)

NP_001027451
NP_001035890
NP_003211
NP_001358995

NP_001116420
NP_001288603
NP_035677

Расположение (UCSC)Chr 6: 10.39 - 10.42 МбChr 13: 40,72 - 40,74 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Фактор транскрипции AP-2 альфа (Аактивация связывания энхансера пRotein 2 альфа), также известный как TFAP2A, это белок что у людей кодируется TFAP2A ген.[5]

Функция

Альфа-белок AP-2 действует как специфичный для последовательности ДНК-связывающий фактор транскрипции распознавание и связывание с конкретной последовательностью ДНК и рекрутирование аппарата транскрипции. Его сайт связывания представляет собой GC-богатую последовательность, которая присутствует в цис-регуляторный области нескольких вирусных и клеточных генов.[6] AP2-alpha - 52 кДа ретиноевая кислота -индуцибельный и регулируемый в процессе развития активатор транскрипции, который связывается с консенсусной ДНК-связывающей последовательностью GCCNNNGGC в SV40 и металлотионеин промоутеры.[5]

AP-2 альфа выражается в нервный гребень клеточные клоны с наивысшими уровнями экспрессии, соответствующими ранним клеткам нервного гребня, предполагая, что AP-2 альфа играет роль в их дифференцировке и развитии. Фактор транскрипции AP-2 альфа выражается в эктодерма и в клетках нервного гребня, мигрирующих из черепных складок во время закрытия нервной трубки у мышей. Клетка черепного нервного гребня обеспечивает узор информация для черепно-лицевой морфогенез и генерируют большую часть костей черепа и черепные ганглии.[6][7][8][9]

АП-2 альфа нокаутные мыши умереть перинатально с кранио-абдоминошизис и тяжелый дисморфогенез лица, черепа, органов чувств и черепных ганглиев.[10] Гомозиготный Нокаутные мыши также имеют дефекты нервной трубки, за которыми следуют черепно-лицевые аномалии и аномалии стенок тела.[11] Доставка гена AP-2 альфа подавляла спонтанные кишечные полипы in vivo у мышей Apc (Min / +).[12] AP-2 альфа также функционирует как главный регулятор множества факторов транскрипции в печени мыши.[13]

В меланоцитарный экспрессия гена TFAP2A в клетках может регулироваться MITF.[14]

Клиническое значение

Мутации в гене TFAP2A часто вызывают бранчио-окуло-лицевой синдром со средней линией. заячья губа.[15] В семье с жаберно-окуло-лицевым синдромом (BOFS),[16] Обнаружена делеция 3,2 Mb на хромосоме 6p24.3.[17] Секвенирование генов-кандидатов в этой области у 4 дополнительных неродственных пациентов с BOFS выявило 4 различных de novo миссенс-мутации в экзонах 4 и 5 гена TFAP2A.

Нарушение сайта связывания AP-2 альфа в IRF6 энхансер связан с заячья губа.[18] Мутации в гене IRF6 вызывают Синдром Ван дер Вуда (VWS)[19] это редкое аутосомно-доминантное заболевание с менделевской расщелиной, с ямками на нижней губе у 85% больных.[20] Остальные 15% людей с синдромом Ван дер Вуде показывают только заячья губа и / или волчья пасть (CL / P) и клинически неотличимы от обычных несиндромальных CL / P. NSCL / P встречается примерно у 1/700 живорожденных и является одной из наиболее частых форм врожденных аномалий. Предыдущее исследование ассоциации между SNP в IRF6 и вокруг него и NSCL / P показало значительные результаты в разных популяциях.[21] и был независимо воспроизведен.[22][23][24][25]

Был проведен поиск случаев NSCL / P для потенциальных регуляторных элементов для гена IRF6 с выравниванием геномных последовательностей с областью 500 Кб, охватывающей IRF6 от 17 видов позвоночных. Последовательность человека в качестве эталона и поиск мультивидовых консервативных последовательностей (MCS). Области, содержащиеся в интронах 5 ’и 3’, фланкирующих IRF6, были проверены прямым секвенированием на предмет потенциальных причинных вариантов в 184 случаях NSCL / P. Редкий аллель SNP rs642961 показал значительную связь со случаями заячьей губы. Анализ сайта связывания фактора транскрипции показал, что аллель риска нарушает сайт связывания AP-2 альфа.[18]

Мутации в гене AP-2 alpha также вызывают жаберно-окуло-лицевой синдром,[17] который имеет общие черты с синдромом Ван дер Вуда, такие как орофациальная щель и случайные ямки на губах, что делает rs642961 хорошим кандидатом для этиологического варианта. Эти находки показывают, что IRF6 и AP-2 alpha находятся на одном и том же пути развития и идентифицируют вариант в регуляторной области, который вносит существенный вклад в общее комплексное расстройство.

Взаимодействия

Было показано, что TFAP2A взаимодействовать с:

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000137203 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000021359 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б «Ген Entrez: фактор транскрипции TFAP2A AP-2 альфа (активирующий энхансер связывающий белок 2 альфа)».
  6. ^ а б Уильямс Т., Тьянь Р. (апрель 1991 г.). «Анализ ДНК-связывающих и активационных свойств человеческого фактора транскрипции AP-2». Гены и развитие. 5 (4): 670–82. Дои:10.1101 / gad.5.4.670. PMID  2010091.
  7. ^ Митчелл П.Дж., Ван С., Тьян Р. (сентябрь 1987 г.). «Положительная и отрицательная регуляция транскрипции in vitro: энхансер-связывающий белок AP-2 ингибируется Т-антигеном SV40». Клетка. 50 (6): 847–61. Дои:10.1016/0092-8674(87)90512-5. PMID  3040262. S2CID  25657738.
  8. ^ Уильямс Т., Адмон А., Люшер Б., Тьянь Р. (декабрь 1988 г.). «Клонирование и экспрессия AP-2, фактора транскрипции, специфичного для клеточного типа, который активирует индуцибельные энхансерные элементы». Гены и развитие. 2 (12A): 1557–69. Дои:10.1101 / gad.2.12a.1557. PMID  3063603.
  9. ^ Le Douarin NM, Ziller C, Couly GF (сентябрь 1993 г.). «Создание паттерна производных нервного гребня у птичьего эмбриона: исследования in vivo и in vitro». Биология развития. 159 (1): 24–49. Дои:10.1006 / dbio.1993.1219. PMID  8365563.
  10. ^ Schorle H, Meier P, Buchert M, Jaenisch R, Mitchell PJ (май 1996 г.). «Фактор транскрипции AP-2, необходимый для закрытия черепа и краниофациального развития». Природа. 381 (6579): 235–8. Bibcode:1996Натура.381..235S. Дои:10.1038 / 381235a0. PMID  8622765. S2CID  581362.
  11. ^ Zhang J, Hagopian-Donaldson S, Serbedzija G, Elsemore J, Plehn-Dujowich D, McMahon AP, Flavell RA, Williams T (май 1996 г.). «Дефекты нервной трубки, скелета и стенки тела у мышей, лишенных фактора транскрипции AP-2». Природа. 381 (6579): 238–41. Bibcode:1996Натура.381..238Z. Дои:10.1038 / 381238a0. PMID  8622766. S2CID  4367622.
  12. ^ Ли Кью, резюме Лера, Дэшвуд Р.Х. (сентябрь 2009 г.). «Белок-активатор 2alpha подавляет онкогенез кишечника у мышей Apc (min)». Письма о раке. 283 (1): 36–42. Дои:10.1016 / j.canlet.2009.03.026. ЧВК  2713803. PMID  19376641.
  13. ^ Ли Кью, Луо К., Лёр CV, Дэшвуд Р.Х. (август 2011 г.). «Белок-активатор-2α действует как главный регулятор множества факторов транскрипции в печени мыши». Гепатологические исследования. 41 (8): 776–83. Дои:10.1111 / j.1872-034X.2011.00827.x. ЧВК  4139281. PMID  21682828.
  14. ^ Хук К.С., Шлегель Н.С., Эйххофф О.М., Видмер Д.С., Преториус К., Эйнарссон С.О., Валгейрсдоттир С., Бергстейнсдоттир К., Щепски А., Даммер Р., Штайнгримссон Е. (декабрь 2008 г.). «Новые мишени MITF идентифицированы с использованием двухэтапной стратегии ДНК-микрочипов». Исследования пигментных клеток и меланомы. 21 (6): 665–76. Дои:10.1111 / j.1755-148X.2008.00505.x. PMID  19067971. S2CID  24698373.
  15. ^ Диксон MJ, Marazita ML, Beaty TH, Murray JC (2011). «Расщелина губы и неба: понимание генетических влияний и факторов окружающей среды». Nature Reviews Genetics (12): 167-178.
  16. ^ Онлайн-менделевское наследование в человеке (OMIM): 113620
  17. ^ а б Милунски Дж. М., Махер Т. А., Чжао Дж., Робертс А. Е., Сталкер Х. Дж., Зори Р. Т., Берч М. Н., Клеменс М., Малликен Дж. Б., Смит Р., Лин А. Е. (май 2008 г.). «Мутации TFAP2A приводят к развитию жаберно-окуло-лицевого синдрома». Американский журнал генетики человека. 82 (5): 1171–7. Дои:10.1016 / j.ajhg.2008.03.005. ЧВК  2427243. PMID  18423521.
  18. ^ а б Рахимов Ф., Маразита М.Л., Визель А., Купер М.Э., Хитчлер М.Дж., Рубини М., Доманн Ф.Е., Говил М., Кристенсен К., Билле С., Мельбай М., Югессур А., Ли RT, Уилкокс А.Дж., Фицпатрик Д.Р., Грин Э.Д., Мосси П.А. , Little J, Steegers-Theunissen RP, Pennacchio LA, Schutte BC, Murray JC (ноябрь 2008 г.). «Нарушение сайта связывания AP-2alpha в энхансере IRF6 связано с заячьей губой». Природа Генетика. 40 (11): 1341–7. Дои:10,1038 / нг.242. ЧВК  2691688. PMID  18836445.
  19. ^ Онлайн-менделевское наследование в человеке (OMIM): 119300
  20. ^ Кондо С., Шютте BC, Ричардсон Р.Дж., Бьорк Б.К., Найт А.С., Ватанабе Ю., Ховард Е., де Лима Р.Л., Даак-Хирш С., Сандер А., Макдональд-Макгинн Д.М., Закай Е.Х., Ламмер Е.Дж., Эйлсворт А.С., Ардингер Х.Х., Lidral AC, Pober BR, Moreno L, Arcos-Burgos M, Valencia C, Houdayer C, Bahuau M, Moretti-Ferreira D, Richieri-Costa A, Dixon MJ, Murray JC (октябрь 2002 г.). «Мутации в IRF6 вызывают синдромы Ван дер Вуда и подколенного птеригиума». Природа Генетика. 32 (2): 285–9. Дои:10.1038 / ng985. ЧВК  3169431. PMID  12219090.
  21. ^ Zucchero TM, Cooper ME, Maher BS, Daack-Hirsch S, Nepomuceno B, Ribeiro L, Caprau D, Christensen K, Suzuki Y, Machida J, Natsume N, Yoshiura K, Vieira AR, Orioli IM, Castilla EE, Moreno L, Аркос-Бургос М., Лидрал А.С., Филд Л.Л., Лю Ю.Е., Рэй А, Гольдштейн Т.Х., Шульц Р.Э., Ши М., Джонсон М.К., Кондо С., Шютте BC, Маразита М.Л., Мюррей Дж.С. (август 2004 г.). «Варианты гена фактора регуляции интерферона 6 (IRF6) и риск изолированной расщелины губы или неба». Медицинский журнал Новой Англии. 351 (8): 769–80. Дои:10.1056 / NEJMoa032909. PMID  15317890.
  22. ^ Скаполи Л., Пальмиери А., Мартинелли М., Пеццетти Ф., Каринчи П., Тоньон М., Каринчи Ф. (январь 2005 г.). «Убедительное доказательство неравновесия по сцеплению между полиморфизмами в локусе IRF6 и несиндромной заячьей губой с волчьей пастью или без нее в итальянской популяции». Американский журнал генетики человека. 76 (1): 180–3. Дои:10.1086/427344. ЧВК  1196422. PMID  15558496.
  23. ^ Blanton SH, Cortez A, Stal S, Mulliken JB, Finnell RH, Hecht JT (сентябрь 2005 г.). «Вариация IRF6 способствует несиндромной расщелине губы и неба». Американский журнал медицинской генетики, часть A. 137A (3): 259–62. Дои:10.1002 / ajmg.a.30887. PMID  16096995. S2CID  25084563.
  24. ^ Ghassibé M, Bayet B, Revencu N, Verellen-Dumoulin C, Gillerot Y, Vanwijck R, Vikkula M (ноябрь 2005 г.). «Фактор регуляции интерферона-6: ген, предрасполагающий к изолированной заячьей губе с волчьей пастью или без нее у населения Бельгии». Европейский журнал генетики человека. 13 (11): 1239–42. Дои:10.1038 / sj.ejhg.5201486. PMID  16132054.
  25. ^ Park JW, McIntosh I, Hetmanski JB, Jabs EW, Vander Kolk CA, Wu-Chou YH, Chen PK, Chong SS, Yeow V, Jee SH, Park BY, Fallin MD, Ingersoll R, Scott AF, Beaty TH (апрель 2007 г.) ). «Связь между IRF6 и несиндромной заячьей губой с волчьей пастью или без нее в четырех популяциях». Генетика в медицине. 9 (4): 219–27. Дои:10.1097 / GIM.0b013e3180423cca. ЧВК  2846512. PMID  17438386.
  26. ^ Ли Кью, Дэшвуд Р.Х. (октябрь 2004 г.). «Белок-активатор 2alpha связывается с аденоматозным полипозом coli / бета-катенином и ингибирует транскрипционную активность бета-катенина / Т-клеточного фактора в клетках колоректального рака». Журнал биологической химии. 279 (44): 45669–75. Дои:10.1074 / jbc.M405025200. ЧВК  2276578. PMID  15331612.
  27. ^ а б Bragança J, Eloranta JJ, Bamforth SD, Ibbitt JC, Hurst HC, Bhattacharya S (май 2003 г.). «Физические и функциональные взаимодействия между факторами транскрипции AP-2, p300 / CREB-связывающим белком и CITED2». Журнал биологической химии. 278 (18): 16021–9. Дои:10.1074 / jbc.M208144200. PMID  12586840.
  28. ^ Bragança J, Swingler T., Marques FI, Jones T, Eloranta JJ, Hurst HC, Shioda T., Bhattacharya S (март 2002 г.). «Человеческий CREB-связывающий белок / трансактиватор, взаимодействующий с p300 с ED-богатым хвостом (CITED) 4, новый член семейства CITED, функционирует как коактиватор для фактора транскрипции AP-2». Журнал биологической химии. 277 (10): 8559–65. Дои:10.1074 / jbc.M110850200. PMID  11744733.
  29. ^ Кампильос М., Гарсия М.А., Вальдивьесо Ф., Васкес Дж. (Март 2003 г.). «Активация транскрипции AP-2alpha модулируется онкогеном DEK». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (5): 1571–5. Дои:10.1093 / нар / gkg247. ЧВК  149840. PMID  12595566.
  30. ^ Gaubatz S, Imhof A, Dosch R, Werner O, Mitchell P, Buettner R, Eilers M (апрель 1995 г.). «Активация транскрипции Myc находится под отрицательным контролем фактора транскрипции AP-2». Журнал EMBO. 14 (7): 1508–19. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07137.x. ЧВК  398238. PMID  7729426.
  31. ^ Макферсон Л.А., Локтев А.В., Вейгель Р.Дж. (ноябрь 2002 г.). «Активность AP2alpha по супрессору опухолей, опосредованная прямым взаимодействием с p53». Журнал биологической химии. 277 (47): 45028–33. Дои:10.1074 / jbc.M208924200. PMID  12226108.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.